<div dir="ltr"><div class="gmail_extra"><div class="gmail_extra">Hi Andy-</div><div class="gmail_extra"><br></div><div class="gmail_extra">Thanks for the reply.</div><div class="gmail_extra"><br></div><div class="gmail_extra">I'm aware that the annotation is performed on the assembly and I'm a fan. However, in my view there's always an implicit alignment -- even if a trivial one -- whenever one has a change of a coordinate system e.g., from genome to transcript.</div><div class="gmail_extra"><br></div><div class="gmail_quote"><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div>The upshot of this is that GENCODE annotation reflects what occurs in the genome. Providing an alignment file would match the transcript models.</div></blockquote><div><br></div><div>Is this *always* true? More correctly, my understanding was that the above typical case had exceptions, which caused ENSTs to differ from the underlying genome. Or, perhaps that used to be the case and I'm not up-to-date with modern Ensembl practice?</div><div><br></div><div>Let's use a specific example: ALMS1, ENST00000264448, GRCh37 (for which I have some data handy). This transcript contains both an indel and a substitution with respect to the assembly. The ENST sequence and exon structure (in e-75, at least) differ from the genome. How does this happen? (Apologies, I don't have examples for GRCh38 handy.)</div><div><br></div><div><div class="gmail_extra">When bridging to the translational genetics community, it's imperative that we use transcripts that are familiar in both structure and sequence. Since one or both characteristics will differ from a reference genome for some genes, it's unclear to me that we can rely solely on genome-based annotations. In other words, it seems that some alignment file will always be necessary to handle corner cases.</div></div><div class="gmail_extra"><br></div><div class="gmail_extra">Do you agree? Am I missing something?</div><div class="gmail_extra"><br></div><div class="gmail_extra">Thanks,<br>Reece</div></div></div></div>