<div dir="ltr"><div><div>Hello,</div><div><br></div><div>I am Brazilian student of computer science at the Catholic University of Paraná. I am starting research on genome variants and would like to extract some statistics such data and for that I need to download it to my local machine.</div><div><br></div><div>Using the REST API (</div><div><a href="https://rest.ensembl.org/variation/human/rs56116432?content-type=application/json;population_genotypes=1">https://rest.ensembl.org/variation/human/rs56116432?content-type=application/json;population_genotypes=1</a>) I get exactly the data I need, but it would be very time consuming for millions of variants IDs because the service time limits.</div><div><br></div><div>Where I could get the same information (range, population, genotype ) massively?</div><div><br></div><div>I tried to find this data into the public mysql ensembl database and performed several queries, but did not get the same data. Especially the 'population' table and frequency fields does not seems to have the same data I got the in the REST API.</div></div><div><div class="gmail_signature"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><span style="font-size:small"><br></span></div><div dir="ltr">I need data variation for the assembly GRCh37 3 GRCh38 and looked for these two bases:<br></div><div dir="ltr">- homo_sapiens_variation_73_37<br></div><div dir="ltr">- homo_sapiens_variation_85_38<br></div><div dir="ltr"><br></div><div dir="ltr"><div dir="ltr"><br></div><div dir="ltr">This is a sample query that I used in the database (homo_sapiens_variation_73_37):</div><div dir="ltr"><br></div><div dir="ltr"><div dir="ltr">SELECT DISTINCT </div><div dir="ltr"><a href="http://variation.name">variation.name</a>,</div><div dir="ltr">allele.frequency,</div><div dir="ltr">allele.count,</div><div dir="ltr">allele_code.allele,</div><div dir="ltr">variation.ancestral_allele,</div><div dir="ltr">variation.minor_allele,</div><div dir="ltr">variation.minor_allele_freq,</div><div dir="ltr">variation.minor_allele_count,</div><div dir="ltr"><a href="http://population.name">population.name</a></div><div dir="ltr">FROM allele, allele_code, variation, population</div><div dir="ltr">WHERE <a href="http://variation.name">variation.name</a> LIKE 'rs56116432' AND </div><div dir="ltr">allele.allele_code_id = allele_code.allele_code_id AND </div><div dir="ltr">allele.variation_id = variation.variation_id AND</div><div dir="ltr">allele.population_id = population.population_id</div></div></div><div dir="ltr"><span style="font-size:small"><br></span></div><div dir="ltr"><span style="font-size:small"><div dir="ltr">I thank you!.</div><div dir="ltr">Sorry my bad English.</div></span></div><div dir="ltr"><span style="font-size:small"><b><br></b></span></div><div dir="ltr"><span style="font-size:small"><b>Juliano V. Martins</b></span><br></div></div></div></div>
</div>