<div dir="ltr"><div class="gmail_default" style=""><div class="gmail_default" style=""><font face="arial, helvetica, sans-serif">Hi,</font></div><div class="gmail_default" style=""><br></div><div class="gmail_default" style=""><font face="arial, helvetica, sans-serif">I'm working with VEP 83 under MacOsX.</font></div><div class="gmail_default" style=""><font face="arial, helvetica, sans-serif"><br></font></div><div class="gmail_default" style=""><font face="arial, helvetica, sans-serif">I meet some troubles with VEP using dbNSFP 2.9. (for hg19, I downloaded from this page <a href="http://snpeff.sourceforge.net/SnpSift.html#dbNSFP">http://snpeff.sourceforge.net/SnpSift.html#dbNSFP</a></font><span style="font-family:arial,helvetica,sans-serif">)</span><font face="arial, helvetica, sans-serif"><br></font></div><div class="gmail_default" style="">I'm using MaxtEnScan and dbscSNV plugins too. Here, everything is ok.</div><div class="gmail_default" style=""><br></div><div class="gmail_default" style="">My script makes a vcf and txt ouput. For both of them, data from dbNSFP are empty.</div><div class="gmail_default" style="">The column names from dbNSFP are present in the ouputs but with no values inside the respective columns.</div><div class="gmail_default" style="">No errors are output when vep is running on dbNSFP 2.9.</div><div class="gmail_default" style=""><font face="arial, helvetica, sans-serif"><b><br></b></font></div><div class="gmail_default" style="">This globally how I use VEP to get txt output: </div><div class="gmail_default" style=""><br></div><div class="gmail_default" style=""><font face="arial, helvetica, sans-serif"><div class="gmail_default">-i ${INPUT_PATH}${SAMPLE_FILE}</div><div class="gmail_default">-o ${OUTPUT_PATH}${SAMPLE_FILE}.vep.txt</div><div class="gmail_default">--verbose</div><div class="gmail_default">--no_progress</div><div class="gmail_default">--cache</div><div class="gmail_default">--refseq</div><div class="gmail_default">--offline</div><div class="gmail_default">--fork 6</div><div class="gmail_default">--no_stats</div><div class="gmail_default">--buffer_size 10000</div><div class="gmail_default">--dir_plugins ${VEP_PLUGINS_DIR}</div><div class="gmail_default">--plugin dbNSFP,${DBNSFP_PATH_29},PROVEAN_score,SIFT_score,ExAC_NFE_AC,genename</div><div class="gmail_default">--plugin dbscSNV,${DBSCSNV_PATH}</div><div class="gmail_default">--plugin MaxEntScan,${MAXENTSCAN_DIR}</div><div class="gmail_default">--fasta ${FASTA_PATH}</div><div class="gmail_default">--assembly ${VEP_DB_VERSION}</div><div class="gmail_default">--dir_cache ${VEP_DB_PATH}</div><div class="gmail_default">--fields Uploaded_variation,Allele,Location,Consequence,IMPACT,PROVEAN_score,SIFT_score,ExAC_NFE_AC,SYMBOL,genename,Extra,MaxEntScan_ref,MaxEntScan_alt,MaxEntScan_diff,ada_score,rf_score</div><div class="gmail_default">--no_escape  </div><div class="gmail_default">--force_overwrite</div></font></div><div class="gmail_default" style=""><font face="arial, helvetica, sans-serif"><b><br></b></font></div><div class="gmail_default" style=""><font face="arial, helvetica, sans-serif">I check with tabix too if my </font><span style="font-family:arial,helvetica,sans-serif">dbNSFP29.gz had the values for gename for example. </span></div><div class="gmail_default" style=""><span style="font-family:arial,helvetica,sans-serif"><br></span></div><div class="gmail_default" style=""><span style="font-family:arial,helvetica,sans-serif">So , with :</span></div><div class="gmail_default" style=""><font face="arial, helvetica, sans-serif"><b><br></b></font></div><div class="gmail_default" style=""><font face="arial, helvetica, sans-serif"><i>tabix dbNSFP29.gz 1:109446750-109446750</i></font></div><div class="gmail_default" style=""><font face="arial, helvetica, sans-serif"><br></font></div><div class="gmail_default" style=""><font face="arial, helvetica, sans-serif">I retrieve "GPSM2" for the genename column.</font></div><div class="gmail_default" style=""><font face="arial, helvetica, sans-serif"><br></font></div><div class="gmail_default" style=""><font face="arial, helvetica, sans-serif">But when I look to the Vep outputs (vcf or txt file) in "Extra Column" or "genename Column", there is no value found.</font></div><div class="gmail_default" style=""><font face="arial, helvetica, sans-serif"><br></font></div><div class="gmail_default" style=""><font face="arial, helvetica, sans-serif">Is this a bug or Am I doing something wrong ?</font></div><div class="gmail_default" style=""><font face="arial, helvetica, sans-serif"><br></font></div><div class="gmail_default" style=""><font face="arial, helvetica, sans-serif">I join 4 files in a zip :</font></div><div class="gmail_default" style=""><font face="arial, helvetica, sans-serif"><br></font></div><div class="gmail_default" style=""><font face="arial, helvetica, sans-serif">- COMMAND_VEP.txt : how I execute VEP.</font></div><div class="gmail_default" style=""><font face="arial, helvetica, sans-serif">- LOG_VEP.txt : VEP output</font></div><div class="gmail_default" style=""><font face="arial, helvetica, sans-serif">- OUTPUT_TABIX.txt : tabix output on my </font><span style="font-family:arial,helvetica,sans-serif">dbNSFP29.gz for </span><span style="font-family:arial,helvetica,sans-serif">1:109446750-109446750</span></div><div class="gmail_default" style=""><font face="arial, helvetica, sans-serif">- SU4184.final.vcf.vep & SU4184.final.vcf.vep.txt : output from vep.</font></div><div class="gmail_default" style=""><br></div><div class="gmail_default" style="">Thanks for you help,</div><div class="gmail_default" style=""><br></div></div><div><br></div>-- <br><div class="gmail_signature"><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div dir="ltr"><font size="2" style="font-size:12.8px"><i><b>Jean-Philippe Villemin   </b></i></font><font size="2" style="font-size:12.8px">- </font><font size="2" style="font-size:12.8px">Bioinformatics, Software Engineer -</font><div style="font-size:12.8px"><pre cols="72" style="white-space:pre-wrap"><font face="arial, helvetica, sans-serif">IURC (Institut Universitaire de Recherche Clinique)
641 avenue du Doyen Gaston Giraud
34093 Montpellier Cedex 5, France</font></pre></div><span style="font-size:12.8px"><font size="2"></font></span><font size="2" color="#0000ff"><i><u><a href="mailto:jpvillemin@gmail.com" target="_blank">jpvillemin@gmail.com</a></u></i></font></div><div><font size="2" color="#0000ff"><br></font></div></div></div></div></div>
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