<div dir="ltr">Hi Mateo,<div><br></div><div>The dbNSFP plugin is currently compatible only with GRCh38.</div><div><br></div><div>Regards</div><div><br></div><div>Will</div></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On 26 February 2016 at 09:45, Matteo <span dir="ltr"><<a href="mailto:matteodeg@gmail.com" target="_blank">matteodeg@gmail.com</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">Hi all,<br>
<br>
I'm using vep tool to annotate variants and this is my command line:<br>
<br>
perl <a href="http://variant_effect_predictor.pl" rel="noreferrer" target="_blank">variant_effect_predictor.pl</a> -i ~/path/to/my.vcf -o ~/path/to/my.vcf --cache --vcf --assembly GRCh37 --offline --force_overwrite -v --variant_class --tsl --sift b --poly b --vcf_info_field ANN --hgvs --protein --canonical --check_existing --gmaf --pubmed --biotype --gene_phenotype --plugin dbNSFP,/path/to/ensembl-tools-release-83/dbNSFP.gz,LRT_score,LRT_pred,MutationTaster_score,MutationTaster_pred,FATHMM_score,FATHMM_pred,PROVEAN_score,PROVEAN_pred,MetaSVM_score,MetaSVM_pred,MetaLR_score, MetaLR_pred,clinvar_rs,clinvar_clnsig<br>
<br>
My vep release is the last one (83) and I'm using GRCH37 but i get the following error from dbNSFP:<br>
<br>
Use of uninitialized value $2 in concatenation (.) or string at /home/matteo/.vep/Plugins/dbNSFP.pm line 189, <RM> line 3.<br>
Use of uninitialized value $col in hash element at /home/matteo/.vep/Plugins/dbNSFP.pm line 189, <RM> line 3.<br>
Use of uninitialized value $col in hash element at /home/matteo/.vep/Plugins/dbNSFP.pm line 193, <RM> line 4.<br>
Use of uninitialized value $col in hash element at /home/matteo/.vep/Plugins/dbNSFP.pm line 193, <RM> line 5.<br>
Use of uninitialized value $2 in concatenation (.) or string at /home/matteo/.vep/Plugins/dbNSFP.pm line 189, <RM> line 6.<br>
Use of uninitialized value $col in hash element at /home/matteo/.vep/Plugins/dbNSFP.pm line 189, <RM> line 6.<br>
Use of uninitialized value $col in hash element at /home/matteo/.vep/Plugins/dbNSFP.pm line 193, <RM> line 7.<br>
Use of uninitialized value $col in hash element at /home/matteo/.vep/Plugins/dbNSFP.pm line 193, <RM> line 8.<br>
Use of uninitialized value $2 in concatenation (.) or string at /home/matteo/.vep/Plugins/dbNSFP.pm line 189, <RM> line 9.<br>
Use of uninitialized value $col in hash element at /home/matteo/.vep/Plugins/dbNSFP.pm line 189, <RM> line 9.<br>
Use of uninitialized value $col in hash element at /home/matteo/.vep/Plugins/dbNSFP.pm line 193, <RM> line 10.<br>
Use of uninitialized value $col in hash element at /home/matteo/.vep/Plugins/dbNSFP.pm line 193, <RM> line 11.<br>
Use of uninitialized value $2 in concatenation (.) or string at /home/matteo/.vep/Plugins/dbNSFP.pm line 189, <RM> line 12.<br>
Use of uninitialized value $col in hash element at /home/matteo/.vep/Plugins/dbNSFP.pm line 189, <RM> line 12.<br>
Use of uninitialized value $col in hash element at /home/matteo/.vep/Plugins/dbNSFP.pm line 193, <RM> line 13.<br>
Use of uninitialized value $col in hash element at /home/matteo/.vep/Plugins/dbNSFP.pm line 193, <RM> line 14.<br>
Use of uninitialized value $col in hash element at /home/matteo/.vep/Plugins/dbNSFP.pm line 193, <RM> line 15.<br>
Use of uninitialized value $col in hash element at /home/matteo/.vep/Plugins/dbNSFP.pm line 193, <RM> line 16.<br>
Use of uninitialized value $col in hash element at /home/matteo/.vep/Plugins/dbNSFP.pm line 193, <RM> line 17.<br>
Use of uninitialized value $col in hash element at /home/matteo/.vep/Plugins/dbNSFP.pm line 193, <RM> line 18.<br>
Use of uninitialized value $col in hash element at /home/matteo/.vep/Plugins/dbNSFP.pm line 193, <RM> line 19.<br>
Use of uninitialized value $col in hash element at /home/matteo/.vep/Plugins/dbNSFP.pm line 193, <RM> line 20.<br>
Use of uninitialized value $col in hash element at /home/matteo/.vep/Plugins/dbNSFP.pm line 193, <RM> line 21.<br>
Use of uninitialized value $col in hash element at /home/matteo/.vep/Plugins/dbNSFP.pm line 193, <RM> line 22.<br>
Use of uninitialized value $col in hash element at /home/matteo/.vep/Plugins/dbNSFP.pm line 193, <RM> line 23.<br>
Use of uninitialized value $col in hash element at /home/matteo/.vep/Plugins/dbNSFP.pm line 193, <RM> line 24.<br>
Use of uninitialized value $col in hash element at /home/matteo/.vep/Plugins/dbNSFP.pm line 193, <RM> line 25.<br>
Use of uninitialized value $col in hash element at /home/matteo/.vep/Plugins/dbNSFP.pm line 193, <RM> line 26.<br>
Use of uninitialized value $col in hash element at /home/matteo/.vep/Plugins/dbNSFP.pm line 193, <RM> line 27.<br>
Use of uninitialized value $col in hash element at /home/matteo/.vep/Plugins/dbNSFP.pm line 193, <RM> line 28.<br>
Use of uninitialized value $col in hash element at /home/matteo/.vep/Plugins/dbNSFP.pm line 193, <RM> line 29.<br>
Use of uninitialized value $2 in concatenation (.) or string at /home/matteo/.vep/Plugins/dbNSFP.pm line 189, <RM> line 30.<br>
Use of uninitialized value $col in hash element at /home/matteo/.vep/Plugins/dbNSFP.pm line 189, <RM> line 30.<br>
Use of uninitialized value $col in hash element at /home/matteo/.vep/Plugins/dbNSFP.pm line 193, <RM> line 31.<br>
Use of uninitialized value $col in hash element at /home/matteo/.vep/Plugins/dbNSFP.pm line 193, <RM> line 32.<br>
Use of uninitialized value $2 in concatenation (.) or string at /home/matteo/.vep/Plugins/dbNSFP.pm line 189, <RM> line 33.<br>
Use of uninitialized value $col in hash element at /home/matteo/.vep/Plugins/dbNSFP.pm line 189, <RM> line 33.<br>
Use of uninitialized value $col in hash element at /home/matteo/.vep/Plugins/dbNSFP.pm line 193, <RM> line 34.<br>
.<br>
.<br>
.<br>
 and so on<br>
<br>
In my output file, some variants have been annotated only with clinvar. Do you have any idea?<br>
Thank you in advice for your help,<br>
<br>
Matteo<br>
<br>
_______________________________________________<br>
Dev mailing list    <a href="mailto:Dev@ensembl.org" target="_blank">Dev@ensembl.org</a><br>
Posting guidelines and subscribe/unsubscribe info: <a href="http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev" rel="noreferrer" target="_blank">http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev</a><br>
Ensembl Blog: <a href="http://www.ensembl.info/" rel="noreferrer" target="_blank">http://www.ensembl.info/</a><br>
</blockquote></div><br></div>