
<html>

<head>

<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=iso-8859-1">

</head>

<body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; color: rgb(0, 0, 0); font-size: 14px; font-family: Calibri, sans-serif;">

<div>

<div>

<div>

<div style="font-family: Calibri;">Hi team – I have been using the VEP filter script to filter variants based on 1000 Genome frequencies (--filter "GMAF not > 0.01”), but this doesn’t seem to recognise frequencies for single base indels.</div>

<div style="font-family: Calibri;">For example, the following is a high frequency indel for which the base is not indicated because it is a deletion. But one would still want to filter it out.</div>

<div style="font-family: Calibri;"><br>

</div>

<div style="font-family: Calibri;">rs142545439</div>

<div style="font-family: Calibri;">GMAF</div>

<div style="font-family: Calibri;"> -:0.3706</div>

<div style="font-family: Calibri;">

<div><br>

</div>

<font face="Calibri,Verdana,Helvetica,Arial">Unfortunately the VEP filter does not seem to recognise the format of these frequencies and refuses to cooperate with any of the operators (e.g.  < or >). The same applies to all the other 1000Genome population frequencies. </font><span style="font-family: Calibri, Verdana, Helvetica, Arial;">Help!</span></div>

<div style="font-family: Calibri;"><font face="Calibri,Verdana,Helvetica,Arial"><br>

</font></div>

<div style="font-family: Calibri;"><font face="Calibri,Verdana,Helvetica,Arial">Thanks in advance</font></div>

<div style="font-family: Calibri;"><font face="Calibri,Verdana,Helvetica,Arial">Alex</font></div>

</div>

<div><font size="1"><font face="Geneva,Verdana,Helvetica,Arial"><span style="font-size: 9pt;">

<div><br>

</div>

</span></font></font><font face="Calibri,Verdana,Helvetica,Arial"><span style="font-size: 11pt;"><br>

<br>

</span></font></div>

</div>

</div>

</body>

</html>