<div dir="ltr">That's fantastic, thanks a lot!<div><br></div><div>Greg</div></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr">On Thu, Nov 5, 2015 at 5:12 PM Will McLaren <<a href="mailto:wm2@ebi.ac.uk">wm2@ebi.ac.uk</a>> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr">Hi Greg,<div><br></div><div>The VEP endpoints will take genomic coords and give you CDS coordinates (along with many other things that you may not want!): <a href="http://rest.ensembl.org/documentation/info/vep_region_get" target="_blank">http://rest.ensembl.org/documentation/info/vep_region_get</a></div><div><br></div><div>There is also a POST endpoint.</div><div><br></div><div>You could also use the local VEP script to do the same with the benefit of adding speed and being able to customise your output more:</div><div><br></div><div><a href="http://www.ensembl.org/info/docs/tools/vep/script/index.html" target="_blank">http://www.ensembl.org/info/docs/tools/vep/script/index.html</a><br></div><div><br></div><div>Regards</div><div><br></div><div>Will McLaren</div><div>Ensembl Variation</div></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote"></div></div><div class="gmail_extra"><div class="gmail_quote">On 5 November 2015 at 16:59, Greg Slodkowicz <span dir="ltr"><<a href="mailto:gregs@ebi.ac.uk" target="_blank">gregs@ebi.ac.uk</a>></span> wrote:<br></div></div><div class="gmail_extra"><div class="gmail_quote"><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr">Dear all,<div>I'm working with a large (>500K) dataset of cancer mutations, all of which fall in coding regions. In the format I was given, the mutated positions are given as genomic (rather than CDS) coordinates. I noticed that the Ensembl REST API has a feature to map from protein to genomic coordinates (<a href="http://rest.ensembl.org/documentation/info/assembly_translation" target="_blank">http://rest.ensembl.org/documentation/info/assembly_translation</a>) but apparently not the other way round. What would be the simplest way to perform this kind of mapping?</div><div><br></div><div>Many thanks,<br>Greg</div></div>
<br></blockquote></div></div><div class="gmail_extra"><div class="gmail_quote"><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">_______________________________________________<br>
Dev mailing list    <a href="mailto:Dev@ensembl.org" target="_blank">Dev@ensembl.org</a><br>
Posting guidelines and subscribe/unsubscribe info: <a href="http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev" rel="noreferrer" target="_blank">http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev</a><br>
Ensembl Blog: <a href="http://www.ensembl.info/" rel="noreferrer" target="_blank">http://www.ensembl.info/</a><br>
<br></blockquote></div><br></div>
_______________________________________________<br>
Dev mailing list    <a href="mailto:Dev@ensembl.org" target="_blank">Dev@ensembl.org</a><br>
Posting guidelines and subscribe/unsubscribe info: <a href="http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev" rel="noreferrer" target="_blank">http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev</a><br>
Ensembl Blog: <a href="http://www.ensembl.info/" rel="noreferrer" target="_blank">http://www.ensembl.info/</a><br>
</blockquote></div>