<div dir="ltr">Thanks. Aim is to annotate with the predicted functional consequences based on what is publicly known about the genome annotation. Sort of what you get from VEP.<div><br></div><div>G.</div></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On 19 April 2016 at 12:51, Thibaut Hourlier <span dir="ltr"><<a href="mailto:thibaut@ebi.ac.uk" target="_blank">thibaut@ebi.ac.uk</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">Hi Genomeo,<br>
You should use GRCh38 as it is an improved version of GRCh37<br>
<br>
What exactly do you want to annotate?<br>
<br>
Thanks<br>
Thibaut<br>
<div><div class="h5"><br>
> On 19 Apr 2016, at 10:30, Genomeo Dev <<a href="mailto:genomeodev@gmail.com">genomeodev@gmail.com</a>> wrote:<br>
><br>
> Dear all,<br>
><br>
> We are trying to generate whole genome sequences for 25,000 samples using short read data form Illumina. This will be used in many downstream analyses and other related projects.<br>
><br>
> 1) Would you recommend to go for GRCH37 or GRCH38?<br>
><br>
> 2) For the annotation, what are the main advantages to adopting VEP as the annotator tool? especially in linking with public databases and comparing to other genomics studies.<br>
><br>
> Thank you,<br>
><br>
> --<br>
> G.<br>
</div></div>> _______________________________________________<br>
> Dev mailing list    <a href="mailto:Dev@ensembl.org">Dev@ensembl.org</a><br>
> Posting guidelines and subscribe/unsubscribe info: <a href="http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev" rel="noreferrer" target="_blank">http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev</a><br>
> Ensembl Blog: <a href="http://www.ensembl.info/" rel="noreferrer" target="_blank">http://www.ensembl.info/</a><br>
<br>
<br>
_______________________________________________<br>
Dev mailing list    <a href="mailto:Dev@ensembl.org">Dev@ensembl.org</a><br>
Posting guidelines and subscribe/unsubscribe info: <a href="http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev" rel="noreferrer" target="_blank">http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev</a><br>
Ensembl Blog: <a href="http://www.ensembl.info/" rel="noreferrer" target="_blank">http://www.ensembl.info/</a><br>
</blockquote></div><br><br clear="all"><div><br></div>-- <br><div class="gmail_signature"><div dir="ltr">G.</div></div>
</div>