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<div class="WordSection1">
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-GB">Dear Ensembl Developer Team,<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-GB"><o:p> </o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-GB">My name is Christian Groß  and I am a PhD student at the TUDelft in the Netherlands. For a week I try to download the ancestral sequence of the Mouse-Rat ancestor. To do that I use the “get_ancestral_sequence.pl” which
 is provided by the PERL ensemble-API. I modified that script a slightly bit to make it work for my purposes.
<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-GB">I changed this<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal" style="margin-bottom:0cm;margin-bottom:.0001pt;line-height:normal;text-autospace:none">
<i><span lang="EN-GB" style="font-size:10.0pt;font-family:"Lucida Console"">(140): my $species_name = "Homo sapiens";<o:p></o:p></span></i></p>
<p class="MsoNormal"><i><span lang="EN-GB" style="font-size:10.0pt;line-height:115%;font-family:"Lucida Console"">(141): my $alignment_set = "primates";<o:p></o:p></span></i></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-GB" style="font-size:10.0pt;line-height:115%;font-family:"Lucida Console"">to</span><span lang="EN-GB"><o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal" style="margin-bottom:0cm;margin-bottom:.0001pt;line-height:normal;text-autospace:none">
<i><span lang="EN-GB" style="font-size:10.0pt;font-family:"Lucida Console"">my $species_name = "Mus musculus";<o:p></o:p></span></i></p>
<p class="MsoNormal"><i><span lang="EN-GB" style="font-size:10.0pt;line-height:115%;font-family:"Lucida Console"">my $alignment_set = "mammals";<o:p></o:p></span></i></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-GB" style="font-size:10.0pt;line-height:115%;font-family:"Lucida Console"">and I replaced this
<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal" style="margin-bottom:0cm;margin-bottom:.0001pt;line-height:normal;text-autospace:none">
<i><span lang="EN-GB" style="font-size:10.0pt;font-family:"Lucida Console"">(161): if ($registry_file) {<o:p></o:p></span></i></p>
<p class="MsoNormal" style="margin-bottom:0cm;margin-bottom:.0001pt;line-height:normal;text-autospace:none">
<i><span lang="EN-GB" style="font-size:10.0pt;font-family:"Lucida Console"">(162):   die "Registry file '$registry_file' doesn't exist\n" if (!-e $registry_file);<o:p></o:p></span></i></p>
<p class="MsoNormal" style="margin-bottom:0cm;margin-bottom:.0001pt;line-height:normal;text-autospace:none">
<i><span lang="EN-GB" style="font-size:10.0pt;font-family:"Lucida Console"">(163):   $reg->load_all($registry_file, 1);<o:p></o:p></span></i></p>
<p class="MsoNormal" style="margin-bottom:0cm;margin-bottom:.0001pt;line-height:normal;text-autospace:none">
<i><span lang="EN-GB" style="font-size:10.0pt;font-family:"Lucida Console"">(164): } elsif ($url) {<o:p></o:p></span></i></p>
<p class="MsoNormal" style="margin-bottom:0cm;margin-bottom:.0001pt;line-height:normal;text-autospace:none">
<i><span lang="EN-GB" style="font-size:10.0pt;font-family:"Lucida Console"">(165):   $reg->load_registry_from_url($url, 1);<o:p></o:p></span></i></p>
<p class="MsoNormal" style="margin-bottom:0cm;margin-bottom:.0001pt;line-height:normal;text-autospace:none">
<i><span lang="EN-GB" style="font-size:10.0pt;font-family:"Lucida Console"">(166): } else {<o:p></o:p></span></i></p>
<p class="MsoNormal" style="margin-bottom:0cm;margin-bottom:.0001pt;line-height:normal;text-autospace:none">
<i><span lang="EN-GB" style="font-size:10.0pt;font-family:"Lucida Console"">(167):   $reg->load_all();<o:p></o:p></span></i></p>
<p class="MsoNormal"><i><span lang="EN-GB" style="font-size:10.0pt;line-height:115%;font-family:"Lucida Console"">(168): }<o:p></o:p></span></i></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-GB" style="font-size:10.0pt;line-height:115%;font-family:"Lucida Console"">by this.<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal" style="margin-bottom:0cm;margin-bottom:.0001pt;line-height:normal;text-autospace:none">
<i><span lang="EN-GB" style="font-size:10.0pt;font-family:"Lucida Console""># Auto-configure the registry<o:p></o:p></span></i></p>
<p class="MsoNormal" style="margin-bottom:0cm;margin-bottom:.0001pt;line-height:normal;text-autospace:none">
<i><span lang="EN-GB" style="font-size:10.0pt;font-family:"Lucida Console"">Bio::EnsEMBL::Registry->load_registry_from_db(<o:p></o:p></span></i></p>
<p class="MsoNormal" style="margin-bottom:0cm;margin-bottom:.0001pt;line-height:normal;text-autospace:none">
<i><span lang="EN-GB" style="font-size:10.0pt;font-family:"Lucida Console"">        -host=>"ensembldb.ensembl.org", -user=>"anonymous",<o:p></o:p></span></i></p>
<p class="MsoNormal"><i><span lang="EN-GB" style="font-size:10.0pt;line-height:115%;font-family:"Lucida Console"">        -port=>'5306');</span></i><i><span lang="EN-GB"><o:p></o:p></span></i></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-GB"><o:p> </o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-GB">I started the modified script on one of our servers but it runs incredible slowly, most of the time it is in a sleeping state and waits for a response from the ensembl servers. The first try was killed by our server because
 it extended a 1 ½ day limit. Therefore I started it again on a different server but the connection to the ensemble MySQL was lost after  2 days and 4hours. Within these two days only  1017MB of the ancestral sequence were downloaded.<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-GB">Is there any way to speed up the download or to start the download at the point at which it stopped? Has my request a low priority because I use the auto-configure registry?<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-GB">I would be really glad if you could help me in this case or point me to a different method to extract the ancestral sequence from the server.
<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-GB">Down below you will find the entire output message from starting that script until the thrown exception.
<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-GB">Much thanks in advance.<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-GB">Sincerely,<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-GB"><o:p> </o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-GB">Christian Groß<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-GB"><o:p> </o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-GB">(dato-env2)gross016@assembly:/mnt/scratch/gross016/bin/nobackup/ensemble_api/ensembl-compara/scripts/ancestral_sequences$ perl get_ancestral_sequence_mouse.pl<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-GB">UNIVERSAL->import is deprecated and will be removed in a future perl at /mnt/scratch/gross016/bin/nobackup/ensemble_api/BioPerl-1.6.1/Bio/Tree/TreeFunctionsI.pm line 94.<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-GB">Found MLSS mlss_id=780 name='17 eutherian mammals EPO'<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-GB">DBD::mysql::st execute failed: Lost connection to MySQL server during query at /mnt/scratch/gross016/bin/nobackup/ensemble_api/ensembl-compara/modules/Bio/EnsEMBL/Compara/DBSQL/BaseAdaptor.pm line 170.<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-GB"><o:p> </o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-GB">-------------------- EXCEPTION --------------------<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-GB">MSG: Detected an error whilst executing SQL 'SELECT gat.node_id, gat.parent_id, gat.root_id, gat.left_index, gat.right_index, gat.distance_to_parent, gat.left_node_id, gat.right_node_id, ga.genomic_align_id, ga.genomic_align_block_id,
 ga.method_link_species_set_id, ga.dnafrag_id, ga.dnafrag_start, ga.dnafrag_end, ga.dnafrag_strand, ga.cigar_line, ga.visible FROM ( (genomic_align_tree gat)  LEFT JOIN genomic_align ga ON gat.node_id = ga.node_id) WHERE gat.node_id = ?  LIMIT 1': DBD::mysql::st
 execute failed: Lost connection to MySQL server during query at /mnt/scratch/gross016/bin/nobackup/ensemble_api/ensembl-compara/modules/Bio/EnsEMBL/Compara/DBSQL/BaseAdaptor.pm line 170.<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-GB"><o:p> </o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-GB">STACK Bio::EnsEMBL::Compara::DBSQL::BaseAdaptor::generic_fetch /mnt/scratch/gross016/bin/nobackup/ensemble_api/ensembl-compara/modules/Bio/EnsEMBL/Compara/DBSQL/BaseAdaptor.pm:171<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-GB">STACK Bio::EnsEMBL::Compara::DBSQL::BaseAdaptor::generic_fetch_one /mnt/scratch/gross016/bin/nobackup/ensemble_api/ensembl-compara/modules/Bio/EnsEMBL/Compara/DBSQL/BaseAdaptor.pm:270<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-GB">STACK Bio::EnsEMBL::Compara::DBSQL::NestedSetAdaptor::fetch_node_by_node_id /mnt/scratch/gross016/bin/nobackup/ensemble_api/ensembl-compara/modules/Bio/EnsEMBL/Compara/DBSQL/NestedSetAdaptor.pm:98<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-GB">STACK Bio::EnsEMBL::Compara::DBSQL::NestedSetAdaptor::fetch_parent_for_node /mnt/scratch/gross016/bin/nobackup/ensemble_api/ensembl-compara/modules/Bio/EnsEMBL/Compara/DBSQL/NestedSetAdaptor.pm:118<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-GB">STACK Bio::EnsEMBL::Compara::NestedSet::parent /mnt/scratch/gross016/bin/nobackup/ensemble_api/ensembl-compara/modules/Bio/EnsEMBL/Compara/NestedSet.pm:277<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-GB">STACK main::dump_ancestral_sequence get_ancestral_sequence_mouse.pl:290<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-GB">STACK toplevel get_ancestral_sequence_mouse.pl:251<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-GB">Date (localtime)    = Sat Mar  5 18:55:10 2016<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-GB">Ensembl API version = 83<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-GB"><o:p> </o:p></span></p>
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