<div dir="ltr">Hi<div><br></div><div>ensembl-pipeline: master / b1ca6be3ad6dfc4e960bce7fce5733f745102710</div><div>ensembl-io: release/85 / 9eacea74ccaf8480aafc82c6b0ffc626a1537b29</div><div><br></div><div>thx.</div><div>David</div></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Wed, Sep 21, 2016 at 3:18 PM, Thibaut Hourlier <span dir="ltr"><<a href="mailto:thibaut@ebi.ac.uk" target="_blank">thibaut@ebi.ac.uk</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div style="word-wrap:break-word">Hi David,<div>Unfortunately NCBI does not always write their GFF the same way for all their species so a fix for a species could bring a bug for another species.</div><div>Could you please tell us which branch/last commit for your ensembl-pipeline and ensembl-io repositories?</div><div><br></div><div>Thanks</div><div>Thibaut</div><div><br><div><blockquote type="cite"><span class=""><div>On 20 Sep 2016, at 13:26, Daniel Barrell <<a href="mailto:daniel.barrell@eaglegenomics.com" target="_blank">daniel.barrell@eaglegenomics.<wbr>com</a>> wrote:</div><br></span><div><span class=""><div dir="ltr">Odd, D. rerio should have also failed then if my suspicions were correct. Guess there must be something else going on here.<div><br></div><div>Dan</div></div></span><div class="gmail_extra"><br clear="all"><div><div data-smartmail="gmail_signature"><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div style="font-size:12.8px"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr" style="color:rgb(136,136,136)"><font color="#888888" face="ITC Avant Garde Std Bk"><b><br></b></font></div><div dir="ltr" style="color:rgb(136,136,136)"><font color="#888888" face="ITC Avant Garde Std Bk"><b><br></b></font></div><div dir="ltr" style="color:rgb(136,136,136)"><font color="#888888" face="ITC Avant Garde Std Bk"><b><br></b></font></div><div dir="ltr" style="color:rgb(136,136,136)"><font color="#888888" face="ITC Avant Garde Std Bk"><b><br></b></font></div><div dir="ltr"><font color="#888888" face="ITC Avant Garde Std Bk" style="color:rgb(136,136,136)"><b>Daniel Barrell</b></font><br><div style="color:rgb(136,136,136)"><small><font face="ITC Avant Garde Std Bk">Platform Specialist<br></font></small><span><E_Email_Sig.jpg></span></div><span class=""><div style="color:rgb(136,136,136)"><b style="font-size:12.8px;color:rgb(102,102,102)">eagle</b><span style="font-size:12.8px;color:rgb(102,102,102)">discover Best of Show Winner at Bio-IT World 2016</span></div><div><font color="#666666"><br></font><small style="color:rgb(136,136,136)"><font face="ITC Avant Garde Std Bk"><b>Eagle Genomics Ltd</b><br>T: <a value="+441223654481" style="color:rgb(17,85,204)">+44 (0)1223 654481</a><br><a href="http://www.eaglegenomics.com/" style="color:rgb(17,85,204)" target="_blank">http://www.eaglegenomics.com</a>  <br><small>Disclaimer: <a href="http://www.eaglegenomics.com/about/privacy-statement/" style="color:rgb(17,85,204)" target="_blank">http://www.<wbr>eaglegenomics.com/about/<wbr>privacy-statement/</a> </small></font></small><br></div><div style="color:rgb(136,136,136)"><small><font face="ITC Avant Garde Std Bk"><small><br></small></font></small></div><div><div style="font-family:Helvetica;font-size:12px;word-wrap:break-word"><a href="https://youtu.be/rPdgFTo0FZM" style="color:rgb(17,85,204);font-family:arial,sans-serif;font-size:12.8px" target="_blank">https://youtu.be/rPdgFTo0FZM</a><span style="font-family:arial,sans-serif;font-size:12.8px"> </span><br></div></div></span></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div>
<br><div class="gmail_quote"><span class="">On 20 September 2016 at 12:14, Herzig, David <span dir="ltr"><<a href="mailto:david.herzig@roche.com" target="_blank">david.herzig@roche.com</a>></span> wrote:<br></span><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><span class=""><div dir="ltr">Hi Daniel<div><br></div><div>Thx for the feedback.</div><div><br></div><div>I was able to use it for:</div><div>- d rerio</div><div>- m musculus</div><div>- r norvegicus</div><div><br></div><div>regards,</div><div>David</div><div><br></div></div></span><div><div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote"><span class="">On Tue, Sep 20, 2016 at 1:11 PM, Daniel Barrell <span dir="ltr"><<a href="mailto:daniel.barrell@eaglegenomics.com" target="_blank">daniel.barrell@eaglegenomics.<wbr>com</a>></span> wrote:<br></span><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><span class=""><div dir="ltr">Hi David,<div><br></div><div>Line <span style="font-size:12.8px">1184334 is the last line of the GFF3 file and contains '###'. There used to be code to ignore lines like these:</span></div><div><br></div><div><table style="width:1835.56px;table-layout:fixed;color:rgb(51,51,51);font-family:-apple-system,blinkmacsystemfont,"segoe ui",roboto,helvetica,arial,sans-serif,"apple color emoji","segoe ui emoji","segoe ui symbol";font-size:14px;line-height:21px"><tbody><tr></tr><tr><td style="padding:0px 10px;line-height:20px;vertical-align:top;background-color:rgb(234,255,234)"><span style="overflow:visible;font-family:consolas,"liberation mono",menlo,courier,monospace;font-size:12px;word-wrap:break-word;white-space:pre-wrap">+      <span style="color:rgb(167,29,93)">next</span> <span style="color:rgb(167,29,93)">if</span> <span>$line</span> =~ <span style="color:rgb(24,54,145)"><span>/</span>^#<span>/</span></span>;</span></td></tr><tr><td style="padding:0px 10px;width:43.3333px;min-width:50px;font-family:consolas,'liberation mono',menlo,courier,monospace;font-size:12px;line-height:20px;text-align:right;white-space:nowrap;vertical-align:top;border-style:solid;border-color:rgb(238,238,238);border-width:0px 1px 0px 0px;background-color:rgb(250,250,250)"></td></tr></tbody></table></div><div><br></div><div>When the script moved to use ensembl-io I think it may have lost this check, however I would expect ensembl-io to handle the '###'. Which species files worked? I checked on NCBI and other species (e.g. horse) would also fail in the same way.</div><div><br></div><div>Dan</div><div><br></div></div></span><div class="gmail_extra"><br clear="all"><div><div data-smartmail="gmail_signature"><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div style="font-size:12.8px"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr" style="color:rgb(136,136,136)"><font color="#888888" face="ITC Avant Garde Std Bk"><b><br></b></font></div><div dir="ltr" style="color:rgb(136,136,136)"><font color="#888888" face="ITC Avant Garde Std Bk"><b><br></b></font></div><div dir="ltr" style="color:rgb(136,136,136)"><font color="#888888" face="ITC Avant Garde Std Bk"><b><br></b></font></div><div dir="ltr" style="color:rgb(136,136,136)"><font color="#888888" face="ITC Avant Garde Std Bk"><b><br></b></font></div><div dir="ltr"><font color="#888888" face="ITC Avant Garde Std Bk" style="color:rgb(136,136,136)"><b>Daniel Barrell</b></font><br><div style="color:rgb(136,136,136)"><small><font face="ITC Avant Garde Std Bk">Platform Specialist<br></font></small><span><E_Email_Sig.jpg></span></div><div><div class="h5"><div style="color:rgb(136,136,136)"><b style="font-size:12.8px;color:rgb(102,102,102)">eagle</b><span style="font-size:12.8px;color:rgb(102,102,102)">discover Best of Show Winner at Bio-IT World 2016</span></div><div><font color="#666666"><br></font><small style="color:rgb(136,136,136)"><font face="ITC Avant Garde Std Bk"><b>Eagle Genomics Ltd</b><br>T: <a value="+441223654481" style="color:rgb(17,85,204)">+44 (0)1223 654481</a><br><a href="http://www.eaglegenomics.com/" style="color:rgb(17,85,204)" target="_blank">http://www.eaglegenomics.com</a>  <br><small>Disclaimer: <a href="http://www.eaglegenomics.com/about/privacy-statement/" style="color:rgb(17,85,204)" target="_blank">http://www.eaglege<wbr>nomics.com/about/privacy-state<wbr>ment/</a> </small></font></small><br></div><div style="color:rgb(136,136,136)"><small><font face="ITC Avant Garde Std Bk"><small><br></small></font></small></div><div><div style="font-family:Helvetica;font-size:12px;word-wrap:break-word"><a href="https://youtu.be/rPdgFTo0FZM" style="color:rgb(17,85,204);font-family:arial,sans-serif;font-size:12.8px" target="_blank">https://youtu.be/rPdgFTo0FZM</a><span style="font-family:arial,sans-serif;font-size:12.8px"> </span><br></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div><div><div class="h5">
<br><div class="gmail_quote"><div><div>On 20 September 2016 at 11:16, Herzig, David <span dir="ltr"><<a href="mailto:david.herzig@roche.com" target="_blank">david.herzig@roche.com</a>></span> wrote:<br></div></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div><div><div dir="ltr">Hi Ensembl Users<div><br></div><div>I have setup the ensembl environment for several species. Everything is ok.</div><div>After that I imported data from NCBI by using the <a href="http://parse_ncbi_gff3.pl/" target="_blank">parse_ncbi_gff3.pl</a> script. Works fine for almost all species. But for the specie sus scrofa I have the following issue:</div><div><br></div><div>I downloaded the file from NCBI:</div><div>/<a href="http://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/Sus_scrofa/GFF/ref_Sscrofa10.2_top_level.gff3" target="_blank">ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/<wbr>Sus_scrofa/GFF/ref_Sscrofa10.2<wbr>_top_level.gff3</a><br></div><div><br></div><div>I used the <a href="http://parse_ncbi_gff3.pl/" target="_blank">parse_ncbi_gff3.pl</a> script to import it.</div><div><br></div><div>The process starts successfully but after a while I get the following error message and the process stops:</div><div><br></div><div>Can't call method "phase" on an undefined value at /home/ensembl/release-85/ensem<wbr>bl-pipeline/scripts/refseq_imp<wbr>ort/<a href="http://parse_ncbi_gff3.pl/" target="_blank">parse_ncbi_gff3.pl</a> line 882, <__ANONIO__> line 1184334.<br></div><div><br></div><div>Any ideas?</div><div><br></div><div>regards,</div><div>David</div><div><br></div><div><br></div><div>-- <br><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><p style="font-family:arial;font-size:small"><span style="font-family:imago">David Herzig<br>Scientist, pRED Informatics<br>Roche Pharma Research and Early Development</span></p><p style="font-family:arial;font-size:small"><span style="font-family:imago">Roche Innovation Center Basel</span></p><p style="font-family:arial;font-size:small"><span lang="DE" style="font-family:imago">F. Hoffmann-La Roche Ltd<br>Grenzacherstrasse 124<br>4070 Basel<br>Switzerland<br>Phone <a href="tel:%2B41%2061%20687%2031%2070" value="+41616873170" target="_blank">+41 61 687 31 70</a></span></p><p style="font-family:arial;font-size:small"><span lang="DE" style="font-family:imago"><span style="font-family:arial,sans-serif;font-size:10pt"><font face="tahoma, sans-serif">Learn more about pRED Informatics at </font></span><a href="http://go.roche.com/pREDi" style="color:rgb(17,85,204);font-family:arial,sans-serif;font-size:13.3333px" target="_blank"><span style="font-size:12.8px">http://go.roche.com/</span><b style="font-size:12.8px">pREDi</b></a><br></span></p></div></div></div></div>
</div></div>
<br></div></div>______________________________<wbr>_________________<br>
Dev mailing list    <a href="mailto:Dev@ensembl.org" target="_blank">Dev@ensembl.org</a><br>
Posting guidelines and subscribe/unsubscribe info: <a href="http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev" rel="noreferrer" target="_blank">http://lists.ensembl.org/mailm<wbr>an/listinfo/dev</a><br>
Ensembl Blog: <a href="http://www.ensembl.info/" rel="noreferrer" target="_blank">http://www.ensembl.info/</a><br>
<br></blockquote></div><br></div></div></div><div><div class="h5">
<br>______________________________<wbr>_________________<br>
Dev mailing list    <a href="mailto:Dev@ensembl.org" target="_blank">Dev@ensembl.org</a><br>
Posting guidelines and subscribe/unsubscribe info: <a href="http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev" rel="noreferrer" target="_blank">http://lists.ensembl.org/mailm<wbr>an/listinfo/dev</a><br>
Ensembl Blog: <a href="http://www.ensembl.info/" rel="noreferrer" target="_blank">http://www.ensembl.info/</a><br>
<br></div></div></blockquote></div><div><div class="h5"><br><br clear="all"><div><br></div>-- <br><div data-smartmail="gmail_signature"><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><p style="font-family:arial;font-size:small"><span style="font-family:Imago">David Herzig<br>Scientist, pRED Informatics<br>Roche Pharma Research and Early Development</span></p><p style="font-family:arial;font-size:small"><span style="font-family:Imago">Roche Innovation Center Basel</span></p><p style="font-family:arial;font-size:small"><span lang="DE" style="font-family:Imago">F. Hoffmann-La Roche Ltd<br>Grenzacherstrasse 124<br>4070 Basel<br>Switzerland<br>Phone <a href="tel:%2B41%2061%20687%2031%2070" value="+41616873170" target="_blank">+41 61 687 31 70</a></span></p><p style="font-family:arial;font-size:small"><span lang="DE" style="font-family:Imago"><span style="font-family:arial,sans-serif;font-size:10pt"><font face="tahoma, sans-serif">Learn more about pRED Informatics at </font></span><a href="http://go.roche.com/pREDi" style="color:rgb(17,85,204);font-family:arial,sans-serif;font-size:13.3333339691162px" target="_blank"><span style="font-size:12.8000001907349px">http://go.roche.com/</span><b style="font-size:12.8000001907349px">pREDi</b></a><br></span></p></div></div></div></div>
</div></div></div>
</div></div><div><div class="h5"><br>______________________________<wbr>_________________<br>
Dev mailing list    <a href="mailto:Dev@ensembl.org" target="_blank">Dev@ensembl.org</a><br>
Posting guidelines and subscribe/unsubscribe info: <a href="http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev" rel="noreferrer" target="_blank">http://lists.ensembl.org/mailm<wbr>an/listinfo/dev</a><br>
Ensembl Blog: <a href="http://www.ensembl.info/" rel="noreferrer" target="_blank">http://www.ensembl.info/</a><br>
<br></div></div></blockquote></div><br></div><div><div class="h5">
______________________________<wbr>_________________<br>Dev mailing list    <a href="mailto:Dev@ensembl.org" target="_blank">Dev@ensembl.org</a><br>Posting guidelines and subscribe/unsubscribe info: <a href="http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev" target="_blank">http://lists.ensembl.org/<wbr>mailman/listinfo/dev</a><br>Ensembl Blog: <a href="http://www.ensembl.info/" target="_blank">http://www.ensembl.info/</a><br></div></div></div></blockquote></div><br></div></div><br>______________________________<wbr>_________________<br>
Dev mailing list    <a href="mailto:Dev@ensembl.org">Dev@ensembl.org</a><br>
Posting guidelines and subscribe/unsubscribe info: <a href="http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev" rel="noreferrer" target="_blank">http://lists.ensembl.org/<wbr>mailman/listinfo/dev</a><br>
Ensembl Blog: <a href="http://www.ensembl.info/" rel="noreferrer" target="_blank">http://www.ensembl.info/</a><br>
<br></blockquote></div><br><br clear="all"><div><br></div>-- <br><div class="gmail_signature" data-smartmail="gmail_signature"><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><p style="font-family:arial;font-size:small"><span style="font-family:Imago">David Herzig<br>Scientist, pRED Informatics<br>Roche Pharma Research and Early Development</span></p><p style="font-family:arial;font-size:small"><span style="font-family:Imago">Roche Innovation Center Basel</span></p><p style="font-family:arial;font-size:small"><span lang="DE" style="font-family:Imago">F. Hoffmann-La Roche Ltd<br>Grenzacherstrasse 124<br>4070 Basel<br>Switzerland<br>Phone +41 61 687 31 70</span></p><p style="font-family:arial;font-size:small"><span lang="DE" style="font-family:Imago"><span style="font-family:arial,sans-serif;color:black;font-size:10pt"><font face="tahoma, sans-serif">Learn more about pRED Informatics at </font></span><a href="http://go.roche.com/pREDi" style="color:rgb(17,85,204);font-family:arial,sans-serif;font-size:13.3333339691162px" target="_blank"><span style="font-size:12.8000001907349px">http://go.roche.com/</span><b style="font-size:12.8000001907349px">pREDi</b></a><br></span></p></div></div></div></div>
</div>