<div dir="ltr">Yes, that's likely it. I set my vep data folder to be the same as the vep installation folder.<div><br></div><div>~Cyriac</div></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Mon, Nov 2, 2015 at 7:32 AM, Will McLaren <span dir="ltr"><<a href="mailto:wm2@ebi.ac.uk" target="_blank">wm2@ebi.ac.uk</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr">Hi Cyriac,<div><br></div><div>It looks like the script is picking up some directories in $VEP_DATA that are not VEP cache directories, possibly $VEP_DATA/htslib/test ?</div><div><br></div><div>I'd suggest moving these as if you use "--species all" the script basically looks for any directories in --dir and assumes they are VEP caches.</div><div><br></div><div>I'll add a fix too to verify the directories before continuing.</div><div><br></div><div>Regards</div><div><br></div><div>Will McLaren</div><div>Ensembl Variation</div></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote"><div><div class="h5">On 31 October 2015 at 22:58, Cyriac Kandoth <span dir="ltr"><<a href="mailto:kandoth@cbio.mskcc.org" target="_blank">kandoth@cbio.mskcc.org</a>></span> wrote:<br></div></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div><div class="h5"><div dir="ltr"><div>I normally something like this, after downloading a bunch of caches... and it works fine:</div>perl <a href="http://convert_cache.pl" target="_blank">convert_cache.pl</a> --species homo_sapiens,mus_musculus --version 82_GRCh37,82_GRCh38,82_GRCm38 --dir $VEP_DATA<br><div><br></div><div>The documentation states we can use "all" to do all caches found. But here's what happen when I do:</div><div>perl <a href="http://convert_cache.pl" target="_blank">convert_cache.pl</a> --species all --version all --dir $VEP_DATA<br></div><div><br></div><div><div>2015-10-31 18:54:45 - Processing htslib</div><div>2015-10-31 18:54:45 - Processing version test</div><div>Can't use an undefined value as an ARRAY reference at <a href="http://convert_cache.pl" target="_blank">convert_cache.pl</a> line 176.</div></div><div><br></div><div>Let me know if you need more information to debug.</div><div><br></div><div>Cheers!</div><span><font color="#888888"><div><br></div><div>~Cyriac</div></font></span></div>
<br></div></div>_______________________________________________<br>
Dev mailing list    <a href="mailto:Dev@ensembl.org" target="_blank">Dev@ensembl.org</a><br>
Posting guidelines and subscribe/unsubscribe info: <a href="http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev" rel="noreferrer" target="_blank">http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev</a><br>
Ensembl Blog: <a href="http://www.ensembl.info/" rel="noreferrer" target="_blank">http://www.ensembl.info/</a><br>
<br></blockquote></div><br></div>
<br>_______________________________________________<br>
Dev mailing list    <a href="mailto:Dev@ensembl.org">Dev@ensembl.org</a><br>
Posting guidelines and subscribe/unsubscribe info: <a href="http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev" rel="noreferrer" target="_blank">http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev</a><br>
Ensembl Blog: <a href="http://www.ensembl.info/" rel="noreferrer" target="_blank">http://www.ensembl.info/</a><br>
<br></blockquote></div><br></div>