<div dir="ltr">Dear Will,<div><br></div><div>Thank you for the quick and kind reply. Now I see the situation.</div><div><br></div><div>Best,</div><div>Watal</div><div><br></div></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Fri, Jul 15, 2016 at 5:07 PM, Will McLaren <span dir="ltr"><<a href="mailto:wm2@ebi.ac.uk" target="_blank">wm2@ebi.ac.uk</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr">Hello,<div><br></div><div>Thanks for the feedback.</div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote"><span class="">On 15 July 2016 at 04:02, Watal M. Iwasaki <span dir="ltr"><<a href="mailto:heavy.watal@gmail.com" target="_blank">heavy.watal@gmail.com</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr">Hello,<div><br></div><div>I am using VEP on <a href="http://grch37.ensembl.org" target="_blank">grch37.ensembl.org</a> with Safari, Mac 10.11 and have 3 suggestions/questions.</div><div><br></div><div>1) When "Find co-located known variants" is disabled, the checkboxes below are hidden and `--pubmed` is left enabled by default. I think it is counter-intuitive.<br></div></div></blockquote><div><br></div></span><div>Thanks for spotting this - we'll look to get it fixed.</div><span class=""><div> </div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr"><div></div><div><br></div><div>2) It would be helpful if the users can check "Command line equivalent" before throwing a job.</div></div></blockquote><div><br></div></span><div>This would be reasonably difficult to implement, and I think most users are not interested in the command line being used - the current way it works is provided for those who would like to transition from using the web interface to using the command line script.</div><span class=""><div> </div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr"><div><div><br></div><div>3) Is there a way to download a result in gzipped VEP? The following command did not work: `wget -O- "<a href="http://grch37.ensembl.org/Homo_sapiens/Download/Tools/VEP?format=vep;tl=***" target="_blank">http://grch37.ensembl.org/Homo_sapiens/Download/Tools/VEP?format=vep;tl=***</a>" | gzip >result.vep.gz`</div></div></div></blockquote><div><br></div></span><div>Unfortunately results can currently only be downloaded uncompressed.</div><div><br></div><div>Regards</div><div><br></div><div>Will McLaren</div><div>Ensembl Variation</div><div> </div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><span class=""><div dir="ltr"><div><div><br></div><div>Thanks,</div><span><font color="#888888"><div><br></div>-- <br><div data-smartmail="gmail_signature"><div dir="ltr">Watal M. Iwasaki / 岩嵜 航<br>SOKENDAI, Graduate University for Advanced Studies,<br>Hayama, Kanagawa 240-0193, Japan<br><a href="tel:%2B81-46-858-1576" value="+81468581576" target="_blank">+81-46-858-1576</a><br><a href="https://heavywatal.github.io/" target="_blank">https://heavywatal.github.io/</a></div></div>
</font></span></div></div>
<br></span>_______________________________________________<br>
Dev mailing list    <a href="mailto:Dev@ensembl.org" target="_blank">Dev@ensembl.org</a><br>
Posting guidelines and subscribe/unsubscribe info: <a href="http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev" rel="noreferrer" target="_blank">http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev</a><br>
Ensembl Blog: <a href="http://www.ensembl.info/" rel="noreferrer" target="_blank">http://www.ensembl.info/</a><br>
<br></blockquote></div><br></div></div>
<br>_______________________________________________<br>
Dev mailing list    <a href="mailto:Dev@ensembl.org">Dev@ensembl.org</a><br>
Posting guidelines and subscribe/unsubscribe info: <a href="http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev" rel="noreferrer" target="_blank">http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev</a><br>
Ensembl Blog: <a href="http://www.ensembl.info/" rel="noreferrer" target="_blank">http://www.ensembl.info/</a><br>
<br></blockquote></div><br><br clear="all"><div><br></div>-- <br><div class="gmail_signature" data-smartmail="gmail_signature"><div dir="ltr">Watal M. Iwasaki / 岩嵜 航<br>SOKENDAI, Graduate University for Advanced Studies,<br>Hayama, Kanagawa 240-0193, Japan<br>+81-46-858-1576<br><a href="https://heavywatal.github.io/" target="_blank">https://heavywatal.github.io/</a></div></div>
</div>