<div dir="ltr">Hello,<div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On 15 January 2016 at 14:00, Jean-Philippe Villemin <span dir="ltr"><<a href="mailto:jpvillemin@gmail.com" target="_blank">jpvillemin@gmail.com</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr"><div style="font-family:arial,helvetica,sans-serif">Hi,</div><div style="font-family:arial,helvetica,sans-serif"><br></div><div style="font-family:arial,helvetica,sans-serif">Question is in the title. I 'm using vep version 83.</div><div style="font-family:arial,helvetica,sans-serif"><br></div><div style="font-family:arial,helvetica,sans-serif">1- Is this possible to add Format / Qual / Filter / Info <b> </b>from VCF  in tabulated output of VEP ? </div></div></blockquote><div><br></div><div>No. You may use VCF format output (--vcf) to preserve those fields from your input VCF.</div><div> </div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr"><div><div style="font-family:arial,helvetica,sans-serif">​2 - I noticed that TSL and APPRIS are always empty ... Why ?​ Is this a bug or misconfiguration ?</div></div></div></blockquote><div><br></div><div>These fields are available only for Ensembl transcript sets and (in human) the GRCh38 assembly.</div><div><br></div><div>Our GRCh37 gene sets were frozen at Ensembl release 75, which came before these fields were added to our databases.</div><div><br></div><div>Regards</div><div><br></div><div>Will McLaren</div><div>Ensembl Variation</div><div> </div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr"><div><br></div><div><div style="font-family:arial,helvetica,sans-serif">​Thanks guys !​</div><br></div><div><br></div><div><div style="font-family:arial,helvetica,sans-serif">​My bash script is actually doing this : ​</div><br></div><div><br></div><div><div>read -r -d '' VEP_PARAMETERS_TAB << EOM</div><div>-i ${INPUT_PATH}${SAMPLE_FILE}</div><div>-o ${OUTPUT_PATH}${SAMPLE_FILE}.vep.txt</div><div>--verbose</div><div>--no_progress</div><div>--cache</div><div>--merged</div><div>--offline</div><div>--fork 6</div><div>--no_stats</div><div>--buffer_size 10000</div><div>--dir_plugins ${VEP_PLUGINS_DIR}</div><div>--plugin dbscSNV,${DBSCSNV_PATH}</div><div>--plugin MaxEntScan,${MAXENTSCAN_DIR}</div><div>--fasta ${FASTA_PATH}</div><div>--assembly ${VEP_DB_VERSION}</div><div>--dir_cache ${VEP_DB_PATH}</div><div>--no_escape  </div><div>--force_overwrite</div><div>--everything</div><div>--fields Location,SYMBOL,Gene,Allele,HGVSc,HGVSp,VARIANT_CLASS,Uploaded_variation,INTRON,EXON,Feature,CANONICAL,Consequence,IMPACT,CLIN_SIG,SIFT,PolyPhen,ada_score,rf_score,MaxEntScan_alt,MaxEntScan_diff,MaxEntScan_ref,APPRIS,<div style="font-family:arial,helvetica,sans-serif;display:inline">​TSL</div></div><div>EOM</div><div><br></div><div>      ${PERL_5_22} ${VEP}<a href="http://variant_effect_predictor.pl" target="_blank">variant_effect_predictor.pl</a> $VEP_PARAMETERS_TAB;</div></div><span class="HOEnZb"><font color="#888888"><div><br></div>-- <br><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div dir="ltr"><font size="2" style="font-size:12.8px"><i><b>Jean-Philippe Villemin   </b></i></font><font size="2" style="font-size:12.8px">- </font><font size="2" style="font-size:12.8px">Bioinformatics, Software Engineer -</font><div style="font-size:12.8px"><pre cols="72" style="white-space:pre-wrap"><font face="arial, helvetica, sans-serif">IURC (Institut Universitaire de Recherche Clinique)
641 avenue du Doyen Gaston Giraud
34093 Montpellier Cedex 5, France</font></pre></div><span style="font-size:12.8px"><font size="2"></font></span><font size="2" color="#0000ff"><i><u><a href="mailto:jpvillemin@gmail.com" target="_blank">jpvillemin@gmail.com</a></u></i></font></div><div><font size="2" color="#0000ff"><br></font></div></div></div></div></div>
</font></span></div>
<br>_______________________________________________<br>
Dev mailing list    <a href="mailto:Dev@ensembl.org">Dev@ensembl.org</a><br>
Posting guidelines and subscribe/unsubscribe info: <a href="http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev" rel="noreferrer" target="_blank">http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev</a><br>
Ensembl Blog: <a href="http://www.ensembl.info/" rel="noreferrer" target="_blank">http://www.ensembl.info/</a><br>
<br></blockquote></div><br></div></div>