<div dir="ltr">Hello Will,<div>Thanks for you help. I have try the two method you give, but it doesn't work. Reference allele has no problem, so as "MT". If there have any other solution？</div><div><br></div><div>Best regard!</div><div>Lin</div></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">2016-07-04 16:25 GMT+08:00 Will McLaren <span dir="ltr"><<a href="mailto:wm2@ebi.ac.uk" target="_blank">wm2@ebi.ac.uk</a>></span>:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr">Hello Lin,<div><br></div><div>There is a problem with your input - the reference allele that you have specified does not match the reference genome sequence. You can have VEP check your input for this issue by adding --check_ref to your command line.</div><div><br></div><div>You should also use "MT" to refer to the mitochondrial chromosome in place of "M".</div><div><br></div><div>Regards</div><span class="HOEnZb"><font color="#888888"><div><br></div><div>Will McLaren</div><div>Ensembl Variation</div></font></span></div><div class="HOEnZb"><div class="h5"><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On 4 July 2016 at 03:53, <a href="mailto:qiongfen0@gmail.com" target="_blank">qiongfen0@gmail.com</a> <span dir="ltr"><<a href="mailto:qiongfen0@gmail.com" target="_blank">qiongfen0@gmail.com</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div>
<div><span></span>Dear <span style="font-size:10.5pt;line-height:1.5;background-color:window">Thomas,</span></div><div>Thanks for your reply, it has help me so much. </div><div><span style="background-color:rgba(0,0,0,0);font-size:10.5pt;line-height:1.5">Now, I have another confused, I hope you can help me understand this.</span> </div><div><span style="color:rgb(0,0,0);background-color:rgba(0,0,0,0)">I am using </span><span style="background-color:rgba(0,0,0,0);font-size:10.5pt;line-height:1.5">ensembl-tools-release-77 now, when I use VEP to </span><span style="color:rgb(0,0,0);background-color:rgba(0,0,0,0)">annotate</span><span style="background-color:rgba(0,0,0,0);font-size:10.5pt;line-height:1.5"> the variants in </span><span style="background-color:rgba(0,0,0,0);font-size:10.5pt;line-height:1.5">mitochondria, some has the result of </span><span style="background-color:rgba(0,0,0,0);font-size:10.5pt;line-height:1.5">HGVSp but not have </span><span style="background-color:rgba(0,0,0,0);font-size:10.5pt;line-height:1.5">HGVSc (like the follow </span><span style="font-family:'Microsoft YaHei';font-size:13px;line-height:normal;white-space:nowrap;background-color:window">printscreen</span><span style="background-color:rgba(0,0,0,0);font-size:10.5pt;line-height:1.5">), it may be quiet strange. Then I use the VEP online  to try again, but it has no result of </span><span style="font-size:10.5pt;line-height:1.5;background-color:window">HGVSc and </span><span style="font-size:10.5pt;line-height:1.5;background-color:window">HGVSp. I wonder what make this result appear.</span></div><div><span style="color:rgb(0,0,0);background-color:rgba(0,0,0,0)">    </span><img src="cid:_Foxmail.1@bcc0fd22-6411-bcc3-72a3-d3aa1ac56a54" border="0" style="font-size:10.5pt;line-height:1.5;background-color:window"></div><div><span style="color:rgb(0,0,0);background-color:rgba(0,0,0,0)">    </span><img src="cid:_Foxmail.1@68eb01de-1e4e-7e63-83ba-455f603d2f17" border="0" style="font-size:10.5pt;line-height:1.5;background-color:window"><span style="background-color:rgba(0,0,0,0);font-size:10.5pt;line-height:1.5">   </span></div><div><span style="background-color:rgba(0,0,0,0);font-size:10.5pt;line-height:1.5">Hope to hear form you.</span></div><div><span style="font-size:10.5pt;line-height:1.5;background-color:window"><br></span></div><div><span style="font-size:10.5pt;line-height:1.5;background-color:window">Yours sincerely,</span></div><div><span style="font-size:10.5pt;line-height:1.5;background-color:window">Lin</span></div><br><blockquote style="margin-top:0px;margin-bottom:0px;margin-left:0.5em"><div style="border:none;border-top:solid #b5c4df 1.0pt;padding:3.0pt 0cm 0cm 0cm"><div style="PADDING-RIGHT:8px;PADDING-LEFT:8px;FONT-SIZE:12px;FONT-FAMILY:tahoma;COLOR:#000000;BACKGROUND:#efefef;PADDING-BOTTOM:8px;PADDING-TOP:8px"><div><b>From:</b> <a href="mailto:maurel@ebi.ac.uk" target="_blank">Thomas Maurel</a></div><div><b>Date:</b> 2016-06-28 17:30</div><div><b>To:</b> <a href="mailto:dev@ensembl.org" target="_blank">Ensembl developers list</a></div><div><b>Subject:</b> Re: [ensembl-dev] different between eGenetics and GNF/Atlas</div></div></div><div><div><div><div>Dear Lin,<div><br></div><div>I am afraid that this data was retired in Ensembl release 76. These might not match as the data is coming from two different sources:</div><div><br></div><span>GNF/Atlas data came to us via the Gene Expression Atlas project at EMBL-EBI.<br><br></span><a href="http://www.ebi.ac.uk/gxa/" target="_blank">http://www.ebi.ac.uk/gxa/</a><span><br><br>The GNF/Atlas data was published by the Genomics Institute of the Novartis Research Foundation:<br> <br></span><a href="http://www.gnf.org/technology/organismal/gene-expression-core.htm" target="_blank">http://www.gnf.org/technology/organismal/gene-expression-core.htm</a><span><br> <br>The eGenetics database uses Expressed Sequence Tags (ESTs) annotated with eVOC ontology terms by SANBI (South African National Bioinformatics Institute). More information below.<br><br></span><a href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/12799354" target="_blank">http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/12799354<br></a><a href="http://www.sanbi.ac.za/" target="_blank">http://www.sanbi.ac.za/</a><div><span><br></span></div><div><span>Hope this helps,</span></div><div><span>Best Regards,</span></div><div><span>Thomas<br><blockquote type="cite" style="margin-top:0px">On 28 Jun 2016, at 03:04, <a href="mailto:qiongfen0@gmail.com" target="_blank">qiongfen0@gmail.com</a> wrote:<br><br>Dear Sirs,<br>I'm using biomart to filter a series of genes which are specifically expressed in the brain. In biomart there are two such filters, 'eGenetics/SANBI EST anatomical system data' and 'GNF/Atlas organism part', however, the results of these two filters don't match. I searched for it at biomart help but i couldn't find anything about this. Can anybody help me to understand the difference of these two filters?<br>I am looking forward to hearing from you.<br><br>Yours sincerely,<br>Lin<br><br>Qiongfen Lin<br>South China Normal University<br>TEL: <a href="tel:%2B8615118845463" value="+8615118845463" target="_blank">+8615118845463</a>| Mail : <a href="mailto:qiongfen0@gmail.com" target="_blank">qiongfen0@gmail.com</a><br> <br>_______________________________________________<br>Dev mailing list    <a href="mailto:Dev@ensembl.org" target="_blank">Dev@ensembl.org</a><br>Posting guidelines and subscribe/unsubscribe info: <a href="http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev" target="_blank">http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev</a><br>Ensembl Blog: <a href="http://www.ensembl.info/" target="_blank">http://www.ensembl.info/</a><br></blockquote><br><div>--<br>Thomas Maurel<br>Bioinformatician - Ensembl Production Team<br>European Bioinformatics Institute (EMBL-EBI)<br>European Molecular Biology Laboratory<br>Wellcome Trust Genome Campus<br>Hinxton<br>Cambridge CB10 1SD<br>United Kingdom<br></div><br></span></div></div></div></div></div></blockquote>
</div><br>_______________________________________________<br>
Dev mailing list    <a href="mailto:Dev@ensembl.org" target="_blank">Dev@ensembl.org</a><br>
Posting guidelines and subscribe/unsubscribe info: <a href="http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev" rel="noreferrer" target="_blank">http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev</a><br>
Ensembl Blog: <a href="http://www.ensembl.info/" rel="noreferrer" target="_blank">http://www.ensembl.info/</a><br>
<br></blockquote></div><br></div>
</div></div><br>_______________________________________________<br>
Dev mailing list    <a href="mailto:Dev@ensembl.org">Dev@ensembl.org</a><br>
Posting guidelines and subscribe/unsubscribe info: <a href="http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev" rel="noreferrer" target="_blank">http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev</a><br>
Ensembl Blog: <a href="http://www.ensembl.info/" rel="noreferrer" target="_blank">http://www.ensembl.info/</a><br>
<br></blockquote></div><br><br clear="all"><div><br></div>-- <br><div class="gmail_signature" data-smartmail="gmail_signature"><div dir="ltr"><p><font face="微软雅黑, sans-serif">Arron Lin</font></p><p><font face="微软雅黑, sans-serif">BGI Research Institute</font></p><p><font face="微软雅黑, sans-serif">Email: <a href="mailto:qiongfen0@gmail.com" target="_blank">qiongfen0@gmail.com</a></font></p><p><font face="微软雅黑, sans-serif"></font></p><p><font face="微软雅黑, sans-serif">Beishan Industrial Zone| Yantian  District| Shenzhen 518083</font></p></div></div>
</div>