<div dir="ltr">Thanks Ivan, a useful improvement.<div><br></div><div>I don't understand what might have happened when you've run the installer - your output from ls suggests that even INSTALL.pl has been deleted somehow? Did you run it with the -n or --UPDATE flag? You should only do this if you want to find if there is a new version available - you already have the latest with 82.</div><div><br></div><div>I'd start from scratch again, I can't replicate the issue that you're seeing.</div><div><br></div><div>Regards</div><div><br></div><div>Will</div></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On 2 October 2015 at 20:01, Ivan Adzhubey <span dir="ltr"><<a href="mailto:iadzhubey@rics.bwh.harvard.edu" target="_blank">iadzhubey@rics.bwh.harvard.edu</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">I would also suggest the following changes to <a href="http://variant_effect_predictor.pl" rel="noreferrer" target="_blank">variant_effect_predictor.pl</a>:<br>
<br>
--- original/<a href="http://variant_effect_predictor.pl" rel="noreferrer" target="_blank">variant_effect_predictor.pl</a>     2015-09-30 11:00:42.000000000<br>
-0400<br>
+++ patched/<a href="http://variant_effect_predictor.pl" rel="noreferrer" target="_blank">variant_effect_predictor.pl</a>    2015-10-02 14:55:21.211776330 -0400<br>
@@ -43,8 +43,8 @@ use strict;<br>
 use Getopt::Long;<br>
 use FileHandle;<br>
 use CGI qw/:standard/;<br>
-use FindBin qw($Bin);<br>
-use lib $Bin;<br>
+use FindBin qw($RealBin);<br>
+use lib $RealBin;<br>
<br>
This would allow using symbolic links with the script.<br>
<br>
Thanks,<br>
Ivan<br>
<div class="HOEnZb"><div class="h5"><br>
On Friday, October 02, 2015 02:20:51 PM Ivan Adzhubey wrote:<br>
> Hi Will,<br>
><br>
> On Friday, October 02, 2015 09:32:03 AM Will McLaren wrote:<br>
> > No, the script version should match the API/DB version - perhaps at some<br>
> > point 80 is getting inserted instead of 82?<br>
><br>
> I have set aside (renamed) old installation directory, re-downloaded 82.zip<br>
> archive once again, unzipped it and re-run INSTALL.pl from scratch.<br>
><br>
> This time I did not get *any* of the scripts copied to the installation<br>
> directory at all. Below is file listing of the target directory after the<br>
> successful installation (no errors reported, all tests PASSed):<br>
><br>
> $ ls -lh<br>
> total 80K<br>
> drwxrwxr-x 45 ivan ivan 4.0K Oct  2 14:09 Bio<br>
> drwxrwxr-x  6 ivan ivan 4.0K Oct  2 14:09 FAIDX<br>
> -rw-rw-r--  1 ivan ivan 2.0K Oct  2 14:09 Faidx.pm<br>
> -rw-rw-r--  1 ivan ivan  60K Oct  2 14:09 Faidx.so<br>
> drwxr-xr-x  6 ivan ivan 4.0K Oct  2 14:09 htslib<br>
> drwxrwxr-x  3 ivan ivan 4.0K Oct  2 13:55 t<br>
><br>
> As you can see, <a href="http://variant_effect_predictor.pl" rel="noreferrer" target="_blank">variant_effect_predictor.pl</a> is nowhere to be found.<br>
><br>
> So, the INSTALL.pl seems to be broken in this release.<br>
><br>
> Best,<br>
> Ivan<br>
><br>
> > On 2 October 2015 at 00:12, Ivan Adzhubey <<a href="mailto:iadzhubey@rics.bwh.harvard.edu">iadzhubey@rics.bwh.harvard.edu</a>><br>
> ><br>
> > wrote:<br>
> > > Hi Will,<br>
> > ><br>
> > > Updating the API installation did help, no more noisy warning messages.<br>
> > > Thanks<br>
> > > you!<br>
> > ><br>
> > > One more question. After the upgrade, is this normal:<br>
> > ><br>
> > > $ <a href="http://variant_effect_predictor.pl" rel="noreferrer" target="_blank">variant_effect_predictor.pl</a><br>
> > > #----------------------------------#<br>
> > > # ENSEMBL VARIANT EFFECT PREDICTOR #<br>
> > > #----------------------------------#<br>
> > ><br>
> > > version 80<br>
> > > by Will McLaren (<a href="mailto:wm2@ebi.ac.uk">wm2@ebi.ac.uk</a>)<br>
> > ><br>
> > > Help: <a href="mailto:dev@ensembl.org">dev@ensembl.org</a> , <a href="mailto:helpdesk@ensembl.org">helpdesk@ensembl.org</a><br>
> > > Twitter: @ensembl , @EnsemblWill<br>
> > > <...><br>
> > ><br>
> > > Note the script version which does not match the API/database one.<br>
> > ><br>
> > > Thanks,<br>
> > > Ivan<br>
> > ><br>
> > > On Thursday, October 01, 2015 11:01:35 AM Will McLaren wrote:<br>
> > > > Hi Ivan<br>
> > > ><br>
> > > > Thanks for the report. We have a data bug in the GRCh37 VEP cache that<br>
> > > > means some protein domain descriptions are incomplete.<br>
> > > ><br>
> > > > I've added a fix to the VEP code to suppress the warning you are<br>
> > > > seeing<br>
> > > > (re-run INSTALL.pl to pick it up); it may be that we are able to<br>
> > > > update<br>
> > ><br>
> > > the<br>
> > ><br>
> > > > cache at a later date with the missing data.<br>
> > > ><br>
> > > > Regards<br>
> > > ><br>
> > > > Will McLaren<br>
> > > > Ensembl Variation<br>
> > > ><br>
> > > > On 30 September 2015 at 23:41, Ivan Adzhubey <<br>
> > ><br>
> > > <a href="mailto:iadzhubey@rics.bwh.harvard.edu">iadzhubey@rics.bwh.harvard.edu</a><br>
> > ><br>
> > > > > wrote:<br>
> > > > ><br>
> > > > > Hi,<br>
> > > > ><br>
> > > > > $ <a href="http://variant_effect_predictor.pl" rel="noreferrer" target="_blank">variant_effect_predictor.pl</a> --offline --cache --assembly GRCh37<br>
> > > > > --format vcf -i<br>
> > > > > example_GRCh37.vcf --everything -o example_annotated_GRCh37.vcf<br>
> > > > ><br>
> > > > > 2015-09-30 17:39:59 - Read existing cache info<br>
> > > > > 2015-09-30 17:39:59 - INFO: Disabling --hgvs; using --offline and no<br>
> > ><br>
> > > FASTA<br>
> > ><br>
> > > > > file<br>
> > > > > found<br>
> > > > > 2015-09-30 17:39:59 - Starting...<br>
> > > > > 2015-09-30 17:39:59 - Read 173 variants into buffer<br>
> > > > > 2015-09-30 17:39:59 - Checking for existing variations<br>
> > > > > <...><br>
> > > > > Use of uninitialized value in concatenation (.) or string at<br>
> > > > > /net/apps/noarch/vep/Bio/EnsEMBL/Variation/Utils/VEP.pm line 2757.<br>
> > > > > [============================><br>
> > > > > ]   [ 23% ]Use of uninitialized value in concatenation (.) or string<br>
> > > > > at<br>
> > > > > /net/apps/noarch/vep/Bio/EnsEMBL/Variation/Utils/VEP.pm line 2757.<br>
> > > > > Use of uninitialized value in concatenation (.) or string at<br>
> > > > > /net/apps/noarch/vep/Bio/EnsEMBL/Variation/Utils/VEP.pm line 2757.<br>
> > > > > Use of uninitialized value in concatenation (.) or string at<br>
> > > > > /net/apps/noarch/vep/Bio/EnsEMBL/Variation/Utils/VEP.pm line 2757.<br>
> > > > > Use of uninitialized value in concatenation (.) or string at<br>
> > > > > /net/apps/noarch/vep/Bio/EnsEMBL/Variation/Utils/VEP.pm line 2757.<br>
> > > > > Use of uninitialized value in concatenation (.) or string at<br>
> > > > > /net/apps/noarch/vep/Bio/EnsEMBL/Variation/Utils/VEP.pm line 2757.<br>
> > > > > Use of uninitialized value in concatenation (.) or string at<br>
> > > > > /net/apps/noarch/vep/Bio/EnsEMBL/Variation/Utils/VEP.pm line 2757.<br>
> > > > > Use of uninitialized value in concatenation (.) or string at<br>
> > > > > /net/apps/noarch/vep/Bio/EnsEMBL/Variation/Utils/VEP.pm line 2757.<br>
> > > > > Use of uninitialized value in concatenation (.) or string at<br>
> > > > > /net/apps/noarch/vep/Bio/EnsEMBL/Variation/Utils/VEP.pm line 2757.<br>
> > > > > Use of uninitialized value in concatenation (.) or string at<br>
> > > > > /net/apps/noarch/vep/Bio/EnsEMBL/Variation/Utils/VEP.pm line 2757.<br>
> > > > > Use of uninitialized value in concatenation (.) or string at<br>
> > > > > /net/apps/noarch/vep/Bio/EnsEMBL/Variation/Utils/VEP.pm line 2757.<br>
> > > > > Use of uninitialized value in concatenation (.) or string at<br>
> > > > > /net/apps/noarch/vep/Bio/EnsEMBL/Variation/Utils/VEP.pm line 2757.<br>
> > > > > Use of uninitialized value in concatenation (.) or string at<br>
> > > > > /net/apps/noarch/vep/Bio/EnsEMBL/Variation/Utils/VEP.pm line 2757.<br>
> > > > > <...><br>
> > > > ><br>
> > > > > On Wednesday, September 30, 2015 01:41:00 PM Thomas Maurel wrote:<br>
> > > > > > We are pleased to announce that the latest Ensembl update (e!82)<br>
> > > > > > has<br>
> > > > > > been<br>
> > > > > > released: <a href="http://www.ensembl.org/" rel="noreferrer" target="_blank">http://www.ensembl.org/</a> <<a href="http://www.ensembl.org/" rel="noreferrer" target="_blank">http://www.ensembl.org/</a>><br>
> > > > > ><br>
> > > > > > Highlights of this release include:<br>
> > > > > ><br>
> > > > > > Ensembl mobile website <<a href="http://m.ensembl.org/" rel="noreferrer" target="_blank">http://m.ensembl.org/</a>><br>
> > > > > > Support of VEP Plugins through the web interface, script and REST<br>
> > > > > > Improved Variation tables<br>
> > > > > > <<br>
> > ><br>
> > > <a href="http://e82.ensembl.org/Homo_sapiens/Gene/Variation_Gene/Table?g=ENSG0000" rel="noreferrer" target="_blank">http://e82.ensembl.org/Homo_sapiens/Gene/Variation_Gene/Table?g=ENSG0000</a><br>
> > > 01<br>
> > ><br>
> > > > > > 39618;r=13:32315474-32400266> RNASeq data set of Zebrafish<br>
> > > > > > <<a href="http://e82.ensembl.org/Danio_rerio/Info/Index" rel="noreferrer" target="_blank">http://e82.ensembl.org/Danio_rerio/Info/Index</a>> developmental<br>
> > > > > > stages<br>
> > > > > > Marking a region on images<br>
> > > > > > LastZ replaced TBlat for pairwise alignments<br>
> > > > > > Human variation data updates to dbSNP (144) including variants<br>
> > > > > > from<br>
> > ><br>
> > > the<br>
> > ><br>
> > > > > > Exome Aggregation Consortium (ExAC<br>
> > > > > > <<a href="http://exac.broadinstitute.org/" rel="noreferrer" target="_blank">http://exac.broadinstitute.org/</a><br>
> > > ><br>
> > > >)<br>
> > > ><br>
> > > > > Mouse<br>
> > > > ><br>
> > > > > > <<a href="http://e82.ensembl.org/Mus_musculus/Info/Index" rel="noreferrer" target="_blank">http://e82.ensembl.org/Mus_musculus/Info/Index</a>>: updated to<br>
> > ><br>
> > > GENCODE M7<br>
> > ><br>
> > > > > > including HAVANA annotation. Improved data upload form<br>
> > > > > > Improvements to PDF export<br>
> > > > > > Export mode for projectors and print<br>
> > > > > > Phenotype data updated for several species, including human<br>
> > > > > > <<a href="http://e82.ensembl.org/Homo_sapiens/Phenotype/Locations?ph=5815" rel="noreferrer" target="_blank">http://e82.ensembl.org/Homo_sapiens/Phenotype/Locations?ph=5815</a>>,<br>
> > ><br>
> > > mouse<br>
> > ><br>
> > > > > > <<a href="http://e82.ensembl.org/Mus_musculus/Phenotype/Locations?ph=225" rel="noreferrer" target="_blank">http://e82.ensembl.org/Mus_musculus/Phenotype/Locations?ph=225</a>>,<br>
> > ><br>
> > > rat<br>
> > ><br>
> > > > > > <<a href="http://e82.ensembl.org/Rattus_norvegicus/Phenotype/Locations?ph=7" rel="noreferrer" target="_blank">http://e82.ensembl.org/Rattus_norvegicus/Phenotype/Locations?ph=7</a><br>
> > > > > > 3><br>
> > ><br>
> > > and<br>
> > ><br>
> > > > > > horse <<a href="http://e82.ensembl.org/Equus_caballus/Info/Index" rel="noreferrer" target="_blank">http://e82.ensembl.org/Equus_caballus/Info/Index</a>><br>
> > > > > ><br>
> > > > > > A complete list of the changes in release 82 can be found at<br>
> > > > > > <a href="http://www.ensembl.org/info/website/news.html" rel="noreferrer" target="_blank">http://www.ensembl.org/info/website/news.html</a><br>
> > > > > > <<a href="http://www.ensembl.org/info/website/news.html" rel="noreferrer" target="_blank">http://www.ensembl.org/info/website/news.html</a>><br>
> > > > > ><br>
> > > > > > For the latest news from the Ensembl project visit our blog at<br>
> > > > > > <a href="http://www.ensembl.info" rel="noreferrer" target="_blank">http://www.ensembl.info</a> <<a href="http://www.ensembl.info/" rel="noreferrer" target="_blank">http://www.ensembl.info/</a>><br>
> > ><br>
> > > > > > The release 82 blog post can be viewed here:<br>
> > > <a href="http://www.ensembl.info/blog/2015/09/30/ensembl-82-has-been-released/" rel="noreferrer" target="_blank">http://www.ensembl.info/blog/2015/09/30/ensembl-82-has-been-released/</a><br>
> > ><br>
> > > > > > <<br>
> > ><br>
> > > <a href="http://www.ensembl.info/blog/2015/09/30/ensembl-82-has-been-released/" rel="noreferrer" target="_blank">http://www.ensembl.info/blog/2015/09/30/ensembl-82-has-been-released/</a>><br>
> > ><br>
> > > > > > The e82 webinar is planned for Wednesday 7th Oct at 16:00 GMT+1,<br>
> > ><br>
> > > please<br>
> > ><br>
> > > > > > register using the following URL (registration is free):<br>
> > > > > > <a href="http://www.ebi.ac.uk/training/events/2015/ensembl-release-82-webin" rel="noreferrer" target="_blank">http://www.ebi.ac.uk/training/events/2015/ensembl-release-82-webin</a><br>
> > > > > > ar<br>
> > > > > > <<a href="https://attendee.gototraining.com/r/1571390501370151169" rel="noreferrer" target="_blank">https://attendee.gototraining.com/r/1571390501370151169</a>><br>
> > > > > ><br>
> > > > > ><br>
> > > > > > Best Regards,<br>
> > > > > > Thomas<br>
<br>
<br>
_______________________________________________<br>
Dev mailing list    <a href="mailto:Dev@ensembl.org">Dev@ensembl.org</a><br>
Posting guidelines and subscribe/unsubscribe info: <a href="http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev" rel="noreferrer" target="_blank">http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev</a><br>
Ensembl Blog: <a href="http://www.ensembl.info/" rel="noreferrer" target="_blank">http://www.ensembl.info/</a><br>
</div></div></blockquote></div><br></div>