<div dir="ltr">Hi Ensembl Users<div><br></div><div>I have setup the ensembl environment for several species. Everything is ok.</div><div>After that I imported data from NCBI by using the <a href="http://parse_ncbi_gff3.pl">parse_ncbi_gff3.pl</a> script. Works fine for almost all species. But for the specie sus scrofa I have the following issue:</div><div><br></div><div>I downloaded the file from NCBI:</div><div>/<a href="http://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/Sus_scrofa/GFF/ref_Sscrofa10.2_top_level.gff3">ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/Sus_scrofa/GFF/ref_Sscrofa10.2_top_level.gff3</a><br></div><div><br></div><div>I used the <a href="http://parse_ncbi_gff3.pl">parse_ncbi_gff3.pl</a> script to import it.</div><div><br></div><div>The process starts successfully but after a while I get the following error message and the process stops:</div><div><br></div><div>Can't call method "phase" on an undefined value at /home/ensembl/release-85/ensembl-pipeline/scripts/refseq_import/<a href="http://parse_ncbi_gff3.pl">parse_ncbi_gff3.pl</a> line 882, <__ANONIO__> line 1184334.<br></div><div><br></div><div>Any ideas?</div><div><br></div><div>regards,</div><div>David</div><div><br></div><div><br></div><div>-- <br><div class="gmail_signature"><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><p style="font-family:arial;font-size:small"><span style="font-family:imago">David Herzig<br>Scientist, pRED Informatics<br>Roche Pharma Research and Early Development</span></p><p style="font-family:arial;font-size:small"><span style="font-family:imago">Roche Innovation Center Basel</span></p><p style="font-family:arial;font-size:small"><span lang="DE" style="font-family:imago">F. Hoffmann-La Roche Ltd<br>Grenzacherstrasse 124<br>4070 Basel<br>Switzerland<br>Phone +41 61 687 31 70</span></p><p style="font-family:arial;font-size:small"><span lang="DE" style="font-family:imago"><span style="font-family:arial,sans-serif;color:black;font-size:10pt"><font face="tahoma, sans-serif">Learn more about pRED Informatics at </font></span><a href="http://go.roche.com/pREDi" style="color:rgb(17,85,204);font-family:arial,sans-serif;font-size:13.3333px" target="_blank"><span style="font-size:12.8px">http://go.roche.com/</span><b style="font-size:12.8px">pREDi</b></a><br></span></p></div></div></div></div>
</div></div>