<div style="line-height:1.7;color:#000000;font-size:14px;font-family:Arial"><div><span class="" style="color: rgb(0, 0, 0); font-family: 'Helvetica Neue', arial, sans-serif; font-size: 13px; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: 20px; orphans: auto; text-align: left; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: pre-wrap; widows: auto; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; background-color: rgb(255, 255, 255); display: inline !important; float: none;">Hello there,<br><br>I am using the VEP script (version 77) to analyse my variation data locally. It works fine on almost all chromosomes except chrY. For example, variant record "chrY 14107314" got annotation "ENSG00000235649" when using the website VEP, which is correct. However, when I use VEP locally, this record was assigned with "ENSG00000165246". The genome reference I am using is GRCh37.<br><br>My command is shown below :</span><span style="color: rgb(0, 0, 0); font-family: 'Helvetica Neue', arial, sans-serif; font-size: 13px; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: 20px; orphans: auto; text-align: left; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: pre-wrap; widows: auto; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; background-color: rgb(255, 255, 255); display: inline !important; float: none;"><br>perl /home/software/ensembl-tools-release-77/scripts/variant_effect_predictor/variant_effect_predictor.pl -i input.vcf -o output.vep.vcf 每offline 每dir_cache /home/data/ensembl/cache 每vcf 每merged 每force_overwrite 每quiet 每fork 10 每hgvs 每assembly GRCh37 每everything<br><br>Can anyone give me some clue on this?  Thank you very much!<br><br>Best,<br>Emma<br></span></div></div>