<html>
  <head>
    <meta content="text/html; charset=windows-1252"
      http-equiv="Content-Type">
  </head>
  <body bgcolor="#FFFFFF" text="#000000">
    oh, so that's the reason... Even if I use an older version of VEP ?
    <br>
    Are you going to update dbNSFP for GRCh37 in the future?<br>
    <br>
    Thank you,<br>
    <br>
    Matteo<br>
    <br>
    <div class="moz-cite-prefix">Il 26/02/2016 10:59, Will McLaren ha
      scritto:<br>
    </div>
    <blockquote
cite="mid:CAMVEDX1+=b9KpmuDiiqeh-1hJCf+5vwhg-zMYLXoU_WX9QBwZA@mail.gmail.com"
      type="cite">
      <div dir="ltr">Hi Mateo,
        <div><br>
        </div>
        <div>The dbNSFP plugin is currently compatible only with GRCh38.</div>
        <div><br>
        </div>
        <div>Regards</div>
        <div><br>
        </div>
        <div>Will</div>
      </div>
      <div class="gmail_extra"><br>
        <div class="gmail_quote">On 26 February 2016 at 09:45, Matteo <span
            dir="ltr"><<a moz-do-not-send="true"
              href="mailto:matteodeg@gmail.com" target="_blank">matteodeg@gmail.com</a>></span>
          wrote:<br>
          <blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0
            .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">Hi all,<br>
            <br>
            I'm using vep tool to annotate variants and this is my
            command line:<br>
            <br>
            perl <a moz-do-not-send="true"
              href="http://variant_effect_predictor.pl" rel="noreferrer"
              target="_blank">variant_effect_predictor.pl</a> -i
            ~/path/to/my.vcf -o ~/path/to/my.vcf --cache --vcf
            --assembly GRCh37 --offline --force_overwrite -v
            --variant_class --tsl --sift b --poly b --vcf_info_field ANN
            --hgvs --protein --canonical --check_existing --gmaf
            --pubmed --biotype --gene_phenotype --plugin
            dbNSFP,/path/to/ensembl-tools-release-83/dbNSFP.gz,LRT_score,LRT_pred,MutationTaster_score,MutationTaster_pred,FATHMM_score,FATHMM_pred,PROVEAN_score,PROVEAN_pred,MetaSVM_score,MetaSVM_pred,MetaLR_score,
            MetaLR_pred,clinvar_rs,clinvar_clnsig<br>
            <br>
            My vep release is the last one (83) and I'm using GRCH37 but
            i get the following error from dbNSFP:<br>
            <br>
            Use of uninitialized value $2 in concatenation (.) or string
            at /home/matteo/.vep/Plugins/dbNSFP.pm line 189, <RM>
            line 3.<br>
            Use of uninitialized value $col in hash element at
            /home/matteo/.vep/Plugins/dbNSFP.pm line 189, <RM>
            line 3.<br>
            Use of uninitialized value $col in hash element at
            /home/matteo/.vep/Plugins/dbNSFP.pm line 193, <RM>
            line 4.<br>
            Use of uninitialized value $col in hash element at
            /home/matteo/.vep/Plugins/dbNSFP.pm line 193, <RM>
            line 5.<br>
            Use of uninitialized value $2 in concatenation (.) or string
            at /home/matteo/.vep/Plugins/dbNSFP.pm line 189, <RM>
            line 6.<br>
            Use of uninitialized value $col in hash element at
            /home/matteo/.vep/Plugins/dbNSFP.pm line 189, <RM>
            line 6.<br>
            Use of uninitialized value $col in hash element at
            /home/matteo/.vep/Plugins/dbNSFP.pm line 193, <RM>
            line 7.<br>
            Use of uninitialized value $col in hash element at
            /home/matteo/.vep/Plugins/dbNSFP.pm line 193, <RM>
            line 8.<br>
            Use of uninitialized value $2 in concatenation (.) or string
            at /home/matteo/.vep/Plugins/dbNSFP.pm line 189, <RM>
            line 9.<br>
            Use of uninitialized value $col in hash element at
            /home/matteo/.vep/Plugins/dbNSFP.pm line 189, <RM>
            line 9.<br>
            Use of uninitialized value $col in hash element at
            /home/matteo/.vep/Plugins/dbNSFP.pm line 193, <RM>
            line 10.<br>
            Use of uninitialized value $col in hash element at
            /home/matteo/.vep/Plugins/dbNSFP.pm line 193, <RM>
            line 11.<br>
            Use of uninitialized value $2 in concatenation (.) or string
            at /home/matteo/.vep/Plugins/dbNSFP.pm line 189, <RM>
            line 12.<br>
            Use of uninitialized value $col in hash element at
            /home/matteo/.vep/Plugins/dbNSFP.pm line 189, <RM>
            line 12.<br>
            Use of uninitialized value $col in hash element at
            /home/matteo/.vep/Plugins/dbNSFP.pm line 193, <RM>
            line 13.<br>
            Use of uninitialized value $col in hash element at
            /home/matteo/.vep/Plugins/dbNSFP.pm line 193, <RM>
            line 14.<br>
            Use of uninitialized value $col in hash element at
            /home/matteo/.vep/Plugins/dbNSFP.pm line 193, <RM>
            line 15.<br>
            Use of uninitialized value $col in hash element at
            /home/matteo/.vep/Plugins/dbNSFP.pm line 193, <RM>
            line 16.<br>
            Use of uninitialized value $col in hash element at
            /home/matteo/.vep/Plugins/dbNSFP.pm line 193, <RM>
            line 17.<br>
            Use of uninitialized value $col in hash element at
            /home/matteo/.vep/Plugins/dbNSFP.pm line 193, <RM>
            line 18.<br>
            Use of uninitialized value $col in hash element at
            /home/matteo/.vep/Plugins/dbNSFP.pm line 193, <RM>
            line 19.<br>
            Use of uninitialized value $col in hash element at
            /home/matteo/.vep/Plugins/dbNSFP.pm line 193, <RM>
            line 20.<br>
            Use of uninitialized value $col in hash element at
            /home/matteo/.vep/Plugins/dbNSFP.pm line 193, <RM>
            line 21.<br>
            Use of uninitialized value $col in hash element at
            /home/matteo/.vep/Plugins/dbNSFP.pm line 193, <RM>
            line 22.<br>
            Use of uninitialized value $col in hash element at
            /home/matteo/.vep/Plugins/dbNSFP.pm line 193, <RM>
            line 23.<br>
            Use of uninitialized value $col in hash element at
            /home/matteo/.vep/Plugins/dbNSFP.pm line 193, <RM>
            line 24.<br>
            Use of uninitialized value $col in hash element at
            /home/matteo/.vep/Plugins/dbNSFP.pm line 193, <RM>
            line 25.<br>
            Use of uninitialized value $col in hash element at
            /home/matteo/.vep/Plugins/dbNSFP.pm line 193, <RM>
            line 26.<br>
            Use of uninitialized value $col in hash element at
            /home/matteo/.vep/Plugins/dbNSFP.pm line 193, <RM>
            line 27.<br>
            Use of uninitialized value $col in hash element at
            /home/matteo/.vep/Plugins/dbNSFP.pm line 193, <RM>
            line 28.<br>
            Use of uninitialized value $col in hash element at
            /home/matteo/.vep/Plugins/dbNSFP.pm line 193, <RM>
            line 29.<br>
            Use of uninitialized value $2 in concatenation (.) or string
            at /home/matteo/.vep/Plugins/dbNSFP.pm line 189, <RM>
            line 30.<br>
            Use of uninitialized value $col in hash element at
            /home/matteo/.vep/Plugins/dbNSFP.pm line 189, <RM>
            line 30.<br>
            Use of uninitialized value $col in hash element at
            /home/matteo/.vep/Plugins/dbNSFP.pm line 193, <RM>
            line 31.<br>
            Use of uninitialized value $col in hash element at
            /home/matteo/.vep/Plugins/dbNSFP.pm line 193, <RM>
            line 32.<br>
            Use of uninitialized value $2 in concatenation (.) or string
            at /home/matteo/.vep/Plugins/dbNSFP.pm line 189, <RM>
            line 33.<br>
            Use of uninitialized value $col in hash element at
            /home/matteo/.vep/Plugins/dbNSFP.pm line 189, <RM>
            line 33.<br>
            Use of uninitialized value $col in hash element at
            /home/matteo/.vep/Plugins/dbNSFP.pm line 193, <RM>
            line 34.<br>
            .<br>
            .<br>
            .<br>
             and so on<br>
            <br>
            In my output file, some variants have been annotated only
            with clinvar. Do you have any idea?<br>
            Thank you in advice for your help,<br>
            <br>
            Matteo<br>
            <br>
            _______________________________________________<br>
            Dev mailing list    <a moz-do-not-send="true"
              href="mailto:Dev@ensembl.org" target="_blank">Dev@ensembl.org</a><br>
            Posting guidelines and subscribe/unsubscribe info: <a
              moz-do-not-send="true"
              href="http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev"
              rel="noreferrer" target="_blank"><a class="moz-txt-link-freetext" href="http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev">http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev</a></a><br>
            Ensembl Blog: <a moz-do-not-send="true"
              href="http://www.ensembl.info/" rel="noreferrer"
              target="_blank">http://www.ensembl.info/</a><br>
          </blockquote>
        </div>
        <br>
      </div>
      <br>
      <fieldset class="mimeAttachmentHeader"></fieldset>
      <br>
      <pre wrap="">_______________________________________________
Dev mailing list    <a class="moz-txt-link-abbreviated" href="mailto:Dev@ensembl.org">Dev@ensembl.org</a>
Posting guidelines and subscribe/unsubscribe info: <a class="moz-txt-link-freetext" href="http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev">http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev</a>
Ensembl Blog: <a class="moz-txt-link-freetext" href="http://www.ensembl.info/">http://www.ensembl.info/</a>
</pre>
    </blockquote>
    <br>
  </body>
</html>