<div dir="ltr">Hi VEP team,<div><br></div><div>From what I understand, online/offline VEP v84 uses transcripts from Ensembl v75 (Gencode v19), when the input variants are GRCh37. What is the least resistance way to take advantage of Gencode v24 transcripts, in a variant annotation pipeline that has to report calls in GRCh37.</div><div><br></div><div>My current strategy creates a custom VEP cache based on the liftOvered GFFs that Gencode provides (<a href="http://www.gencodegenes.org/releases/24lift37.html">http://www.gencodegenes.org/releases/24lift37.html</a>), but I miss all the supplemental annotations that the official caches contain.</div><div><br></div><div>~Cyriac</div></div>