<div dir="ltr">Hi Jean-Philippe,<div><br></div><div>The dbNSFP plugin is configured to match the Ensembl transcript identifier from the variant consequence it is analysing. You are using the RefSeq transcript cache, so the transcript ID won't match that on the dbNSFP line, so you won't get any output.</div><div><br></div><div>You can try modifying the plugin to skip the check on transcript ID; change the following lines (267-271) of ${VEP_PLUGINS_DIR}/dbNSFP.pm from:</div><div><br></div><div><div>    next unless</div><div>      defined($tmp_data->{alt}) &&</div><div>      $tmp_data->{alt} eq $allele &&</div><div>      defined($tmp_data->{Ensembl_transcriptid}) &&</div><div>      $tmp_data->{Ensembl_transcriptid} =~ /$tr_id($|;)/;</div></div><div><br></div><div>to:</div><div><br></div><div><div>    next unless</div><div>      defined($tmp_data->{alt}) &&</div><div>      $tmp_data->{alt} eq $allele;</div></div><div><br></div><div>I will check into whether this transcript check is required at all - if not I will remove it in future versions of the plugin.</div><div><br></div><div>Regards</div><div><br></div><div>Will McLaren</div><div>Ensembl Variation</div></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On 12 January 2016 at 15:34, Jean-Philippe Villemin <span dir="ltr"><<a href="mailto:jpvillemin@gmail.com" target="_blank">jpvillemin@gmail.com</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr"><div class="gmail_default"><div class="gmail_default"><font face="arial, helvetica, sans-serif">Hi,</font></div><div class="gmail_default"><br></div><div class="gmail_default"><font face="arial, helvetica, sans-serif">I'm working with VEP 83 under MacOsX.</font></div><div class="gmail_default"><font face="arial, helvetica, sans-serif"><br></font></div><div class="gmail_default"><font face="arial, helvetica, sans-serif">I meet some troubles with VEP using dbNSFP 2.9. (for hg19, I downloaded from this page <a href="http://snpeff.sourceforge.net/SnpSift.html#dbNSFP" target="_blank">http://snpeff.sourceforge.net/SnpSift.html#dbNSFP</a></font><span style="font-family:arial,helvetica,sans-serif">)</span><font face="arial, helvetica, sans-serif"><br></font></div><div class="gmail_default">I'm using MaxtEnScan and dbscSNV plugins too. Here, everything is ok.</div><div class="gmail_default"><br></div><div class="gmail_default">My script makes a vcf and txt ouput. For both of them, data from dbNSFP are empty.</div><div class="gmail_default">The column names from dbNSFP are present in the ouputs but with no values inside the respective columns.</div><div class="gmail_default">No errors are output when vep is running on dbNSFP 2.9.</div><div class="gmail_default"><font face="arial, helvetica, sans-serif"><b><br></b></font></div><div class="gmail_default">This globally how I use VEP to get txt output: </div><div class="gmail_default"><br></div><div class="gmail_default"><font face="arial, helvetica, sans-serif"><div class="gmail_default">-i ${INPUT_PATH}${SAMPLE_FILE}</div><div class="gmail_default">-o ${OUTPUT_PATH}${SAMPLE_FILE}.vep.txt</div><div class="gmail_default">--verbose</div><div class="gmail_default">--no_progress</div><div class="gmail_default">--cache</div><div class="gmail_default">--refseq</div><div class="gmail_default">--offline</div><div class="gmail_default">--fork 6</div><div class="gmail_default">--no_stats</div><div class="gmail_default">--buffer_size 10000</div><div class="gmail_default">--dir_plugins ${VEP_PLUGINS_DIR}</div><div class="gmail_default">--plugin dbNSFP,${DBNSFP_PATH_29},PROVEAN_score,SIFT_score,ExAC_NFE_AC,genename</div><div class="gmail_default">--plugin dbscSNV,${DBSCSNV_PATH}</div><div class="gmail_default">--plugin MaxEntScan,${MAXENTSCAN_DIR}</div><div class="gmail_default">--fasta ${FASTA_PATH}</div><div class="gmail_default">--assembly ${VEP_DB_VERSION}</div><div class="gmail_default">--dir_cache ${VEP_DB_PATH}</div><div class="gmail_default">--fields Uploaded_variation,Allele,Location,Consequence,IMPACT,PROVEAN_score,SIFT_score,ExAC_NFE_AC,SYMBOL,genename,Extra,MaxEntScan_ref,MaxEntScan_alt,MaxEntScan_diff,ada_score,rf_score</div><div class="gmail_default">--no_escape  </div><div class="gmail_default">--force_overwrite</div></font></div><div class="gmail_default"><font face="arial, helvetica, sans-serif"><b><br></b></font></div><div class="gmail_default"><font face="arial, helvetica, sans-serif">I check with tabix too if my </font><span style="font-family:arial,helvetica,sans-serif">dbNSFP29.gz had the values for gename for example. </span></div><div class="gmail_default"><span style="font-family:arial,helvetica,sans-serif"><br></span></div><div class="gmail_default"><span style="font-family:arial,helvetica,sans-serif">So , with :</span></div><div class="gmail_default"><font face="arial, helvetica, sans-serif"><b><br></b></font></div><div class="gmail_default"><font face="arial, helvetica, sans-serif"><i>tabix dbNSFP29.gz 1:109446750-109446750</i></font></div><div class="gmail_default"><font face="arial, helvetica, sans-serif"><br></font></div><div class="gmail_default"><font face="arial, helvetica, sans-serif">I retrieve "GPSM2" for the genename column.</font></div><div class="gmail_default"><font face="arial, helvetica, sans-serif"><br></font></div><div class="gmail_default"><font face="arial, helvetica, sans-serif">But when I look to the Vep outputs (vcf or txt file) in "Extra Column" or "genename Column", there is no value found.</font></div><div class="gmail_default"><font face="arial, helvetica, sans-serif"><br></font></div><div class="gmail_default"><font face="arial, helvetica, sans-serif">Is this a bug or Am I doing something wrong ?</font></div><div class="gmail_default"><font face="arial, helvetica, sans-serif"><br></font></div><div class="gmail_default"><font face="arial, helvetica, sans-serif">I join 4 files in a zip :</font></div><div class="gmail_default"><font face="arial, helvetica, sans-serif"><br></font></div><div class="gmail_default"><font face="arial, helvetica, sans-serif">- COMMAND_VEP.txt : how I execute VEP.</font></div><div class="gmail_default"><font face="arial, helvetica, sans-serif">- LOG_VEP.txt : VEP output</font></div><div class="gmail_default"><font face="arial, helvetica, sans-serif">- OUTPUT_TABIX.txt : tabix output on my </font><span style="font-family:arial,helvetica,sans-serif">dbNSFP29.gz for </span><span style="font-family:arial,helvetica,sans-serif">1:109446750-109446750</span></div><div class="gmail_default"><font face="arial, helvetica, sans-serif">- SU4184.final.vcf.vep & SU4184.final.vcf.vep.txt : output from vep.</font></div><div class="gmail_default"><br></div><div class="gmail_default">Thanks for you help,</div><span class="HOEnZb"><font color="#888888"><div class="gmail_default"><br></div></font></span></div><span class="HOEnZb"><font color="#888888"><div><br></div>-- <br><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div dir="ltr"><font size="2" style="font-size:12.8px"><i><b>Jean-Philippe Villemin   </b></i></font><font size="2" style="font-size:12.8px">- </font><font size="2" style="font-size:12.8px">Bioinformatics, Software Engineer -</font><div style="font-size:12.8px"><pre cols="72" style="white-space:pre-wrap"><font face="arial, helvetica, sans-serif">IURC (Institut Universitaire de Recherche Clinique)
641 avenue du Doyen Gaston Giraud
34093 Montpellier Cedex 5, France</font></pre></div><span style="font-size:12.8px"><font size="2"></font></span><font size="2" color="#0000ff"><i><u><a href="mailto:jpvillemin@gmail.com" target="_blank">jpvillemin@gmail.com</a></u></i></font></div><div><font size="2" color="#0000ff"><br></font></div></div></div></div></div>
</font></span></div>
<br>_______________________________________________<br>
Dev mailing list    <a href="mailto:Dev@ensembl.org">Dev@ensembl.org</a><br>
Posting guidelines and subscribe/unsubscribe info: <a href="http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev" rel="noreferrer" target="_blank">http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev</a><br>
Ensembl Blog: <a href="http://www.ensembl.info/" rel="noreferrer" target="_blank">http://www.ensembl.info/</a><br>
<br></blockquote></div><br></div>