<div dir="ltr">Hi,<div><br></div><div>For the minimalist VCF and VEP command below, using mus_musculus and GRCm38, the output VCF appears to skip reporting fields like HGVSc, ALLELE_NUM, and EXON/INTRON positions. This does not happen if I remove "SVTYPE=DEL" from the input VCF. Am I breaking VCF conventions by specifying SVTYPE=DEL? Should it only be used for larger structural variants?</div><div><br></div><div><div>Thanks,</div><div>Cyriac</div></div><div><br></div><div>--</div><div><b>test.vcf contains:</b></div><div><span style="font-family:monospace,monospace">##fileformat=VCFv4.2</span><br></div><div><div><font face="monospace, monospace">#CHROM<span class="" style="white-space:pre">   </span>POS<span class="" style="white-space:pre">       </span>ID<span class="" style="white-space:pre">        </span>REF<span class="" style="white-space:pre">       </span>ALT<span class="" style="white-space:pre">       </span>QUAL<span class="" style="white-space:pre">      </span>FILTER<span class="" style="white-space:pre">    </span>INFO</font></div><div><font face="monospace, monospace">11<span class="" style="white-space:pre">      </span>96283450<span class="" style="white-space:pre">  </span>.<span class="" style="white-space:pre"> </span>TG<span class="" style="white-space:pre">        </span>T<span class="" style="white-space:pre"> </span>.<span class="" style="white-space:pre"> </span>PASS<span class="" style="white-space:pre">      </span>SVTYPE=DEL</font></div></div><div><br></div><div><b>VEP v82 command with local GRCm38 cache:</b></div><div><span style="font-family:monospace,monospace">perl <a href="http://variant_effect_predictor.pl">variant_effect_predictor.pl</a> --offline --species mus_musculus --assembly GRCm38 --vcf --input_file test.vcf --output_file test.vep.vcf</span><br></div></div>