<div dir="ltr">What is "correct" depends what you're interested in - do you want to know the frequency of the non-reference or just the rarest allele?<div><br></div><div>In either case the REST response contains the observed alleles (allele_string) so you can in theory deduce the "other" frequency easily enough, though there is a chance you may run into difficulties for those (rare) variants with more than two alleles.</div><div><br></div><div>This is currently the best place to keep track of developments; you can also track commits to the ensembl-variation and ensembl-tools repos on GitHub.</div><div><br></div><div>Regards</div><div><br></div><div>Will</div></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On 31 August 2016 at 16:12, Wolf Beat <span dir="ltr"><<a href="mailto:Beat.Wolf@hefr.ch" target="_blank">Beat.Wolf@hefr.ch</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">Thank you for your answer.<br>
<br>
Is there a bugtracker where i can track issues i submit? there was another one a couple of weeks back and i would like to stay up to date.<br>
<br>
So i guess there is no way for me to detect such a situation client side? Well i guess i can detect when the maf and exac totally disagree, but that won't tell me which one is "correct".<br>
Just trying to figure out how to correctly annotate variants in the meantime.<br>
<br>
Kind regards<br>
<br>
Beat Wolf<br>
______________________________<wbr>__________<br>
From: <a href="mailto:dev-bounces@ensembl.org">dev-bounces@ensembl.org</a> [<a href="mailto:dev-bounces@ensembl.org">dev-bounces@ensembl.org</a>] on behalf of Will McLaren [<a href="mailto:wm2@ebi.ac.uk">wm2@ebi.ac.uk</a>]<br>
Sent: Wednesday, August 31, 2016 5:04 PM<br>
To: Ensembl developers list<br>
Subject: Re: [ensembl-dev] VEP maf problems with certain variants<br>
<span class=""><br>
Hello,<br>
<br>
This is a not uncommon situation on GRCh37 particularly, where the reference allele is the least frequently observed. In situations like this VEP doesn't currently deal well with consistently reporting frequencies.<br>
<br>
The minor_allele and minor_allele_freq are just that; they represent the least frequently observed allele and the frequency of that allele.<br>
<br>
For the ExAC data (and other data sources like 1000 genomes), the exac_allele represents the non-reference allele (regardless of its minor/major status), and any frequencies refer to this allele.<br>
<br>
The fields really should not be named *_maf, rather *_af, and should consistently refer to the non-reference allele as typically this is the one of interest to users. We are working on correcting these behaviours in a future VEP release.<br>
<br>
Hopefully that clarifies things!<br>
<br>
I can't really explain what's going on with the ClinVar page - possibly this is a consequence of the RefSeq transcript sequence differing from the reference genome.<br>
<br>
Regards<br>
<br>
Will McLaren<br>
Ensembl Variation<br>
<br>
<br>
</span><div><div class="h5">On 31 August 2016 at 15:39, Wolf Beat <<a href="mailto:Beat.Wolf@hefr.ch">Beat.Wolf@hefr.ch</a><mailto:<a href="mailto:Beat.Wolf@hefr.ch">Beat<wbr>.Wolf@hefr.ch</a>>> wrote:<br>
Hello,<br>
<br>
i stumbled uppon an issue i don't really know how to solve right now.<br>
<br>
When looking at rs4784677:<br>
<a href="http://grch37.ensembl.org/Homo_sapiens/Variation/Explore?r=16:56548001-56549001;v=rs4784677;vdb=variation;vf=105727621" rel="noreferrer" target="_blank">http://grch37.ensembl.org/<wbr>Homo_sapiens/Variation/<wbr>Explore?r=16:56548001-<wbr>56549001;v=rs4784677;vdb=<wbr>variation;vf=105727621</a><br>
<br>
We see an MAF of < 0.01 and its pathogenic.<br>
The Variant is C>T.<br>
<br>
Then we look at clinvar for this variant:<br>
<a href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/clinvar/variation/4576/" rel="noreferrer" target="_blank">http://www.ncbi.nlm.nih.gov/<wbr>clinvar/variation/4576/</a><br>
<br>
The same variant, but now its C>C, looks like some reference problem/mismatch.<br>
<br>
Looking at exac:<br>
<a href="http://exac.broadinstitute.org/variant/16-56548501-C-T" rel="noreferrer" target="_blank">http://exac.broadinstitute.<wbr>org/variant/16-56548501-C-T</a><br>
<br>
We get an MAF of 0.9938, so its clearly a reference sequence problem.<br>
<br>
The problem arrises now when using VEP:<br>
<br>
<a href="http://grch37.rest.ensembl.org/vep/human/id/rs4784677?content-type=application/json" rel="noreferrer" target="_blank">http://grch37.rest.ensembl.<wbr>org/vep/human/id/rs4784677?<wbr>content-type=application/json</a><br>
<br>
There we find:<br>
"minor_allele_freq":0.0036<br>
"allele_string":"C/T"<br>
as well as:<br>
"minor_allele":"C"<br>
"exac_allele":"T"<br>
"exac_maf":0.994<br>
<br>
So both the "general" maf and the exac maf seem to talk about the same rs number, but in reality they are not.<br>
<br>
How do i solve this? Can i solve this? Its not the first time i have seen this but i never really investigated the reasons before.<br>
<br>
Should i take the higher MAF between the two? Should i take the exac one? I'm afraid by using such a workaround i will just run into trouble elsewhere where the situation is reversed.<br>
<br>
Thank you for your help<br>
<br>
Kind regards<br>
<br>
Beat Wolf<br>
______________________________<wbr>_________________<br>
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