<div dir="ltr">Hi Stuart,<div><br></div><div>I don't see why this can't be standard for --check_ref. It hadn't occurred to me that the reference sequence might be lowercase; if you're using your own FASTA just for checking then I don't see any harm in comparing them without a case check.</div><div><br></div><div>I've patched a fix to the release/83 branch of ensembl-variation (you can re-run INSTALL.pl to pick it up); let me know if you're using an older version and I can patch that too.</div><div><br></div><div>Regards</div><div><br></div><div>Will McLaren</div><div>Ensembl Variation</div><div><br></div><div><br></div></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On 27 January 2016 at 14:38, Stuart Watt <span dir="ltr"><<a href="mailto:morungos@gmail.com" target="_blank">morungos@gmail.com</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div style="word-wrap:break-word">Hi all<div><br></div><div>Just come across a strange issue with VEP. We’re re-annotating a whole bunch of files with a reference genome that contains some of the lowercase masked regions, and we’re getting them filtered out by VEP when using the —check-ref warning. This was a surprise as the variant callers were using the exact same reference genome but referencing them as uppercase. </div><div><br></div><div>Would it be possible to have a kind of non-strict —checkref that is OK with lowercase base letters in the reference, so long as it’s the same base letter? Or am I doing this totally wrong?</div><div><br></div><div>All the best</div><div>Stuart<br><div>
<div><div>—</div><div><font color="#4f0500"><b>Stuart Watt, PhD</b></font></div><div><font color="#4f0500">Scientific Research Associate, Princess Margaret Cancer Centre</font></div><div><font color="#4f0500">MaRS Centre, 101 College Street<br>Toronto Medical Discovery Tower, Room 9-302<br>Toronto, Ontario, Canada M5G 1L7</font></div><div><font color="#4f0500"><a href="mailto:stuart.watt@uhnresearch.ca" target="_blank">stuart.watt@uhnresearch.ca</a><br><a href="tel:416-634-8816" value="+14166348816" target="_blank">416-634-8816</a></font></div></div>
</div>
<br></div></div><br>_______________________________________________<br>
Dev mailing list    <a href="mailto:Dev@ensembl.org">Dev@ensembl.org</a><br>
Posting guidelines and subscribe/unsubscribe info: <a href="http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev" rel="noreferrer" target="_blank">http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev</a><br>
Ensembl Blog: <a href="http://www.ensembl.info/" rel="noreferrer" target="_blank">http://www.ensembl.info/</a><br>
<br></blockquote></div><br></div>