<div dir="ltr">Hi,<div><br></div><div>The peptide method does a somewhat limited translation; it considers only the codon(s) covered by the reference coordinates, expanded to the nearest complete codon(s). The reason for this is to limit the length of the resultant alt peptide sequence, since in theory this could run to hundreds or even thousands of amino acids depending on the transcript and the position of the frameshift.</div><div><br></div><div>An example:</div><div><br></div><div>ref codon: ATG, tranlsated to M</div><div>>> insert C between A and T</div><div>alt codon: ACTG</div><div>>> translate</div><div>alt peptide: TX (ACT -> T, G incomplete codon -> X)</div><div><br></div><div>The hgvs_protein method will give you a more informative version of events, telling you where lies the new terminus encountered in the shifted sequence. So for the same example above you get p.Met268ThrfsTer57, so Met becomes Thr and the new terminus is encountered 57 AAs downstream.</div><div><br></div><div>If you are a VEP user, the Downstream plugin (<a href="https://github.com/Ensembl/VEP_plugins/blob/release/84/Downstream.pm">https://github.com/Ensembl/VEP_plugins/blob/release/84/Downstream.pm</a>) will give you the full translated downstream sequence. You could easily copy/paste the code from there into your own code.</div><div><br></div><div>Hope that helps,</div><div><br></div><div>Will McLaren</div><div>Ensembl Variation</div><div><br></div><div><br></div></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On 21 June 2016 at 13:12, Man Chun John MA <span dir="ltr"><<a href="mailto:manchunjohn-ma@uiowa.edu" target="_blank">manchunjohn-ma@uiowa.edu</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">Hi,<br>
<br>
Can you confirm that the peptide method in Bio::EnsEMBL::Variation::TranscriptVariationAllele also translates the peptide-level change caused by a frameshift allele? I have noticed some similar methods in the Ensembl API don't do that since it's computationally expensive, but since method is Bio::Seq-based, I won't see it as a very serious computational burden.<br>
<br>
By the way, I have changed my institution--is it appropriate to keep on using the previous institution's email address in this mailing list? My previous institution would keep this email as a redirect indefinitely.<br>
<br>
Thanks for the answers in advance.<br>
<br>
Best regards,<br>
<br>
Man Chun John Ma, PhD<br>
Postdoctoral Fellow<br>
Department of Lymphoma and Myeloma<br>
University of Texas MD Anderson Cancer Center<br>
Houston, Texas, USA<br>
<br>
<br>
---<br>
This email has been checked for viruses by Avast antivirus software.<br>
<a href="https://www.avast.com/antivirus" rel="noreferrer" target="_blank">https://www.avast.com/antivirus</a><br>
<br>
<br>
_______________________________________________<br>
Dev mailing list    <a href="mailto:Dev@ensembl.org" target="_blank">Dev@ensembl.org</a><br>
Posting guidelines and subscribe/unsubscribe info: <a href="http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev" rel="noreferrer" target="_blank">http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev</a><br>
Ensembl Blog: <a href="http://www.ensembl.info/" rel="noreferrer" target="_blank">http://www.ensembl.info/</a><br>
</blockquote></div><br></div>