<div dir="ltr">Hi Ivan,<div><br></div><div>The VEP will auto-detect a FASTA file in your cache directory, which is presumably what is being used when you specify --everything without --fasta.</div><div><br></div><div>There's currently no way to disable this auto-detection; the easiest thing to do would be to remove or move the file (typically $HOME/.vep/homo_sapiens/84_GRCh38/*.fa)</div><div><br></div><div>You could alternately manually list the options set by --everything, excluding --hgvs as this is what uses the sequence lookups.</div><div><br></div><div>Hope that helps,</div><div><br></div><div>Will McLaren</div><div>Ensembl Variation</div></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On 8 April 2016 at 18:47, Ivan Adzhubey <span dir="ltr"><<a href="mailto:iadzhubey@rics.bwh.harvard.edu" target="_blank">iadzhubey@rics.bwh.harvard.edu</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">Hi,<br>
<br>
I think there is an issue with the VEP script configuration processing:<br>
documentation states that you need both --hgvs and --fasta when --offline to<br>
trigger FASTA file reading from the local cache:<br>
<br>
<a href="http://useast.ensembl.org/info/docs/tools/vep/script/vep_options.html#opt_hgvs" rel="noreferrer" target="_blank">http://useast.ensembl.org/info/docs/tools/vep/script/vep_options.html#opt_hgvs</a><br>
<br>
"To generate HGVS identifiers when using --cache or --offline you must use a<br>
FASTA file and --fasta."<br>
<br>
However, when --everything option is specified, VEP would fetch alleles from<br>
the FASTA file available in the cache even in --offline mode and despite --fasta<br>
option *not* being used. Also, --fasta is not listed in the documentation as<br>
enabled by --everything implicitly either. However, it looks like it is<br>
enabled.<br>
<br>
It would actually be nice to be able to have --fasta reading disabled (as per<br>
current documentation) even with --everything specified, especially considering<br>
dramatic performance degradation it causes and various stability problems with<br>
plugins. I am not sure if this is a bug report or a feature request but I<br>
really would love to see VEP script behave exactly like it is documented now:<br>
no --fasta option -- no FASTA cache reading. If that's not possible then the<br>
documentation should be corrected to describe the current behavior properly.<br>
<br>
Thanks,<br>
Ivan<br>
<br>
--<br>
Ivan Adzhubey, Ph.D.<br>
Instructor<br>
Division of Genetics, Dept of Medicine<br>
Brigham & Women's Hospital<br>
Harvard Medical School<br>
New Research Building, Room 0464C<br>
77 Avenue Louis Pasteur<br>
Boston, MA 02115<br>
tel.: <a href="tel:%28617%29%20525-4728" value="+16175254728">(617) 525-4728</a><br>
fax:  <a href="tel:%28617%29%20525-4705" value="+16175254705">(617) 525-4705</a><br>
web: <a href="http://genetics.bwh.harvard.edu/wiki/sunyaevlab/" rel="noreferrer" target="_blank">http://genetics.bwh.harvard.edu/wiki/sunyaevlab/</a><br>
<br>
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