<html>
<head>
<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=utf-8">
</head>
<body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;" class="">
Dear Ensembl dev team,
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">If I use the script below, I get this warning: </div>
<div class="">
<div class=""><font face="Courier New" class="">Deprecated method call in file /Users/Johanne/src/ensembl-variation/modules/Bio/EnsEMBL/Variation/LDFeatureContainer.pm line 505.</font></div>
<div class=""><font face="Courier New" class="">Method Bio::EnsEMBL::Slice::get_all_VariationFeatures is deprecated.</font></div>
<div class=""><font face="Courier New" class="">get_all_VariationFeatures is deprecated and will be removed in e88. Please use Bio::EnsEMBL::Variation::DBSQL::VariationFeatureAdaptor::fetch_all_by_Slice_SO_terms instead.</font></div>
<div class=""><font face="Courier New" class="">Ensembl API version = 84</font></div>
</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">SCRIPT, where $variation_name is in {rs145155926, rs111309268, rs150384273, rs137966595, rs7675152, rs116998215, rs184066894, rs149535525, rs186235844}:</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">
<div class=""><font face="Courier New" class="">my $variation_adaptor = $registry->get_adaptor('homo_sapiens', 'variation', 'variation');</font></div>
<div class=""><font face="Courier New" class="">my $ldfc_adaptor = $registry->get_adaptor('homo_sapiens', 'variation', 'ldfeaturecontainer');</font></div>
<div class=""><font face="Courier New" class="">$ldfc_adaptor->max_snp_distance(100_000);</font></div>
<div class=""><font face="Courier New" class="">my $pop_adaptor = $registry->get_adaptor('homo_sapiens', 'variation', 'population');</font></div>
<div class=""><font face="Courier New" class="">$variation_adaptor->db->use_vcf(1);</font></div>
</div>
<div class=""><font face="Courier New" class=""><br class="">
</font></div>
<div class=""><font face="Courier New" class=""><br class="">
</font></div>
<div class="">
<div class=""><font face="Courier New" class="">my $variation = $variation_adaptor->fetch_by_name($variation_name);</font></div>
<div class=""><font face="Courier New" class="">my @var_features;</font></div>
<div class=""><font face="Courier New" class=""><br class="">
</font></div>
<div class=""><font face="Courier New" class="">if ($variation) {</font></div>
<div class=""><font face="Courier New" class=""><span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre"></span>@var_features = @{ $variation->get_all_VariationFeatures() };</font></div>
<div class=""><font face="Courier New" class="">} else {</font></div>
<div class=""><font face="Courier New" class=""><span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre"></span>print 'failing variation name: ', $variation_name, "\n";</font></div>
<div class=""><font face="Courier New" class=""><span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre"></span>next;</font></div>
<div class=""><font face="Courier New" class="">}</font></div>
<div class=""><font face="Courier New" class=""><br class="">
</font></div>
<div class=""><font face="Courier New" class="">foreach my $vf (@var_features) {</font></div>
<div class=""><font face="Courier New" class=""><span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre"></span>if ($vf->slice->is_reference) {</font></div>
<div class=""><font face="Courier New" class=""><br class="">
</font></div>
<div class=""><font face="Courier New" class=""><span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre"></span>my $rsid = $vf->name;</font></div>
<div class=""><font face="Courier New" class=""><span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre"></span>print $rsid, "\n";</font></div>
<div class=""><font face="Courier New" class=""><span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre"></span>my $start = $vf->start;</font></div>
<div class=""><font face="Courier New" class=""><span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre"></span>my $region = $vf->seq_region_name;</font></div>
<div class=""><span class="Apple-tab-span" style="white-space: pre;"><font face="Courier New" class=""></font></span></div>
<div class=""><font face="Courier New" class=""><span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre"></span>my $ldfc = $ldfc_adaptor->fetch_by_VariationFeature($vf, $ld_population);</font></div>
<div class=""><font face="Courier New" class=""><span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre"></span>my @ld_values = @{ $ldfc->get_all_ld_values() };</font></div>
<div class=""><font face="Courier New" class=""> <span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">
</span>     <span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre"> </span>foreach my $ld_hash (@ld_values) {</font></div>
<div class=""><font face="Courier New" class=""><span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre"></span>        <span class="Apple-tab-span" style="white-space: pre;">
</span>my $r2 = $ld_hash->{r2};</font></div>
<div class=""><font face="Courier New" class=""><span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre"></span>   <span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">
</span>my $variation_name1 = $ld_hash->{variation_name1};</font></div>
<div class=""><font face="Courier New" class=""><span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre"></span>   <span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">
</span>my $variation_name2 = $ld_hash->{variation_name2};</font></div>
<div class=""><font face="Courier New" class=""><span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre"></span>   <span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">
</span>my $pos1 = $ld_hash->{variation1}->seq_region_name();</font></div>
<div class=""><font face="Courier New" class=""><span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre"></span>   <span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">
</span>my $pos2 = $ld_hash->{variation2}->seq_region_name();</font></div>
<div class=""><font face="Courier New" class=""><span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre"></span>   <span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">
</span>my $start1 = $ld_hash->{variation1}->start;</font></div>
<div class=""><font face="Courier New" class=""><span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre"></span>   <span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">
</span>my $start2 = $ld_hash->{variation2}->start;</font></div>
<div class=""><font face="Courier New" class=""><br class="">
</font></div>
<div class=""><font face="Courier New" class=""><span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre"></span>   <span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">
</span>if ($variation_name1 eq $rsid) {</font></div>
<div class=""><font face="Courier New" class=""><span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre"></span>   <span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">
</span>print OUT "$pos2\t$start2\t$start2\t$variation_name2\t$rsid\t$r2\n";</font></div>
<div class=""><font face="Courier New" class=""><span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre"></span>   <span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">
</span>} else {</font></div>
<div class=""><font face="Courier New" class=""><span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre"></span>   <span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">
</span>print OUT "$pos1\t$start1\t$start1\t$variation_name1\t$rsid\t$r2\n";</font></div>
<div class=""><font face="Courier New" class=""><span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre"></span>   <span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">
</span>}</font></div>
<div class=""><font face="Courier New" class=""><span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre"></span>   }</font></div>
<div class=""><font face="Courier New" class="">      <span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">
</span>} else {</font></div>
<div class=""><font face="Courier New" class="">      <span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">
</span>print "Failed to get, not a reference allele: ", $vf->name;</font></div>
<div class=""><font face="Courier New" class="">      <span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">
</span>}</font></div>
<div class=""><font face="Courier New" class="">}</font></div>
</div>
<div class=""><font face="Courier New" class=""><br class="">
</font></div>
<div class="">The issue seems to be related to get_all_ld_values(). If I use get_all_ld_values(1), no warning occurs. I also tried get_all_ld_values(0), but with the same warning of deprecated method call appeared.</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">I am trying to expand variations with their variations in LD. However, quite a few rsids seem to have no LD. A list of these is included in this email. Could you help me with why they get no LD variations? Is it because they do not have any? Or
 is it a technical limitation that cause this?</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">Best,</div>
<div class="">Johanne Håøy Horn</div>
<div class=""></div>
</body>
</html>