<div dir="ltr">This might be limited to VCFs. I haven't tested it on other input formats. Here 2 sample variants that I ran through VEP in offline cached mode...<div><br></div><div><div><font face="monospace, monospace">#CHROM  POS     ID      REF     ALT     QUAL    FILTER  INFO    FORMAT  TUMOR   NORMAL</font></div><div><font face="monospace, monospace">1       198498326       .       ATATAT  ATATATAT        .       .       .       GT:AD:DP        0/1:10,10:20       0/0:30,5:35</font></div><div><font face="monospace, monospace">1       198498325       .       AATATAT A,AATATATAT     .       .       .       GT:AD:DP        0/2:10,0,10:20  0/0:30,0,5:35</font><br></div></div><div><br></div><div>Here is the full command used:<br></div><div><font face="monospace, monospace">perl <a href="http://variant_effect_predictor.pl">variant_effect_predictor.pl</a> --species homo_sapiens --assembly GRCh37 --offline --no_progress --no_stats --sift b --ccds --uniprot --hgvs --symbol --numbers --domains --regulatory --canonical --protein --biotype --uniprot --tsl --pubmed --variant_class --shift_hgvs 1 --check_existing --check_alleles --check_ref --total_length --allele_number --no_escape --xref_refseq --failed 1 --vcf --minimal --flag_pick_allele --pick_order canonical,tsl,biotype,rank,ccds,length --dir <vep_data> --fasta <ref_fasta> --input_file <input_vcf> --output_file <output_vcf></font><br></div><div><br></div><div>This is the way I would expect the output VCF to be re-formatted...</div><div><br></div><div><div><font face="monospace, monospace">#CHROM  POS     ID      REF     ALT     QUAL    FILTER  INFO    FORMAT  TUMOR   NORMAL</font></div><div><font face="monospace, monospace">1       198498331       .       T  TAT        .       .       .       GT:AD:DP        0/1:10,10:20       0/0:30,5:35</font></div><div><font face="monospace, monospace">1       198498325       .       AATATAT A,AATATATAT     .       .       .       GT:AD:DP        0/2:10,0,10:20  0/0:30,0,5:35</font></div></div><div><br></div><div>Thanks,</div><div>Cyriac</div></div>