<div dir="ltr">Hi Nikolas,<div><br></div><div>--tab is supported only from VEP 84 onwards [1], though you can get a good approximation of it using --fields [2] and listing the fields you want in the output.</div><div><br></div><div>The problem is that --tab is getting interpreted as --tabix, hence the error you're seeing.</div><div><br></div><div>Regards</div><div><br></div><div>Will McLaren</div><div>Ensembl Variation</div><div><br></div><div>[1] : <a href="http://www.ensembl.org/info/docs/tools/vep/script/vep_download.html#history">http://www.ensembl.org/info/docs/tools/vep/script/vep_download.html#history</a></div><div>[2] : <a href="http://www.ensembl.org/info/docs/tools/vep/script/vep_options.html#opt_fields">http://www.ensembl.org/info/docs/tools/vep/script/vep_options.html#opt_fields</a></div><div><br></div></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On 27 July 2016 at 10:15, Nikolas Pontikos <span dir="ltr"><<a href="mailto:n.pontikos@ucl.ac.uk" target="_blank">n.pontikos@ucl.ac.uk</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">Hi,<br>
<br>
I'm get this error message:<br>
<br>
Output must be vcf (--vcf) to use --tabix<br>
<br>
when running the command below:<br>
<br>
chr=22<br>
/share/apps/perl/bin/perl<br>
ensembl-tools-release-82/scripts/variant_effect_predictor/<a href="http://variant_effect_predictor.pl" rel="noreferrer" target="_blank">variant_effect_predictor.pl</a><br>
--port 3337 \<br>
--ASSEMBLY GRCh37 --fasta /SAN/vyplab/UKIRDC/reference/human_g1k_v37.fasta \<br>
--cache --dir_cache /cluster/project8/vyp/AdamLevine/software/ensembl//cache/ \<br>
--sift b --polyphen b --symbol --canonical --check_existing --check_alleles  \<br>
--fork 4 --maf_esp --gmaf --maf_1kg \<br>
--no_progress --quiet \<br>
--custom CADD/chr${chr}.vcf.gz,CADD,vcf,exact \<br>
--custom Kaviar-160204-Public/hg19/VEP_annotation.vcf.gz,Kaviar,vcf,exact \<br>
--plugin Condel,/cluster/project8/vyp/AdamLevine/software/ensembl//Plugins/config/Condel/config,b<br>
\<br>
--plugin Carol \<br>
--plugin GO \<br>
--no_stats \<br>
--hgvs \<br>
--plugin HGVSshift \<br>
--plugin SameCodon \<br>
--input_file ${output}_VEP/chr${chr}_for_VEP.vcf \<br>
--tab \<br>
--output_file STDOUT<br>
<br>
How shoould I change my command line parameters?<br>
<br>
Many Thanks,<br>
<br>
Nikolas.<br>
<br>
_______________________________________________<br>
Dev mailing list    <a href="mailto:Dev@ensembl.org">Dev@ensembl.org</a><br>
Posting guidelines and subscribe/unsubscribe info: <a href="http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev" rel="noreferrer" target="_blank">http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev</a><br>
Ensembl Blog: <a href="http://www.ensembl.info/" rel="noreferrer" target="_blank">http://www.ensembl.info/</a><br>
</blockquote></div><br></div>