<div dir="ltr"><div>This is the command used:<br></div>perl <a href="http://variant_effect_predictor.pl">variant_effect_predictor.pl</a> --species homo_sapiens --assembly GRCh37 --offline --quiet --no_stats --everything --shift_hgvs 1 --check_existing --check_alleles --check_ref --total_length --allele_number --no_escape --xref_refseq --failed 1 --vcf --vcf_info_field ANN --flag_pick_allele --pick_order canonical,tsl,biotype,rank,ccds,length --dir $vep_data --fasta $ref_fasta<br><div><br></div><div>Where $vep_data and $ref_fasta are paths to the offline cache and reference fasta respectively.<br></div><div><br></div><div>~Cyriac</div></div>