<div dir="ltr">More info: getting a Transcript adaptor works, but getting a Gene or Slice adaptor fails.<div>This is with perl 5.22.1 on Ubuntu 16.04.<br><div><br></div><blockquote style="margin:0px 0px 0px 40px;border:none;padding:0px"><div><font face="monospace, monospace">#!/usr/bin/env perl</font></div><div><font face="monospace, monospace"><br></font></div><div><font face="monospace, monospace">use Bio::EnsEMBL::Registry;</font></div><div><font face="monospace, monospace"><br></font></div><div><font face="monospace, monospace">my $registry = 'Bio::EnsEMBL::Registry';</font></div><div><font face="monospace, monospace"><br></font></div><div><font face="monospace, monospace">$registry->load_registry_from_db(</font></div><div><font face="monospace, monospace">    -host => 0 ? '<a href="http://ensembldb.ensembl.org">ensembldb.ensembl.org</a>' : '<a href="http://useastdb.ensembl.org">useastdb.ensembl.org</a>',</font></div><div><font face="monospace, monospace">    -user => 'anonymous'</font></div><div><font face="monospace, monospace">);</font></div><div><font face="monospace, monospace"><br></font></div><div><font face="monospace, monospace">my @db_adaptors = @{ $registry->get_all_DBAdaptors() };</font></div><div><font face="monospace, monospace">printf("Got %d adapters with get_all_DBAdaptors\n", $#db_adaptors + 1);</font></div><div><font face="monospace, monospace"><br></font></div><div><font face="monospace, monospace">foreach $a_type ('Gene', 'Transcript', 'Slice') {</font></div><div><font face="monospace, monospace">    print("=" x 80, "\n");</font></div><div><font face="monospace, monospace">    print("Trying to get $a_type adaptor...\n");</font></div><div><font face="monospace, monospace">    my $a = $registry->get_adaptor( 'Human', 'Core', $a_type );</font></div><div><font face="monospace, monospace">    print("Got $a_type adaptor\n");</font></div><div><font face="monospace, monospace">}</font></div></blockquote><div><br></div><div>Gives</div><div><font face="monospace, monospace"><br></font></div><blockquote style="margin:0px 0px 0px 40px;border:none;padding:0px"><div><div><div><div><font face="monospace, monospace">snafu$ stdbuf -e0 -o0 /tmp/e-error</font></div><div><font face="monospace, monospace">Got 180 adapters with get_all_DBAdaptors</font></div><div><font face="monospace, monospace">================================================================================</font></div><div><font face="monospace, monospace">Trying to get Gene adaptor...</font></div><div><font face="monospace, monospace"><br></font></div><div><font face="monospace, monospace">-------------------- WARNING ----------------------</font></div><div><font face="monospace, monospace">MSG: 'Bio::EnsEMBL::DBSQL::MetaContainer' cannot be found.</font></div><div><font face="monospace, monospace">Exception UNIVERSAL does not export anything at /home/reece/opt/es/84/bioperl-live/Bio/Tree/TreeFunctionsI.pm line 94.</font></div><div><font face="monospace, monospace">BEGIN failed--compilation aborted at /home/reece/opt/es/84/bioperl-live/Bio/Tree/TreeFunctionsI.pm line 94.</font></div><div><font face="monospace, monospace">Compilation failed in require at /usr/share/perl/5.22/<a href="http://base.pm">base.pm</a> line 97.</font></div><div><font face="monospace, monospace"><span class="" style="white-space:pre">       </span>...propagated at /usr/share/perl/5.22/<a href="http://base.pm">base.pm</a> line 106.</font></div><div><font face="monospace, monospace">BEGIN failed--compilation aborted at /home/reece/opt/es/84/bioperl-live/Bio/Tree/Tree.pm line 111.</font></div><div><font face="monospace, monospace">Compilation failed in require at /home/reece/opt/es/84/bioperl-live/Bio/DB/Taxonomy.pm line 83.</font></div><div><font face="monospace, monospace">BEGIN failed--compilation aborted at /home/reece/opt/es/84/bioperl-live/Bio/DB/Taxonomy.pm line 83.</font></div><div><font face="monospace, monospace">Compilation failed in require at /home/reece/opt/es/84/bioperl-live/Bio/Species.pm line 102.</font></div><div><font face="monospace, monospace">BEGIN failed--compilation aborted at /home/reece/opt/es/84/bioperl-live/Bio/Species.pm line 102.</font></div><div><font face="monospace, monospace">Compilation failed in require at /home/reece/opt/es/84/ensembl/modules/Bio/EnsEMBL/DBSQL/MetaContainer.pm line 59.</font></div><div><font face="monospace, monospace">BEGIN failed--compilation aborted at /home/reece/opt/es/84/ensembl/modules/Bio/EnsEMBL/DBSQL/MetaContainer.pm line 59.</font></div><div><font face="monospace, monospace">Compilation failed in require at (eval 203) line 2.</font></div><div><font face="monospace, monospace"><br></font></div><div><font face="monospace, monospace"><br></font></div><div><font face="monospace, monospace">FILE: Bio/EnsEMBL/Registry.pm LINE: 1169</font></div><div><font face="monospace, monospace">CALLED BY: Bio/EnsEMBL/Registry.pm  LINE: 2852</font></div><div><font face="monospace, monospace">Date (localtime)    = Sat May 28 08:14:03 2016</font></div><div><font face="monospace, monospace">Ensembl API version = 84</font></div><div><font face="monospace, monospace">---------------------------------------------------</font></div><div><font face="monospace, monospace">================================================================================</font></div><div><font face="monospace, monospace">Trying to get Transcript adaptor...</font></div><div><font face="monospace, monospace">================================================================================</font></div><div><font face="monospace, monospace">Trying to get Slice adaptor...</font></div><div><font face="monospace, monospace"><br></font></div><div><font face="monospace, monospace">-------------------- WARNING ----------------------</font></div><div><font face="monospace, monospace">MSG: 'Bio::EnsEMBL::DBSQL::MetaContainer' cannot be found.</font></div><div><font face="monospace, monospace">Exception Attempt to reload Bio/EnsEMBL/DBSQL/MetaContainer.pm aborted.</font></div><div><font face="monospace, monospace">Compilation failed in require at (eval 206) line 2.</font></div><div><font face="monospace, monospace"><br></font></div><div><font face="monospace, monospace"><br></font></div><div><font face="monospace, monospace">FILE: Bio/EnsEMBL/Registry.pm LINE: 1169</font></div><div><font face="monospace, monospace">CALLED BY: EnsEMBL/DBSQL/DBAdaptor.pm  LINE: 988</font></div><div><font face="monospace, monospace">Date (localtime)    = Sat May 28 08:14:03 2016</font></div><div><font face="monospace, monospace">Ensembl API version = 84</font></div><div><font face="monospace, monospace">---------------------------------------------------</font></div><div><font face="monospace, monospace"><br></font></div><div><font face="monospace, monospace">-------------------- WARNING ----------------------</font></div><div><font face="monospace, monospace">MSG: Could not find MetaContainer adaptor in the registry for homo_sapiens core</font></div><div><font face="monospace, monospace"><br></font></div><div><font face="monospace, monospace">FILE: EnsEMBL/DBSQL/DBAdaptor.pm LINE: 991</font></div><div><font face="monospace, monospace">CALLED BY: EnsEMBL/DBSQL/SliceAdaptor.pm  LINE: 135</font></div><div><font face="monospace, monospace">Date (localtime)    = Sat May 28 08:14:03 2016</font></div><div><font face="monospace, monospace">Ensembl API version = 84</font></div><div><font face="monospace, monospace">---------------------------------------------------</font></div><div><font face="monospace, monospace"><br></font></div><div><font face="monospace, monospace">-------------------- EXCEPTION --------------------</font></div><div><font face="monospace, monospace">MSG: Could not get adaptor MetaContainer for homo_sapiens core</font></div><div><font face="monospace, monospace"><br></font></div><div><font face="monospace, monospace">STACK Bio::EnsEMBL::DBSQL::DBAdaptor::AUTOLOAD /home/reece/opt/es/84/ensembl/modules/Bio/EnsEMBL/DBSQL/DBAdaptor.pm:995</font></div><div><font face="monospace, monospace">STACK Bio::EnsEMBL::DBSQL::SliceAdaptor::new /home/reece/opt/es/84/ensembl/modules/Bio/EnsEMBL/DBSQL/SliceAdaptor.pm:135</font></div><div><font face="monospace, monospace">STACK Bio::EnsEMBL::Registry::get_adaptor /home/reece/opt/es/84/ensembl/modules/Bio/EnsEMBL/Registry.pm:1182</font></div><div><font face="monospace, monospace">STACK toplevel /tmp/e-error:18</font></div><div><font face="monospace, monospace">Date (localtime)    = Sat May 28 08:14:03 2016</font></div><div><font face="monospace, monospace">Ensembl API version = 84</font></div><div><font face="monospace, monospace">---------------------------------------------------</font></div></div></div></div><div><br></div></blockquote></div></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Fri, May 27, 2016 at 11:18 PM, Reece Hart <span dir="ltr"><<a href="mailto:reece@harts.net" target="_blank">reece@harts.net</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr"><div>I've been banging my head against this error for a while now. Does it ring a bell to anyone?</div><div><br></div><blockquote style="margin:0px 0px 0px 40px;border:none;padding:0px"><div><font face="monospace, monospace">MSG: Could not get adaptor MetaContainer for homo_sapiens core</font></div><div><font face="monospace, monospace"><br></font></div><div><font face="monospace, monospace">STACK Bio::EnsEMBL::DBSQL::DBAdaptor::AUTOLOAD /home/reece/opt/es/84/ensembl/modules/Bio/EnsEMBL/DBSQL/DBAdaptor.pm:995</font></div><div><font face="monospace, monospace">STACK Bio::EnsEMBL::DBSQL::SliceAdaptor::new /home/reece/opt/es/84/ensembl/modules/Bio/EnsEMBL/DBSQL/SliceAdaptor.pm:135</font></div><div><font face="monospace, monospace">STACK Bio::EnsEMBL::Registry::get_adaptor /home/reece/opt/es/84/ensembl/modules/Bio/EnsEMBL/Registry.pm:1182</font></div><div><font face="monospace, monospace">STACK toplevel ./sbin/ensembl-fetch:206</font></div><div><font face="monospace, monospace">Date (localtime)    = Fri May 27 23:11:02 2016</font></div><div><font face="monospace, monospace">Ensembl API version = 84</font></div><div><font face="monospace, monospace"><br></font></div></blockquote><div><br></div><div>I verified the same issue with code lifted almost directly from the core api tutorial:</div><div><br></div><blockquote style="margin:0px 0px 0px 40px;border:none;padding:0px"><div><div><div>use Bio::EnsEMBL::Registry;</div><div><br></div><div>my $registry = 'Bio::EnsEMBL::Registry';</div><div><br></div><div>$registry->load_registry_from_db(</div><div>    -host => '<a href="http://ensembldb.ensembl.org" target="_blank">ensembldb.ensembl.org</a>', # alternatively '<a href="http://useastdb.ensembl.org" target="_blank">useastdb.ensembl.org</a>'</div><div>    -user => 'anonymous'</div><div>);</div><div><br></div><div>my $sa = $registry->get_adaptor( 'Human', 'Core', 'Slice' );</div></div></div></blockquote><br><div>Oddly (to me), $registry->get_all_DBAdaptors() works.</div><div><br></div><div>This is with e-84.</div><div><br></div><div>Thanks,</div><div>Reece</div><div><br></div></div>
</blockquote></div><br></div>