<html>
<head>
<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=utf-8">
</head>
<body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; color: rgb(0, 0, 0); font-size: 16px; font-family: Cochin, sans-serif;">
<div>
<div>
<div>Perfect! Thanks.</div>
<div>
<div id="MAC_OUTLOOK_SIGNATURE"></div>
</div>
</div>
</div>
<div><br>
</div>
<span id="OLK_SRC_BODY_SECTION">
<div style="font-family:Calibri; font-size:12pt; text-align:left; color:black; BORDER-BOTTOM: medium none; BORDER-LEFT: medium none; PADDING-BOTTOM: 0in; PADDING-LEFT: 0in; PADDING-RIGHT: 0in; BORDER-TOP: #b5c4df 1pt solid; BORDER-RIGHT: medium none; PADDING-TOP: 3pt">
<span style="font-weight:bold">From: </span><<a href="mailto:dev-bounces@ensembl.org">dev-bounces@ensembl.org</a>> on behalf of mag<br>
<span style="font-weight:bold">Reply-To: </span>Ensembl developers list<br>
<span style="font-weight:bold">Date: </span>Tuesday, 4 August 2015 13:15<br>
<span style="font-weight:bold">To: </span>Ensembl developers list<br>
<span style="font-weight:bold">Subject: </span>Re: [ensembl-dev] Getting >1 stable IDs from HGNC symbols<br>
</div>
<div><br>
</div>
<blockquote id="MAC_OUTLOOK_ATTRIBUTION_BLOCKQUOTE" style="BORDER-LEFT: #b5c4df 5 solid; PADDING:0 0 0 5; MARGIN:0 0 0 5;">
<div>
<div bgcolor="#FFFFFF" text="#000000">Hi Christian,<br>
<br>
The method 'fetch_by_display_label' will return the gene matching a particular gene symbol, excluding any gene symbols.<br>
<br>
<br>
Regards,<br>
Magali<br>
<br>
<div class="moz-cite-prefix">On 04/08/2015 12:06, Christian Cole (Staff) wrote:<br>
</div>
<blockquote cite="mid:A96273C6-95A5-4E14-8CAF-53064780AA34@dundee.ac.uk" type="cite">
<div><br>
</div>
<div>
<div id="">When using the $geneAdaptor->fetch_all_by_external_name($name,'HGNC') method I'm getting all synonym matches as well so it's returning several ensembl stable IDs for unrelated genes. E.g. searching FLG (Filaggrin, ENSG00000143631) also returns FGFR1
 (ENSG00000077782). The order they are returned also varies with different versions of the API.</div>
</div>
<div id=""><br>
</div>
<div id="">How can I avoid hitting synonyms or is there a more reliable way to get the correct ensembl stable ID given an HGNC gene name?</div>
<br>
<span style="font-size:10pt;">The University of Dundee is a registered Scottish Charity, No: SC015096</span><br>
<fieldset class="mimeAttachmentHeader"></fieldset> <br>
<pre wrap="">_______________________________________________
Dev mailing list    <a class="moz-txt-link-abbreviated" href="mailto:Dev@ensembl.org">Dev@ensembl.org</a>
Posting guidelines and subscribe/unsubscribe info: <a class="moz-txt-link-freetext" href="http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev">http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev</a>
Ensembl Blog: <a class="moz-txt-link-freetext" href="http://www.ensembl.info/">http://www.ensembl.info/</a></pre>
</blockquote>
<br>
</div>
</div>
</blockquote>
</span><br>
<span style="font-size:10pt;">The University of Dundee is a registered Scottish Charity, No: SC015096</span>
</body>
</html>