<div dir="ltr">Whoops, thanks for the report Cyriac.<div><br></div><div>Fixed now on release/79, release/80 and release/81</div><div><br></div><div>Will</div></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On 14 August 2015 at 02:13, Cyriac Kandoth <span dir="ltr"><<a href="mailto:kandoth@cbio.mskcc.org" target="_blank">kandoth@cbio.mskcc.org</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr"><div>This is the command used:<br></div>perl <a href="http://variant_effect_predictor.pl" target="_blank">variant_effect_predictor.pl</a> --species homo_sapiens --assembly GRCh37 --offline --quiet --no_stats --everything --shift_hgvs 1 --check_existing --check_alleles --check_ref --total_length --allele_number --no_escape --xref_refseq --failed 1 --vcf --vcf_info_field ANN --flag_pick_allele --pick_order canonical,tsl,biotype,rank,ccds,length --dir $vep_data --fasta $ref_fasta<br><div><br></div><div>Where $vep_data and $ref_fasta are paths to the offline cache and reference fasta respectively.<span class="HOEnZb"><font color="#888888"><br></font></span></div><span class="HOEnZb"><font color="#888888"><div><br></div><div>~Cyriac</div></font></span></div>
<br>_______________________________________________<br>
Dev mailing list    <a href="mailto:Dev@ensembl.org">Dev@ensembl.org</a><br>
Posting guidelines and subscribe/unsubscribe info: <a href="http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev" rel="noreferrer" target="_blank">http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev</a><br>
Ensembl Blog: <a href="http://www.ensembl.info/" rel="noreferrer" target="_blank">http://www.ensembl.info/</a><br>
<br></blockquote></div><br></div>