<div dir="ltr">Dear all,<div>I'm having some trouble matching the Ensembl gene trees available on the FTP with what can be found on the Ensembl website. My protein of interest is IGHG1 (ENSP00000374990). I've been using Ensembl version 78 and if I look for that gene I can find it without any problems: <a href="http://dec2014.archive.ensembl.org/Homo_sapiens/Gene/Summary?db=core;g=ENSG00000211896;r=14:105668113-106538344">http://dec2014.archive.ensembl.org/Homo_sapiens/Gene/Summary?db=core;g=ENSG00000211896;r=14:105668113-106538344</a> . The associated Ensembl gene tree is this one: <a href="http://dec2014.archive.ensembl.org/Multi/GeneTree/Image?gt=ENSGT00530000063726">http://dec2014.archive.ensembl.org/Multi/GeneTree/Image?gt=ENSGT00530000063726</a> </div><div><br></div><div>At the same time I cannot find this gene in the Compara.78.protein.nhx.emf file available at <a href="ftp://ftp.ensembl.org/pub/release-78/emf/ensembl-compara/homologies/">ftp://ftp.ensembl.org/pub/release-78/emf/ensembl-compara/homologies/</a> What could account for this discrepancy?</div><div><br></div><div>Many thanks, </div><div>Greg</div></div>