<div dir="ltr">Hello,<div><br></div><div>The 1000 Genomes project genotype and allele frequency data is too large to store efficiently in our MySQL schema, so our APIs use a custom VCF backend to retrieve these data and return them on the web, REST and Perl API interfaces.</div><div><br></div><div>Therefore to retrieve them you must use one of our APIs or access the VCF files directly yourself.</div><div><br></div><div>There's a blog post about this that you can read here: <a href="http://www.ensembl.info/blog/2015/06/18/1000-genomes-phase-3-frequencies-genotypes-and-ld-data/">http://www.ensembl.info/blog/2015/06/18/1000-genomes-phase-3-frequencies-genotypes-and-ld-data/</a></div><div><br></div><div>Regards</div><div><br></div><div>Will McLaren</div><div>Ensembl Variation</div></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On 14 September 2015 at 09:53, Fin Swimmer <span dir="ltr"><<a href="mailto:ensembl@need-login.de" target="_blank">ensembl@need-login.de</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">Hello,<br>
i'm conncecting to the public mysql database via mysql workbench with <br>
the following login informations:<br>
<br>
server: <a href="http://ensembldb.ensembl.org" target="_blank">ensembldb.ensembl.org</a><br>
port: 3306<br>
user: anonymous<br>
<br>
I was trying to fetch the allel frequencys for a SNP but could not get <br>
all informations I need. So further investigations shows that some data <br>
are missing.<br>
<br>
I looked up the population table to find the id for 1000Genomes:<br>
<br>
SELECT * FROM homo_sapiens_variation_81_38.population WHERE name LIKE <br>
"%1000GENOMES%";<br>
<br>
This give me for example the id 373417 for "1000GENOMES:phase_3:CEU".<br>
<br>
With the id I went to the allele table:<br>
<br>
SELECT * FROM homo_sapiens_variation_81_38.allele WHERE <br>
population_id=373417;<br>
<br>
This ended up in 0 rows returned.<br>
<br>
<br>
I know I could fetch frequency information via the REST-API. But I would <br>
like to use mysql.<br>
<br>
So, am I doing something wrong?<span class="HOEnZb"><font color="#888888"><br>
<br>
fin swimmer<br>
</font></span><br>_______________________________________________<br>
Dev mailing list    <a href="mailto:Dev@ensembl.org">Dev@ensembl.org</a><br>
Posting guidelines and subscribe/unsubscribe info: <a href="http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev" rel="noreferrer" target="_blank">http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev</a><br>
Ensembl Blog: <a href="http://www.ensembl.info/" rel="noreferrer" target="_blank">http://www.ensembl.info/</a><br>
<br></blockquote></div><br></div>