<div dir="ltr">I'm using VEP to annotate some VCF files using an offline cache database.  The summary file lets me know the number of overlapped genes/transcripts. However, it doesn't say how many total genes/transcripts in the database which would be useful for some calculations.<div><br></div><div>To annotate, I use the following command to run VEP:</div><div>./<a href="http://variant_effect_predictor.pl">variant_effect_predictor.pl</a> -species triticum_aestivum -i input.vcf -o output.vep.vcf --fork 4 --offline --db_version 22<br></div><div><br></div><div>I've been to the cache directory: .~/vep/triticum_aestivum/22, and tried looking at the storage structure. I saw these are gzipped files within directories for each contig.</div><div><br></div><div>Is there an easy way to get a list of all transcripts/genes in this database? Thank you.</div><div><br></div><div>Cheers</div><div>-Hans</div></div>