<div dir="ltr">Hi Ivan,<div><br></div><div>You only need to use one of --database, --cache or --offline. Using --offline implies using the cache.</div><div><br></div><div>If you use --offline, only the cache version matters. The data source and algorithm versions listed in the header are consistent within a cache version. The only other variable is the version of the VEP (and corresponding API) that you are using, which is also listed in the header.</div><div><br></div><div>Regards</div><div><br></div><div>Will</div></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On 6 October 2015 at 18:46, Ivan Adzhubey <span dir="ltr"><<a href="mailto:iadzhubey@rics.bwh.harvard.edu" target="_blank">iadzhubey@rics.bwh.harvard.edu</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">Hi Will,<br>
<span class=""><br>
On Tuesday, October 06, 2015 09:26:52 AM Will McLaren wrote:<br>
> > One more question, here's the header excerpt from the example VCF<br>
> > generated by<br>
> > the test run:<br>
> ><br>
> > $ head -7 example_annotated_GRCh37.vcf<br>
> > ## ENSEMBL VARIANT EFFECT PREDICTOR v82<br>
> > ## Output produced at 2015-10-05 20:54:32<br>
> > ## Using cache in /net/data/vep/homo_sapiens/82_GRCh37<br>
> > ## Using API version 82, DB version ?<br>
> > ## polyphen version 2.2.2<br>
> > ## sift version sift5.2.2<br>
> > ## COSMIC version 71<br>
> ><br>
> > Why the DB version is reported as missing (?) on line 4? Is this normal?<br>
> > The cache path specified is correct.<br>
><br>
> If you are using --offline then the VEP script makes no DB connection, so<br>
> the database version won't be checked. If you use --cache or --database<br>
> then you will see the version populated. Perhaps it would be clearer to<br>
> remove that statement from the header if no DB connection is made.<br>
<br>
</span>I did use the --cache option (together with --offline) to generate this<br>
particular VCF. Here is the complete command line used:<br>
<br>
$ <a href="http://variant_effect_predictor.pl" rel="noreferrer" target="_blank">variant_effect_predictor.pl</a> --offline --cache --dir /data/vep --assembly<br>
GRCh37 --format vcf -i /apps/vep/example_GRCh37.vcf --everything -o<br>
example_annotated_GRCh37.vcf<br>
<br>
The reason I am asking is that we have found some discrepancies in the<br>
functional annotations for a number of variants/genes and would like to make<br>
sure correct version of the annotations database (i.e. the one installed in<br>
the local cache) is always used by the script.<br>
<div class="HOEnZb"><div class="h5"><br>
Thanks,<br>
Ivan<br>
<br>
--<br>
Ivan Adzhubey, Ph.D.<br>
Instructor<br>
Division of Genetics, Dept of Medicine<br>
Brigham & Women's Hospital<br>
Harvard Medical School<br>
New Research Building, Room 0464C<br>
77 Avenue Louis Pasteur<br>
Boston, MA 02115<br>
tel.: <a href="tel:%28617%29%20525-4728" value="+16175254728">(617) 525-4728</a><br>
fax:  <a href="tel:%28617%29%20525-4705" value="+16175254705">(617) 525-4705</a><br>
web: <a href="http://genetics.bwh.harvard.edu/wiki/sunyaevlab/" rel="noreferrer" target="_blank">http://genetics.bwh.harvard.edu/wiki/sunyaevlab/</a><br>
<br>
<br>
_______________________________________________<br>
Dev mailing list    <a href="mailto:Dev@ensembl.org">Dev@ensembl.org</a><br>
Posting guidelines and subscribe/unsubscribe info: <a href="http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev" rel="noreferrer" target="_blank">http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev</a><br>
Ensembl Blog: <a href="http://www.ensembl.info/" rel="noreferrer" target="_blank">http://www.ensembl.info/</a><br>
</div></div></blockquote></div><br></div>