<div dir="ltr"><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Fri, Jul 31, 2015 at 2:38 AM, mag <span dir="ltr"><<a href="mailto:mr6@ebi.ac.uk" target="_blank">mr6@ebi.ac.uk</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div bgcolor="#FFFFFF" text="#000000">And a similar endpoint can provide you with transcript coordinates
    translated to genomic coordinates, although the reverse is not
    available<br>
<a href="http://rest.ensembl.org/map/cdna/ENST00000288602/100..300?content-type=application/json" target="_blank">http://rest.ensembl.org/map/cdna/ENST00000288602/100..300?content-type=application/json</a><br>
    <br>
    I am not sure if that covers your use case, so please don't hesitate
    to give us some feedback.<br>
    The REST API is still in active development and we are always happy
    to get some feature requests that allow us to prioritise future
    endpoints.</div></blockquote></div><br>Hi Magali-</div><div class="gmail_extra"><br></div><div class="gmail_extra">My primary goal is to build a table of the correspondence between exons in genomic and transcript coordinates so that we can map between g., c., and p. sequence coordinates. The mapping is trivial in most cases, of course, but indels and sequence errors are common enough that "most cases" isn't good enough for diagnostic purposes. (For example, NEFL contains an insert of a single G in a poly-G tract in GRCh37 that leads to a frameshift; the refseq transcript is correct and doesn't have this pathology.) </div><div class="gmail_extra"><br></div><div class="gmail_extra">NCBI started providing files with exon-level correspondence in April. These are extremely useful. See <a href="ftp://ftp.ncbi.nih.gov/refseq/H_sapiens/alignments/">ftp://ftp.ncbi.nih.gov/refseq/H_sapiens/alignments/</a> for examples.</div><div class="gmail_extra"><br></div><div class="gmail_extra">So, the request/suggestion is to provide a similar file or REST interface for ENST transcripts.</div><div class="gmail_extra"><br></div><div class="gmail_extra">While I'm at it, I would encourage Ensembl (everyone, actually) to use sequence accessions (like NC_000001.10) rather than chromosome names. Chromosome names are imprecise and unnecessarily create opportunities for errors. (It also makes it hard to even consider a world in which multiple assemblies are in one database schema.)</div><div class="gmail_extra"><br></div><div class="gmail_extra">Thanks,</div><div class="gmail_extra">Reece</div><div class="gmail_extra"><br></div></div>