<div dir="ltr"><div class="gmail_default" style="font-family:arial,helvetica,sans-serif">Hi,</div><div class="gmail_default" style="font-family:arial,helvetica,sans-serif"><br></div><div class="gmail_default" style="font-family:arial,helvetica,sans-serif">Question is in the title. I 'm using vep version 83.</div><div class="gmail_default" style="font-family:arial,helvetica,sans-serif"><br></div><div class="gmail_default" style="font-family:arial,helvetica,sans-serif">1- Is this possible to add Format / Qual / Filter / Info <b> </b>from VCF  in tabulated output of VEP ? </div><div><div class="gmail_default" style="font-family:arial,helvetica,sans-serif">​2 - I noticed that TSL and APPRIS are always empty ... Why ?​ Is this a bug or misconfiguration ?</div><br></div><div><div class="gmail_default" style="font-family:arial,helvetica,sans-serif">​Thanks guys !​</div><br></div><div><br></div><div><div class="gmail_default" style="font-family:arial,helvetica,sans-serif">​My bash script is actually doing this : ​</div><br></div><div><br></div><div><div>read -r -d '' VEP_PARAMETERS_TAB << EOM</div><div>-i ${INPUT_PATH}${SAMPLE_FILE}</div><div>-o ${OUTPUT_PATH}${SAMPLE_FILE}.vep.txt</div><div>--verbose</div><div>--no_progress</div><div>--cache</div><div>--merged</div><div>--offline</div><div>--fork 6</div><div>--no_stats</div><div>--buffer_size 10000</div><div>--dir_plugins ${VEP_PLUGINS_DIR}</div><div>--plugin dbscSNV,${DBSCSNV_PATH}</div><div>--plugin MaxEntScan,${MAXENTSCAN_DIR}</div><div>--fasta ${FASTA_PATH}</div><div>--assembly ${VEP_DB_VERSION}</div><div>--dir_cache ${VEP_DB_PATH}</div><div>--no_escape  </div><div>--force_overwrite</div><div>--everything</div><div>--fields Location,SYMBOL,Gene,Allele,HGVSc,HGVSp,VARIANT_CLASS,Uploaded_variation,INTRON,EXON,Feature,CANONICAL,Consequence,IMPACT,CLIN_SIG,SIFT,PolyPhen,ada_score,rf_score,MaxEntScan_alt,MaxEntScan_diff,MaxEntScan_ref,APPRIS,<div class="gmail_default" style="font-family:arial,helvetica,sans-serif;display:inline">​TSL</div></div><div>EOM</div><div><br></div><div>      ${PERL_5_22} ${VEP}<a href="http://variant_effect_predictor.pl">variant_effect_predictor.pl</a> $VEP_PARAMETERS_TAB;</div></div><div><br></div>-- <br><div class="gmail_signature"><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div dir="ltr"><font size="2" style="font-size:12.8px"><i><b>Jean-Philippe Villemin   </b></i></font><font size="2" style="font-size:12.8px">- </font><font size="2" style="font-size:12.8px">Bioinformatics, Software Engineer -</font><div style="font-size:12.8px"><pre cols="72" style="white-space:pre-wrap"><font face="arial, helvetica, sans-serif">IURC (Institut Universitaire de Recherche Clinique)
641 avenue du Doyen Gaston Giraud
34093 Montpellier Cedex 5, France</font></pre></div><span style="font-size:12.8px"><font size="2"></font></span><font size="2" color="#0000ff"><i><u><a href="mailto:jpvillemin@gmail.com" target="_blank">jpvillemin@gmail.com</a></u></i></font></div><div><font size="2" color="#0000ff"><br></font></div></div></div></div></div>
</div>