<div dir="ltr">Hi Carlos,<div><br></div><div>We recently updated Zea mays to AGPv4 with all new gene annotation from Gramene.<div><br></div><div>To browse the old assembly (AGPv3, with GRMZ style notation) you can use: <a href="http://archive.plants.ensembl.org/Maize">http://archive.plants.ensembl.org/Maize</a></div><div><br></div><div>We're currently working with Gramene to load the cross references between the new genes and the old GRMZ genes. In the meantime, GRMZ genes mapped onto AGPv4 can be viewed in the browser, for example here:</div></div><div><a href="http://plants.ensembl.org/Zea_mays/Share/8580ea57ee94af6de4d0813b580d6e3794453192">http://plants.ensembl.org/Zea_mays/Share/8580ea57ee94af6de4d0813b580d6e3794453192</a><br></div><div><br></div><div>Sorry for the inconvenience this change has caused, hopefully the above information will allow you to continue your analysis.</div><div><br></div><div><br></div><div>Many thanks,</div><div>Dan.</div></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Tue, Aug 9, 2016 at 2:16 PM, Vintimilla Carrasco, Carlos <span dir="ltr"><<a href="mailto:carlos.vintimillacarrasco@wur.nl" target="_blank">carlos.vintimillacarrasco@wur.nl</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">Hello,<br>
<br>
I am analysing a Transcryptome Data Set with the Bioconductor package BiomaRt. I had no trouble using it during the past month but now it seems it does not recognise gene IDs from Maize. Whenever I use the getBM function in R it only retrieves values for this gene "zma-MIR319d".  I am using listMarts(host="<a href="http://plants.ensembl.org" rel="noreferrer" target="_blank">plants.<wbr>ensembl.org</a>") as host.<br>
<br>
<br>
The same is happening when I try to enter the query list online (<a href="http://plants.ensembl.org/biomart/martview/45e2918700bd27c5690289d7265b6fc5" rel="noreferrer" target="_blank">http://plants.ensembl.org/<wbr>biomart/martview/<wbr>45e2918700bd27c5690289d7265b6f<wbr>c5</a>), not of my genes with GRMZM2G notation are recognised.<br>
<br>
Am I doing something wrong?<br>
<br>
Thank you in advance for your answer.<br>
<br>
Carlos?<br>
<br>
<br>
______________________________<wbr>_________________<br>
Dev mailing list    <a href="mailto:Dev@ensembl.org">Dev@ensembl.org</a><br>
Posting guidelines and subscribe/unsubscribe info: <a href="http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev" rel="noreferrer" target="_blank">http://lists.ensembl.org/<wbr>mailman/listinfo/dev</a><br>
Ensembl Blog: <a href="http://www.ensembl.info/" rel="noreferrer" target="_blank">http://www.ensembl.info/</a><br>
</blockquote></div><br></div>