<div dir="ltr">Hi Matteo,<div><br></div><div>We don't have a specific tool or functionality for discovering homopolymeric regions.</div><div><br></div><div>If I were to approach this problem I'd write a short script to look up some amount of reference sequence either side of the SNP position and check it for homopolymerism.</div><div><br></div><div>In Perl you could use the Ensembl API [1] or use the BioPerl Bio::DB::Fasta [2] module and a FASTA file of the genome.</div><div><br></div><div>You may also consider using our REST API to retrieve the sequence, which can be scripted against using any language [3].</div><div><br></div><div>Hope that helps</div><div><br></div><div>Will McLaren</div><div>Ensembl Variation</div><div><br></div><div>1: <a href="http://www.ensembl.org/info/docs/index.html">http://www.ensembl.org/info/docs/index.html</a><br></div><div>2: <a href="http://search.cpan.org/dist/BioPerl/Bio/DB/Fasta.pm">http://search.cpan.org/dist/BioPerl/Bio/DB/Fasta.pm</a></div><div>3: <a href="http://rest.ensembl.org/documentation/info/sequence_region">http://rest.ensembl.org/documentation/info/sequence_region</a></div></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On 10 May 2016 at 11:31, Matteo <span dir="ltr"><<a href="mailto:matteodeg@gmail.com" target="_blank">matteodeg@gmail.com</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">Hi all,<br>
<br>
I have a question for you. I'm using Grch37 and I'm looking for a solution about homopolymeric regions. I'd like to get an additional annotation if a snp or Indel is in an homopolymeric region. Do you have any idea about this? Is there any Ensembl solution to get this annotation on a vcf format?<br>
<br>
Thank you very much,<br>
<br>
Matteo<br>
<br>
_______________________________________________<br>
Dev mailing list    <a href="mailto:Dev@ensembl.org" target="_blank">Dev@ensembl.org</a><br>
Posting guidelines and subscribe/unsubscribe info: <a href="http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev" rel="noreferrer" target="_blank">http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev</a><br>
Ensembl Blog: <a href="http://www.ensembl.info/" rel="noreferrer" target="_blank">http://www.ensembl.info/</a><br>
</blockquote></div><br></div>