<div dir="ltr">Hi Alex,<div><br></div><div>I've committed a fix for this issue to the ensembl-tools repo (on the release/82 branch); you'll need to re-download it to get the fix, or use "git pull" if you happened to use git to fetch the repo in the first place.</div><div><br></div><div>Regards</div><div><br></div><div>Will</div></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On 26 October 2015 at 08:51, Alex Beesley <span dir="ltr"><<a href="mailto:Alex.Beesley@telethonkids.org.au" target="_blank">Alex.Beesley@telethonkids.org.au</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">



<div style="word-wrap:break-word;color:rgb(0,0,0);font-size:14px;font-family:Calibri,sans-serif">
<div>
<div>
<div>
<div style="font-family:Calibri">Hi team – I have been using the VEP filter script to filter variants based on 1000 Genome frequencies (--filter "GMAF not > 0.01”), but this doesn’t seem to recognise frequencies for single base indels.</div>
<div style="font-family:Calibri">For example, the following is a high frequency indel for which the base is not indicated because it is a deletion. But one would still want to filter it out.</div>
<div style="font-family:Calibri"><br>
</div>
<div style="font-family:Calibri">rs142545439</div>
<div style="font-family:Calibri">GMAF</div>
<div style="font-family:Calibri"> -:0.3706</div>
<div style="font-family:Calibri">
<div><br>
</div>
<font face="Calibri,Verdana,Helvetica,Arial">Unfortunately the VEP filter does not seem to recognise the format of these frequencies and refuses to cooperate with any of the operators (e.g.  < or >). The same applies to all the other 1000Genome population frequencies. </font><span style="font-family:Calibri,Verdana,Helvetica,Arial">Help!</span></div>
<div style="font-family:Calibri"><font face="Calibri,Verdana,Helvetica,Arial"><br>
</font></div>
<div style="font-family:Calibri"><font face="Calibri,Verdana,Helvetica,Arial">Thanks in advance</font></div><span class="HOEnZb"><font color="#888888">
<div style="font-family:Calibri"><font face="Calibri,Verdana,Helvetica,Arial">Alex</font></div>
</font></span></div>
<div><font size="1"><font face="Geneva,Verdana,Helvetica,Arial"><span style="font-size:9pt">
<div><br>
</div>
</span></font></font><font face="Calibri,Verdana,Helvetica,Arial"><span style="font-size:11pt"><br>
<br>
</span></font></div>
</div>
</div>
</div>

<br>_______________________________________________<br>
Dev mailing list    <a href="mailto:Dev@ensembl.org">Dev@ensembl.org</a><br>
Posting guidelines and subscribe/unsubscribe info: <a href="http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev" rel="noreferrer" target="_blank">http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev</a><br>
Ensembl Blog: <a href="http://www.ensembl.info/" rel="noreferrer" target="_blank">http://www.ensembl.info/</a><br>
<br></blockquote></div><br></div>