<div dir="ltr">Hi Sebastian,<div><br></div><div>The script shouldn't die in this situation - which output format are you using? It would be useful if you could share the exact command you are using.</div><div><br></div><div>Will</div></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On 9 February 2016 at 10:22, Sebastian Ginzel <span dir="ltr"><<a href="mailto:sginze2s@inf.h-brs.de" target="_blank">sginze2s@inf.h-brs.de</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
  
    
  
  <div text="#000000" bgcolor="#FFFFFF">
    
    <pre style="color:rgb(0,0,0);font-style:normal;font-variant:normal;font-weight:normal;letter-spacing:normal;line-height:normal;text-align:start;text-indent:0px;text-transform:none;word-spacing:0px">Hi Will,

thanks for your explanation. 

Do you have any suggestion how to filter these variants before processing? 
Because VEP fails and stops annotating the rest of the VCF. 


Regards,
Sebastian

> Hi Sebastian,
> 
> In some cases when using the RefSeq transcript cache, the mappings we are
> provided by NCBI for a particular transcript may cause issues.
> 
> In this case our database contains duplicate entries for NM_001271893.1,
> one of which is marked as a protein coding transcript but has no defined
> CDS. Your variant overlaps this duplicate, and because of the conflicting
> definition the VEP doesn't know what to call the variant and a warning is
> given on STDERR and in the warnings file.
> 
> I would consider it safe to filter out or ignore any cases where we are
> unable to assign a consequence type such as this as they typically
> correspond to transcript annotations that are faulty to begin with.
> 
> Regards
> 
> Will McLaren
> Ensembl Variation
>
> On 3 February 2016 at 14:07, Sebastian Ginzel <sginze2s at <a href="http://inf.h-brs.de" target="_blank">inf.h-brs.de</a>> wrote:
> 
>> Hi Ensembl,
>>
>> I am trying to annotate a variant using VEP v83 with the
>> homo_sapiens_merged cache.
>>
>> When I reach this variant in my VCF file:
>> 2    239832097    .    A    T    100    PASS    .    .    .
>>
>> VEP fails with:
>> Can't call method "rank" on an undefined value at
>> /path/to/vep/Bio/EnsEMBL/Variation/Utils/VEP.pm line 1975
>>
>> The function vf_to_consequnces returns '?' as a consequence for this
>> variant.
>>
>> I have taken the liberty to attach the Data::Dumper output for a couple of
>> relevant variables as well as the parameters used to call the VEP script.
>>
>> When looking at the result of vf_to_consequences it seems that the Codons
>> and Amino_acids fields are undefined (line 98 & 100), although the variant
>> is predicted protein_coding (line 85).
>>
>> I got the same error for variants up- and downstream of that location.
>>
>> Can anyone confirm this? And if so: has an idea on how to fix it?
>>
>>
>> Best wishes,
>> Sebastian Ginzel
>>
>>
>>
>>
>>
>> _______________________________________________
>> Dev mailing list    Dev at <a href="http://ensembl.org" target="_blank">ensembl.org</a><span class="">
>> Posting guidelines and subscribe/unsubscribe info:
>> <a href="http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev" target="_blank">http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev</a>
>> Ensembl Blog: <a href="http://www.ensembl.info/" target="_blank">http://www.ensembl.info/</a>
>>
>></span></pre>
  </div>

<br>_______________________________________________<br>
Dev mailing list    <a href="mailto:Dev@ensembl.org">Dev@ensembl.org</a><br>
Posting guidelines and subscribe/unsubscribe info: <a href="http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev" rel="noreferrer" target="_blank">http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev</a><br>
Ensembl Blog: <a href="http://www.ensembl.info/" rel="noreferrer" target="_blank">http://www.ensembl.info/</a><br>
<br></blockquote></div><br></div>