<div dir="ltr">Hi Cyriac,<div><br></div><div>Your current strategy is currently the best one. There are no concrete plans as I write to import the backmapped GENCODE files to an Ensembl database that would then be used to generate a VEP cache.</div><div><br></div><div>Regards</div><div><br></div><div>Will McLaren</div><div>Ensembl Variation</div></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On 15 July 2016 at 20:16, Cyriac Kandoth <span dir="ltr"><<a href="mailto:kandothc@mskcc.org" target="_blank">kandothc@mskcc.org</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr">Hi VEP team,<div><br></div><div>From what I understand, online/offline VEP v84 uses transcripts from Ensembl v75 (Gencode v19), when the input variants are GRCh37. What is the least resistance way to take advantage of Gencode v24 transcripts, in a variant annotation pipeline that has to report calls in GRCh37.</div><div><br></div><div>My current strategy creates a custom VEP cache based on the liftOvered GFFs that Gencode provides (<a href="http://www.gencodegenes.org/releases/24lift37.html" target="_blank">http://www.gencodegenes.org/releases/24lift37.html</a>), but I miss all the supplemental annotations that the official caches contain.</div><span class="HOEnZb"><font color="#888888"><div><br></div><div>~Cyriac</div></font></span></div>
<br>_______________________________________________<br>
Dev mailing list    <a href="mailto:Dev@ensembl.org">Dev@ensembl.org</a><br>
Posting guidelines and subscribe/unsubscribe info: <a href="http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev" rel="noreferrer" target="_blank">http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev</a><br>
Ensembl Blog: <a href="http://www.ensembl.info/" rel="noreferrer" target="_blank">http://www.ensembl.info/</a><br>
<br></blockquote></div><br></div>