<div dir="ltr">Hi Ivan<div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On 6 October 2015 at 02:06, Ivan Adzhubey <span dir="ltr"><<a href="mailto:iadzhubey@rics.bwh.harvard.edu" target="_blank">iadzhubey@rics.bwh.harvard.edu</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">Hi Rishi,<br>
<span class=""><br>
On Monday, October 05, 2015 11:05:15 AM Rishi Nag wrote:<br>
> Hi Ivan<br>
><br>
> Was the -d option specified with INSTALL.pl?<br>
<br>
</span>Yep.<br>
<span class=""><br>
> This is where downloaded code<br>
> modules end up. Using this would give the listing as specified below but<br>
> the location of the ensembl-tools scripts would still be where the<br>
> ensembl-tools archive was unzipped.<br>
<br>
</span>Hmm, looks like the INSTALL.pl used to also copy the executables in the<br>
directory specified by the -d switch, at least up to version 80. That's the<br>
version of the script(s) I found stuck on my system.<br></blockquote><div><br></div><div>I don't believe that is the case - the behaviour has always been the same.</div><div> </div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
<br>
Anyway, not actually installing the executables into target location specified<br>
(explicitly) looks like a very counter-intuitive behavior to me. At least it<br>
should be clearly documented.<br></blockquote><div><br></div><div>I agree, this is not very intuitive - I will update the documentation.</div><div> </div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
<br>
One more question, here's the header excerpt from the example VCF generated by<br>
the test run:<br>
<br>
$ head -7 example_annotated_GRCh37.vcf<br>
## ENSEMBL VARIANT EFFECT PREDICTOR v82<br>
## Output produced at 2015-10-05 20:54:32<br>
## Using cache in /net/data/vep/homo_sapiens/82_GRCh37<br>
## Using API version 82, DB version ?<br>
## polyphen version 2.2.2<br>
## sift version sift5.2.2<br>
## COSMIC version 71<br>
<br>
Why the DB version is reported as missing (?) on line 4? Is this normal? The<br>
cache path specified is correct.<br></blockquote><div><br></div><div>If you are using --offline then the VEP script makes no DB connection, so the database version won't be checked. If you use --cache or --database then you will see the version populated. Perhaps it would be clearer to remove that statement from the header if no DB connection is made.</div><div><br></div><div>Regards</div><div><br></div><div>Will</div><div> </div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
<br>
Thanks,<br>
Ivan<br>
<span class="im HOEnZb"><br>
<br>
--<br>
Ivan Adzhubey, Ph.D.<br>
Instructor<br>
Division of Genetics, Dept of Medicine<br>
Brigham & Women's Hospital<br>
Harvard Medical School<br>
New Research Building, Room 0464C<br>
77 Avenue Louis Pasteur<br>
Boston, MA 02115<br>
tel.: <a href="tel:%28617%29%20525-4728" value="+16175254728">(617) 525-4728</a><br>
fax:  <a href="tel:%28617%29%20525-4705" value="+16175254705">(617) 525-4705</a><br>
web: <a href="http://genetics.bwh.harvard.edu/wiki/sunyaevlab/" rel="noreferrer" target="_blank">http://genetics.bwh.harvard.edu/wiki/sunyaevlab/</a><br>
<br>
<br>
</span><div class="HOEnZb"><div class="h5">_______________________________________________<br>
Dev mailing list    <a href="mailto:Dev@ensembl.org">Dev@ensembl.org</a><br>
Posting guidelines and subscribe/unsubscribe info: <a href="http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev" rel="noreferrer" target="_blank">http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev</a><br>
Ensembl Blog: <a href="http://www.ensembl.info/" rel="noreferrer" target="_blank">http://www.ensembl.info/</a><br>
</div></div></blockquote></div><br></div></div>