<div dir="ltr">VEP's install script was invoked by command perl INSTALL.pl<br></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr">вт, 22 мар. 2016 г. в 15:32, Rishi Nag <<a href="mailto:rishi@ebi.ac.uk">rishi@ebi.ac.uk</a>>:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><br>
Hi<br>
<br>
Thanks for raising this issue. Can you provide details on how the install script was invoked please?<br>
<br>
Regards<br>
<br>
Rishi<br>
<br>
On 22/03/2016 12:04, Platon workaccount wrote:<br>
><br>
><br>
> ---------- Forwarded message ---------<br>
> From: Platon workaccount <<a href="mailto:platon.work@gmail.com" target="_blank">platon.work@gmail.com</a> <mailto:<a href="mailto:platon.work@gmail.com" target="_blank">platon.work@gmail.com</a>>><br>
> Date: вт, 22 мар. 2016 г. в 14:58<br>
> Subject: Ensembl VEP: FASTA gzip to bgzip conversion failed<br>
> To: <<a href="mailto:dev@ensembl.org" target="_blank">dev@ensembl.org</a> <mailto:<a href="mailto:dev@ensembl.org" target="_blank">dev@ensembl.org</a>>><br>
><br>
><br>
> Hello.<br>
><br>
> Full API end dependencies are installed (bioperl-live, ensembl, ensembl-compara, ensembl-variation, ensembl-funcgen; tabix; DBI, DBD::mysql);<br>
> environment is set up<br>
> my $API_VERSION = 84<br>
> ubuntu-15.10-desktop-amd64<br>
><br>
> Error of converting sequence data:<br>
><br>
> ? 28<br>
> - downloading Homo_sapiens.GRCh38.dna.primary_assembly.fa.gz<br>
> - converting sequence data to bgzip format<br>
> Going to run:<br>
> ./biodbhts/scripts/convert_gz_2_bgz.sh /home/pl/.vep/homo_sapiens/84_GRCh38/Homo_sapiens.GRCh38.dna.primary_assembly.fa.gz ./htslib/bgzip<br>
> This may take some time and will be removed when files are provided in bgzip format<br>
> /bin/bash: ./biodbhts/scripts/convert_gz_2_bgz.sh: No such file or directory<br>
> FASTA gzip to bgzip conversion failed:<br>
><br>
><br>
> _______________________________________________<br>
> Dev mailing list    <a href="mailto:Dev@ensembl.org" target="_blank">Dev@ensembl.org</a><br>
> Posting guidelines and subscribe/unsubscribe info: <a href="http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev" rel="noreferrer" target="_blank">http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev</a><br>
> Ensembl Blog: <a href="http://www.ensembl.info/" rel="noreferrer" target="_blank">http://www.ensembl.info/</a><br>
><br>
<br>
_______________________________________________<br>
Dev mailing list    <a href="mailto:Dev@ensembl.org" target="_blank">Dev@ensembl.org</a><br>
Posting guidelines and subscribe/unsubscribe info: <a href="http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev" rel="noreferrer" target="_blank">http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev</a><br>
Ensembl Blog: <a href="http://www.ensembl.info/" rel="noreferrer" target="_blank">http://www.ensembl.info/</a><br>
</blockquote></div>