<div dir="ltr">Hi Will. Out of curiosity - do you know what is the most popular output format among VEP users? And which one do you prefer we all use?<div><br></div><div>~C</div></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Wed, Jul 27, 2016 at 7:41 AM, Will McLaren <span dir="ltr"><<a href="mailto:wm2@ebi.ac.uk" target="_blank">wm2@ebi.ac.uk</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">Hi Nikolas,<br>
<br>
As I mentioned in reply to your previous question, you can use --tab with VEP 84 or later, or in earlier versions use --fields to have all output written to separate tab-separated columns.<br>
<br>
The limitation of using --fields is that you must specify them manually, but you could do this once and save it to a configuration file [1] or as an ENV variable. You then have the benefit of knowing which columns you would need to create in your DB.<br>
<br>
Another option would be to use VCF output and a simple shell script to create one line per transcript.<br>
<br>
Regards<br>
<br>
Will<br>
<br>
[1] : <a href="http://www.ensembl.org/info/docs/tools/vep/script/vep_options.html#opt_config" rel="noreferrer" target="_blank">http://www.ensembl.org/info/docs/tools/vep/script/vep_options.html#opt_config</a><br>
<span class=""><br>
<br>
<br>
On 27 July 2016 at 12:24, Nikolas Pontikos <<a href="mailto:n.pontikos@ucl.ac.uk">n.pontikos@ucl.ac.uk</a><mailto:<a href="mailto:n.pontikos@ucl.ac.uk">n.pontikos@ucl.ac.uk</a>>> wrote:<br>
I'm looking for an easy way (with minimal reformatting) of loading the<br>
output of VEP into a database.<br>
<br>
So far I have tried loading the JSON output straight into mongo but<br>
was wondering if there was a simpler tab separated format with one<br>
transcript per line.<br>
<br>
Maybe I should resort to only retrieving the most severe transcript<br>
consequence per variant.<br>
<br>
I'd be happy to hear your suggestion.<br>
<br>
Many Thanks,<br>
<br>
Nikolas.<br>
<br>
_______________________________________________<br>
</span>Dev mailing list    <a href="mailto:Dev@ensembl.org">Dev@ensembl.org</a><mailto:<a href="mailto:Dev@ensembl.org">Dev@ensembl.org</a>><br>
<div class="HOEnZb"><div class="h5">Posting guidelines and subscribe/unsubscribe info: <a href="http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev" rel="noreferrer" target="_blank">http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev</a><br>
Ensembl Blog: <a href="http://www.ensembl.info/" rel="noreferrer" target="_blank">http://www.ensembl.info/</a><br>
<br>
</div></div></blockquote></div><br></div>