<div dir="ltr">Hi Sebastian,<div><br></div><div>In some cases when using the RefSeq transcript cache, the mappings we are provided by NCBI for a particular transcript may cause issues.</div><div><br></div><div>In this case our database contains duplicate entries for NM_001271893.1, one of which is marked as a protein coding transcript but has no defined CDS. Your variant overlaps this duplicate, and because of the conflicting definition the VEP doesn't know what to call the variant and a warning is given on STDERR and in the warnings file.</div><div><br></div><div>I would consider it safe to filter out or ignore any cases where we are unable to assign a consequence type such as this as they typically correspond to transcript annotations that are faulty to begin with.</div><div><br></div><div>Regards</div><div><br>Will McLaren</div><div>Ensembl Variation</div></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On 3 February 2016 at 14:07, Sebastian Ginzel <span dir="ltr"><<a href="mailto:sginze2s@inf.h-brs.de" target="_blank">sginze2s@inf.h-brs.de</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">Hi Ensembl,<br>
<br>
I am trying to annotate a variant using VEP v83 with the homo_sapiens_merged cache.<br>
<br>
When I reach this variant in my VCF file:<br>
2    239832097    .    A    T    100    PASS    .    .    .<br>
<br>
VEP fails with:<br>
Can't call method "rank" on an undefined value at /path/to/vep/Bio/EnsEMBL/Variation/Utils/VEP.pm line 1975<br>
<br>
The function vf_to_consequnces returns '?' as a consequence for this variant.<br>
<br>
I have taken the liberty to attach the Data::Dumper output for a couple of relevant variables as well as the parameters used to call the VEP script.<br>
<br>
When looking at the result of vf_to_consequences it seems that the Codons and Amino_acids fields are undefined (line 98 & 100), although the variant is predicted protein_coding (line 85).<br>
<br>
I got the same error for variants up- and downstream of that location.<br>
<br>
Can anyone confirm this? And if so: has an idea on how to fix it?<br>
<br>
<br>
Best wishes,<br>
Sebastian Ginzel<br>
<br>
<br>
<br>
<br>
<br>_______________________________________________<br>
Dev mailing list    <a href="mailto:Dev@ensembl.org">Dev@ensembl.org</a><br>
Posting guidelines and subscribe/unsubscribe info: <a href="http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev" rel="noreferrer" target="_blank">http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev</a><br>
Ensembl Blog: <a href="http://www.ensembl.info/" rel="noreferrer" target="_blank">http://www.ensembl.info/</a><br>
<br></blockquote></div><br></div>