<div dir="ltr">Hi Adam,<div><br></div><div>The SO term splice_donor_variant [1] as reported by the VEP covers this. Variants in the receiving 2bp region are defined as splice_acceptor_variant [2].</div><div><br></div><div>There's also a number of splicing predictors available as VEP plugins (e.g. [3]) which you may find useful.</div><div><br></div><div>Regards</div><div><br></div><div>Will McLaren</div><div>Ensembl Variation</div><div><br></div><div>[1] : <a href="http://www.sequenceontology.org/miso/current_svn/term/SO:0001575">http://www.sequenceontology.org/miso/current_svn/term/SO:0001575</a></div><div>[2] : <a href="http://www.sequenceontology.org/miso/current_svn/term/SO:0001574">http://www.sequenceontology.org/miso/current_svn/term/SO:0001574</a></div><div>[3] : <a href="https://github.com/Ensembl/VEP_plugins/blob/release/84/GeneSplicer.pm">https://github.com/Ensembl/VEP_plugins/blob/release/84/GeneSplicer.pm</a></div></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On 18 April 2016 at 11:14, Levine, Adam <span dir="ltr"><<a href="mailto:a.levine@ucl.ac.uk" target="_blank">a.levine@ucl.ac.uk</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">Is there a way of getting VEP to identify whether a variant causes a 'canonical' splice site change (i.e. affects the first two nucleotides flanking an exon)?<br>
<br>
Thank you,<br>
<br>
Adam<br>
<br>
Adam P. Levine<br>
<br>
_______________________________________________<br>
Dev mailing list    <a href="mailto:Dev@ensembl.org">Dev@ensembl.org</a><br>
Posting guidelines and subscribe/unsubscribe info: <a href="http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev" rel="noreferrer" target="_blank">http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev</a><br>
Ensembl Blog: <a href="http://www.ensembl.info/" rel="noreferrer" target="_blank">http://www.ensembl.info/</a><br>
</blockquote></div><br></div>