<div dir="ltr">Hi Rodrigo,<div><br></div><div>Can you please provide an example of some input that causes this problem to appear in the output?</div><div><br></div><div>Thanks</div><div><br></div><div>Will McLaren</div><div>Ensembl Variation</div></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On 20 August 2015 at 23:14, Rodrigo Garcia <span dir="ltr"><<a href="mailto:rgarcia@inmegen.gob.mx" target="_blank">rgarcia@inmegen.gob.mx</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">Hello!<br>
<br>
Creating json files is a great feature but I think I may have found a bug on the <a href="http://variant_effect_predictor.pl" rel="noreferrer" target="_blank">variant_effect_predictor.pl</a> script.<br>
<br>
Using the --json flag some -not all- of the objects exported have the string ARRAY and some hash instead of an array on pubmed and clin_sig fields.<br>
<br>
Like so: "pubmed":["ARRAY(0xf2b8178)"]<br>
<br>
or sometimes: "clin_sig":["ARRAY(0x14211470)"]<br>
<br>
Some entries are fine, with several pubmed IDs or different clinical significances, all properly formatted in JSON.<br>
But not all.<br>
<br>
Cheers!<br>
<br>
Rodrigo<br>
<br>
<br>
<br>
P.S. Hi list! My name is Rodrigo, I do some bioinformatics work for a mexican genomics institute. I'm a happy user of VEP and other ensembl tools. Thanks, great software!<br>
<br>
_______________________________________________<br>
Dev mailing list    <a href="mailto:Dev@ensembl.org" target="_blank">Dev@ensembl.org</a><br>
Posting guidelines and subscribe/unsubscribe info: <a href="http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev" rel="noreferrer" target="_blank">http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev</a><br>
Ensembl Blog: <a href="http://www.ensembl.info/" rel="noreferrer" target="_blank">http://www.ensembl.info/</a><br>
</blockquote></div><br></div>