<html>
<head>
<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=us-ascii">
</head>
<body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; color: rgb(0, 0, 0);">
<div>
<div>
<div><font face="Consolas">Hi,</font></div>
<div><font face="Consolas"><br>
</font></div>
<div><font face="Consolas"><br>
</font></div>
<div><font face="Consolas">I'm looking for any insight into an issue we are having with the annotation of missense variants in MAP3K14. It appears that after exon 1, a different reading frame is selected for different exons. </font></div>
<div><font face="Consolas"><br>
</font></div>
<div><font face="Consolas">Please see the test case below, using the VEP web interface. We are interested in RefSeq annotations, but even the ENSMBL annotations are also confusing. Results are the same for our local install of version 82. </font></div>
<div><font face="Consolas"><br>
</font></div>
<div><font face="Consolas">For the RefSeq annotation, how is the reading frame selected? The variant is annotated as  (p.W406C) , why is it not G407S? After exon 1, it looks like reading frame is not consistent from exon to exon. Splicing mutations are properly
 annotated however. </font></div>
<div><font face="Consolas"><br>
</font></div>
<div><font face="Consolas">All ensmbl annotations are listed as non-coding. You'll also notice on the provided IGV screenshot that the MAP3K14-AS1 non-coding transcript is well downstream of this exon6 mutation. Any insight is greatly appreciated. Thanks!</font></div>
<div><font face="Consolas"><br>
</font></div>
<div><font face="Consolas"><br>
</font></div>
<div><font face="Consolas">Test case: <span style="background-color: rgb(255, 255, 255); color: rgb(85, 85, 85); line-height: 14.4px; widows: 1;">Ensembl GRCh37 release 84 - March 2016</span></font></div>
<div><font face="Consolas">####################</font></div>
<div><font face="Consolas">INPUT:</font></div>
<div><font face="Consolas">####################</font></div>
<div><font face="Consolas">17 43362250 . C A . . .</font></div>
<div><font face="Consolas"><br>
</font></div>
<div><font face="Consolas"><br>
</font></div>
<div><font face="Consolas">######### VEP ANNOTATIONS RefSeq and ENSMBL: ##################################</font></div>
<div><font face="Consolas"><br>
</font></div>
<div><font face="Consolas">NM_003954.3<span class="Apple-tab-span" style="white-space: pre;">
</span>protein_coding<span class="Apple-tab-span" style="white-space: pre;"> </span>
 6/16<span class="Apple-tab-span" style="white-space: pre;"> </span>-<span class="Apple-tab-span" style="white-space: pre;">
</span>NM_003954.3:c.1218G>T NP_003945.2:p.Trp406Cys<span class="Apple-tab-span" style="white-space: pre;">
</span></font></div>
<div><font face="Consolas"><br>
</font></div>
<div><font face="Consolas">ENST00000376926<span class="Apple-tab-span" style="white-space: pre;">
</span>processed_transcript<span class="Apple-tab-span" style="white-space: pre;">
</span>4/8<span class="Apple-tab-span" style="white-space: pre;"> </span>-<span class="Apple-tab-span" style="white-space: pre;">
</span>ENST00000376926.4:n.568G>T<span class="Apple-tab-span" style="white-space: pre;">
</span>-</font></div>
<div><font face="Consolas"><br>
</font></div>
<div><font face="Consolas">ENST00000344686<span class="Apple-tab-span" style="white-space: pre;">
</span>processed_transcript<span class="Apple-tab-span" style="white-space: pre;">
</span>7/17<span class="Apple-tab-span" style="white-space: pre;"> </span>-<span class="Apple-tab-span" style="white-space: pre;">
</span>ENST00000344686.2:n.1325G>T<span class="Apple-tab-span" style="white-space: pre;">
</span>-</font></div>
<div><font face="Consolas"><br>
</font></div>
<div><font face="Consolas">ENST00000587332<span class="Apple-tab-span" style="white-space: pre;">
</span>processed_transcript<span class="Apple-tab-span" style="white-space: pre;">
</span>6/16<span class="Apple-tab-span" style="white-space: pre;"> </span>-<span class="Apple-tab-span" style="white-space: pre;">
</span>ENST00000587332.1:n.1319G>T<span class="Apple-tab-span" style="white-space: pre;">
</span>-</font></div>
</div>
</div>
<div><font face="Consolas"><br>
</font></div>
<div><font face="Consolas"><br>
</font></div>
<div><font face="Consolas"><br>
</font></div>
<div><font face="Consolas">Thanks, </font></div>
<div><font face="Consolas"><br>
</font></div>
<div>
<div><font face="Consolas">Ryan Ptashkin</font></div>
<div><font face="Consolas">Computational Biologist</font></div>
<div><font face="Consolas">Memorial Sloan Kettering Cancer Center</font></div>
<div><a href="mailto:ptashkir@mskcc.org"><font face="Consolas">ptashkir@mskcc.org</font></a></div>
</div>
<div style="font-size: 14px; font-family: Calibri, sans-serif;"><br>
</div>

<P>=====================================================================<br/>
<br/>
     Please note that this e-mail and any files transmitted from<br/>
     Memorial Sloan Kettering Cancer Center may be privileged, confidential,<br/>
     and protected from disclosure under applicable law. If the reader of<br/>
     this message is not the intended recipient, or an employee or agent<br/>
     responsible for delivering this message to the intended recipient,<br/>
     you are hereby notified that any reading, dissemination, distribution,<br/>
     copying, or other use of this communication or any of its attachments<br/>
     is strictly prohibited.  If you have received this communication in<br/>
     error, please notify the sender immediately by replying to this message<br/>
     and deleting this message, any attachments, and all copies and backups<br/>
     from your computer.<br/></P></body>
</html>