<div dir="ltr">Hi Michael,<div><br></div><div>I assume from this that you are using the GRCh37 assembly? Ensembl and therefore VEP annotations on GRCh37 were frozen at Ensembl release 75 as we have moved our main annotation pipelines to GRCh38.</div><div><br></div><div>See the about box on the RH side of <a href="http://grch37.ensembl.org/index.html">http://grch37.ensembl.org/index.html</a></div><div><br></div><div>Regards</div><div><br></div><div>Will McLaren</div><div>Ensembl Variation</div></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On 3 August 2016 at 06:41, Michael Milton <span dir="ltr"><<a href="mailto:michael.milton@unimelb.edu.au" target="_blank">michael.milton@unimelb.edu.au</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">




<div dir="ltr">
<div style="font-size:12pt;color:#000000;background-color:#ffffff;font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif">
<p>Hi, I'm using VEP with a downloaded cache, and it seems that VEP is annotating some non-hgnc gene symbols or at least outdated symbols. I need a gene list including all possible genes that VEP could output for a downstream application. Is there a definitive
 list of genes that VEP could output? Otherwise, what source is used to build the VEP cache?</p>
<p><br>
</p>
<p>Some of the superceded gene symbols it's outputting, using the Ensembl 83 refseq cache, are:</p>
<p></p>
<div style="color:rgb(33,33,33);font-size:15px">
<ul>
<li>GLTPD1<br>
</li><li>C1orf86<br>
</li><li>C7orf63<br>
</li><li>PCNXL3</li></ul>
</div>
Thanks!
<p></p>
<p><br>
</p>
</div>
</div>

<br>_______________________________________________<br>
Dev mailing list    <a href="mailto:Dev@ensembl.org">Dev@ensembl.org</a><br>
Posting guidelines and subscribe/unsubscribe info: <a href="http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev" rel="noreferrer" target="_blank">http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev</a><br>
Ensembl Blog: <a href="http://www.ensembl.info/" rel="noreferrer" target="_blank">http://www.ensembl.info/</a><br>
<br></blockquote></div><br></div>